В дни самых горячих споров о романе автор его, после двухгодичного предварительного заключения в крепости, был приговорен постановлением Сената к четырнадцати годам каторжной работы и затем к поселению в Сибирь навсегда. После утверждения Государственным советом приговор Сената был представлен царю, наложившему резолюцию: «Быть по сему, но с тем, чтобы срок каторжной работы был сокращен наполовину».

Перед отправлением на каторгу 19(31) мая 1864 года на Мытнинской площади был совершен оскорбительный обряд «гражданской казни» над Чернышевским. На площади, где был сооружен эшафот, войска оцепили помост, сдерживая толпу. Здесь собралось немало молодежи, желавшей проститься с Чернышевским. Один из очевидцев «казни», слушатель Военной академии, оставил в своем дневнике подробное описание этой церемонии.

«Высокий черный столб с цепями, эстрада, окруженная солдатами, жандармы и городовые, поставленные друг возле друга, чтобы держать народ на благородной дистанции от столба. Множество людей хорошо одетых, генералы, снующие взад и вперед, хорошо одетые женщины – все показывало, что происходит нечто чрезвычайное…

Ряд грустных мыслей был прерван каким-то глухим шумом толпы… «Смирно!» – раздалась команда, и вслед за тем карета, окруженная жандармами с саблями наголо, подъехала к солдатам. Карета остановилась шагах в пятидесяти от меня… толпа ринулась к карете, раздались крики «назад!»; жандармы начали теснить народ, вслед за тем три человека быстро пошли по линии солдат к эстраде: это был Чернышевский и два палача. Раздались сдержанные крики передним: «Уберите зонтики!» – и все замерло. На эстраду взошел какой-то полицейский. Скомандовал солдатам: «на караул!». Палач снял с Чернышевского фуражку, и затем началось чтение приговора. Чтение это продолжалось около четверти часа. Никто его не мог слышать. Сам же Чернышевский, знавший его еще прежде, менее, чем всякий другой, интересовался им. Он, повидимому, искал кого-то, беспрерывно обводя глазами всю толпу, потом кивнул в какую-то сторону три раза. Наконец чтение кончилось. Палачи опустили его на колени. Сломали над головой саблю и затем, поднявши его еще выше на несколько ступеней, взяли его руки в цепи, прикрепленные к столбу. В это время пошел очень сильный дождь, палач надел на него шапку. Чернышевский поблагодарил его, поправил фуражку, насколько позволяли ему его руки, и затем, заложивши руку в руку, спокойно ожидал конца этой процедуры. В толпе было мертвое молчание… Я беспрерывно душил свои слезы… По окончании церемонии все ринулись к карете, прорвали линию городовых, ухвативших друг друга за руки, и только усилиями конных жандармов толпа была отделена от кареты. Тогда (это я знаю наверное, хотя не видал сам) были брошены ему букеты цветов. Одну женщину, кинувшую цветы, арестовали. Карета повернула назад и по обыкновению всех поездок с арестантами пошла шагом. Этим воспользовались многие, желающие видеть его вблизи; кучки людей человек в 10 догнали карету и пошли рядом с ней. Нужен был какой-нибудь сигнал для того, чтобы совершилась овация. Этот сигнал подал один молодой офицер; снявши фуражку, он крикнул: «Прощай, Чернышевский!»… Этот же крик был услышан толпою, находящейся сзади. Все ринулись догонять карету и присоединиться к кричавшим… Было скомандовано: «рысью!», и вся эта процессия с шумом и грохотом начала удаляться от толпы. Впрочем, та кучка, которая была возле, еще некоторое время бежала, возле еще продолжались крики и маханье платками и фуражками. Лавочники с изумлением смотрели на необыкновенное для них событие. Чернышевский ранее других понял, что эта кучка горячих голов, раз только отделится от толпы, будет немедленно арестована. Поклонившись еще раз, с самою веселою улыбкой… он погрозил пальцем. Толпа начала мало-помалу расходиться, но некоторые, нанявши извозчиков, поехали следом за каретой».

Актом «гражданской казни» правительство рассчитывало унизить великого провозвестника революции, борца за освобождение народа. Но оно ошиблось в своих расчетах. Общее негодование всех честных передовых людей по поводу расправы над Чернышевским ярко выразилось в статье Герцена, напечатанной в «Колоколе» вскоре после свершения «гражданской казни»:

«Чернышевский был вами выставлен к столбу на четверть часа, а вы, а Россия на сколько лет останетесь привязанными к нему? Проклятье вам, проклятье, и, если возможно, – месть!..

