Вторую сборочную линию фирма «Боинг» организовала в городе Рентой под Сиэтлом. Первоначально здесь намеревались выпускать летающие лодки РВВ-1 «Си Рейнджер». В 1942 году командование ВМФ США решило вместо летающих лодок наладить выпуск морских вариантов бомбардировщиков «Либерейтор», «Митчелл» и «Венчур». Руководство ВВС согласилось передать часть мощностей флоту, взамен запросив завод в Рентоне.

Выпускавшиеся в Рентоне самолеты обозначались В-29В Особенность этих самолетов заключалась в конструкции центроплана, из-за чего размах крыльев у В-29А был на 12 дюймов (30,48 см) больше, чем у В-29. У В-29А центроплан состоял из двух частей, соединенных болтами и образующих единый узел. На В-29 центроплан представлял собой монолитную деталь. Двусоставный центроплан был проще в сборке, но ухудшал характеристики самолета и увеличивал его массу на 320 кг. Кроме того, объем топлива при этом уменьшался на 213 галлонов (806 л) — с 1333 галлонов (5046 л) до 1083 галлонов (4099 л).

Самолеты В-29А оснащались двигателями R-3350-57, -57А и -59. Верхняя передняя турель стандартно имела четыре пулемета, а хвостовая огневая точка была без 20-мм пушки. Всего завод в Рентоне выпустил 1119 самолетов В-29А.