О жизни «отца западного монашества» известно немного. Преподобный Венедикт родился около 480 года в «холодной Нурсии» (frigida Nursia — ныне Норча), как писал Виргилий об этом местечке, расположенном недалеко от Сполето (Умбрия). Его семья вела свою родословную от древнего римского рода Анициев. Двенадцатилетним отроком Венедикт был послан в Рим для того, чтобы получить там обычное для того времени литературно-риторическое образование. Согласно местному преданию, дом родителей Венедикта стоял на том месте, где впоследствии была воздвигнута небольшая церковь San Bendetto in Piscinula (в современном Риме — район Трастевере). Римская империя приближалась к своему концу; варварские племена герулов и остготов боролись за обладание Римом; набеги Теодориха и Одоакра держали в постоянном страхе жителей города.
В 494 году, достигнув 14-летнего возраста, Венедикт прервал свое обучение; падение Рима побудило юношу бежать от соблазнов мира, особенно ярко проявлявшихся в столице империи. Сначала он удалился в местность Абруццо в Эффиде (ныне — Альфидена), а затем бежал далее на восток, в пустынную местность Субиако, чтобы в полном уединении предаться созерцанию вечного Бога. Впервые о Субиако упоминает Плиний Старший (79–23 гг. до P. X.) в своей «Естественной истории». Название «Субиако» ведет свое происхождение от загородной виллы Sublaqueum (лат. «под озером»), построенной императором Нероном (54–68) на берегах трех искусственных озер. Со временем на берегу первого озера — Пьянелло — возникло поселение с церковью, посвященной святому Лаврентию. Еще до преп. Венедикта монашеская жизнь издавна существовала в окрестностях Субиако (например, монастырь святого Василия на горе Талео).
Остановившись в Субиако, где стремительная горная река Аниене орошает живописную долину, преподобный Венедикт поселился в пещере и стал вести отшельническую жизнь по примеру египетских пустынников. Недалеко от этих мест подвизался монах Роман. Из своих скудных запасов он приносил Преподобному пищу, которую Венедикт поднимал на веревке в свое убежище. По прошествии трех лет, в 497 году, его случайно обнаружили местные пастухи. Они отнеслись к нему с благоговением, чувствуя, что видят перед собой благочестивого подвижника. Слава о новом отшельнике распространилась настолько широко, что ему пришлось выйти из уединения, а в 510 году монахи расположенного вблизи пещерного монастыря Виковаро избрали преподобного Венедикта своим настоятелем. Пользуясь настоятельской властью и авторитетом, преподобный Венедикт установил в монастыре строгий порядок, предписывая насельникам постоянно заниматься физическим трудом и молитвой. Но вскоре выяснилось, что идеалы монашеской жизни расходятся с привычками братии этой обители; монахи были недовольны нововведениями преподобного Венедикта. Как сообщает святой Григорий Двоеслов, монахи даже пытались умертвить своего настоятеля, отравив вино, приготовленное для совершения Евхаристии. Но от крестного знамения, совершенного преподобным Венедиктом, раскололась деревянная чаша и обнаружился злой умысел монахов. Отечески упрекнув их, преподобный Венедикт покинул Виковаро, вернулся в свою пещеру, но уже не обрел прежнего уединения.
Число последователей преподобного Венедикта постоянно увеличивалось, и вскоре в Субиако возник новый монастырь. Часть монахов проходила послушание под руководством самого преподобного Венедикта, а остальных он объединил в общины по 12 человек, назначив настоятелями своих ближайших учеников. Около 520 года вокруг Субиако образовалось 12 таких монастырей, подчинявшихся преподобному Венедикту. Кроме постоянной молитвы и ежедневного труда, монахи взяли на себя обязанности воспитателей и учителей. «Многие уважаемые патриции отдавали своих детей на воспитание Бенедикту; так, сенатор Эквиций привел к нему своего сына Мавра, Тертулл — своего сына Плацида, и оба эти юноши, воспитанники Бенедикта, стали впоследствии апостолами в Галлии и Сицилии». В Субиако, опекаемый своей сестрой Схоластикой, преподобный Венедикт прожил многие годы, занимаясь составлением Устава созданного им ордена.
Слава Преподобного постоянно росла, и это порождало неприязнь со стороны духовенства Виковаро, которое поставило своей целью изгнать великого подвижника из его обители. Претерпев различные козни от завистников, преподобный Венедикт решил уклониться от бессмысленной борьбы: в 528 году он вместе с частью своих последователей покинул Субиако и направился в Монтекассино — небольшое местечко, расположенное в Кампанье, на полпути между Римом и Неаполем.