Неужели никто из русских художников не нарисует картины, представляющей Чернышевского у позорного столба? Этот обличительный холст будет образ для будущих поколений и закрепит шельмованье тупых злодеев, привязывающих мысль человеческую к столбу преступников…»

«Четверть часа у позорного столба никого не устрашит, никого не победит, – писал в том же «Колоколе» несколько позднее анонимный корреспондент, передавая настроение молодежи, присутствовавшей 19 мая на церемонии «гражданской казни», – она только зовет людей и будит в них энергию, но уже не четвертьчасовую, а неусыпную, на долгие годы борьбы. Наша скорбь о Чернышевском выше минутной торжествующей насмешки его врагов! Пусть нет у русского юношества его лучшего учителя; но его учение не могло пропасть даром! Мы горды дорогим правом звать себя его учениками, воспитанниками его школы; мы горды этим, потому что чувствуем, что можем служить народу, хотя сотою долею его служения, и наше служение не будет бесполезно – им руководит та искренняя любовь и то истинное уважение, которым он учил и с которым он относился к народу и к молодому поколению, платившему ему горячим возвратом того же чувства».

В одном из последующих номеров «Колокола» Герцен в статье «VII лет» снова напоминал читателям о церемонии «казни» на Мытнинской площади и подчеркивал, что процесс Чернышевского будет иметь глубочайшее историческое значение:

«…Подымается и растет на свет новая Россия, крепко подкованная на трудный путь, закаленная в нужде, горе и унижении, тесно связанная жизнью – с народом, образованием – с наукой… Предшественником ее был плебей Ломоносов, могучий объемом и всесторонностью мысли, но явившийся слишком рано. Среда, затертая между народом и аристократией, около века после него билась, вырабатывалась в черном теле. Она становится во весь рост только в Белинском и идет на наше русское крещенье землею, на каторгу в лице петрашевцев, Михайлова, Обручева, Мартьянова и пр. Ее расстреливали в Модлине и разбрасывают по России в лице бедных студентов, ее, наконец, эту новую Россию, Россия подлая показывала народу, выставляя Чернышевского на позор… Удар за ударом бьет эту среду, она побита наголову, но дело не побито, оно меньше побито, чем 14 декабря, – плуг пошел дальше и глубже. Зерна царского посева не пропадают на каторге, они прорастают толстые тюремные стены в снегом покрытые рудники.

Для этой новой среды хотим мы писать и прибавить наше слово дальних странников к тому, чему их учит Чернышевский с высоты царского столба, о чем им говорят подземные голоса из царских кладовых, о чем денно и нощно проповедует царская крепость – наша святая обитель, наша печальная Петропавловская лавра на Неве. Середь ужасов, нас окружающих, середь боли и унижений нам хочется еще и еще раз повторить им, что мы с ними, что мы живы духом…»

Естественный рост Чернышевского как писателя-философа и ученого был сломлен, когда ему исполнилось тридцать четыре года. Вторая половина его жизни – это каторга, поселение в Вилюйске, возвращение в глухую провинцию под негласный надзор полиции.

Но и в этих условиях он ни разу не дрогнул, не выказал ни тени малодушия. Он не проронил ни одной жалобы за долгие годы томительного существования в Сибири. С самого начала этой драмы – с момента водворения в Петропавловскую крепость – до последних дней острожной жизни в Вилюйске он в самых радужных тонах изображал в письмах к родным свое положение. Уверенный в своей юридической невиновности, он внешне не проявлял сначала даже интереса к ходу своего дела («Это все вздор, не стоит и думать»). И позднее, очутившись в Сибири, он неизменно подчеркивал свое презрение к решению царского суда, основанному на подлогах и лжесвидетельствах. На вопросы о приговоре он постоянно отвечал: «Читали что-то, а что именно – решительно не помню».

Когда один из конвоиров, сопровождавших Чернышевского в Сибирь, поинтересовался, каким «рукомеслом» он занимался в России, Чернышевский, улыбаясь, ответил: «По писарской части маялся… По писарской, по писарской!..»