Деревья также применялись и в преобразовательных обрядах, связанных с волшебством: возможностями общаться с силами природы с целью контролирования событий или менять сознательность. Белая магия лишена эгоизма, стремления к власти, амбиций и основана на желании делать добро другим, в особенности, ближнему. Черная же магия мотивируется главным образом эгоизмом, желанием господствовать над другими или желанием славы, богатства. Блаватски в своем Теософском сборнике пишет: «Малейшая попытка использования своих аномальных возможностей для потакания самому себе, превращает эти возможности в колдовство или черную магию».

Дуб, влиятельное магическое дерево друидов, было деревом древнего галльского божества Дагда Доброго, двенадцати трудов солнца (главы галльской расы и отца главных божеств, включая Бригиду, активную мать-богиню). Говорили, что Мерлин занимался чародейством под тенью именно дуба, а друиды многие из своих мистических обрядов также проводили в пределах его кроны. Один такой обряд, касающийся омелы, растущей на дубе (редкий случай) описывается Стюартом Пигготом в «Друидах»: «Для обряда избрали шестой день луны и были сделаны иные приготовления к пиру, в том числе, к принесению в жертву двух белых быков. Друид в белой одежде влез на дерево и золотым серпом отрезал ветвь омелы, которую он подхватил в свои одежды. Затем были принесены в жертву быки».

Дерево желания является разновидностью магического дерева. Обращаясь к дереву, люди верили в то, что они обращаются к дереву, которое было способно исполнять их желания. Во многих местах Европы можно встретить деревья, носящие название «деревья желания». Густо усыпанные религиозными медалями, ленточками и другими подношениями, эти деревья часто являются наследниками древних языческих деревьев-святынь, к которым люди отправлялись просить помощи при решении своих проблем.

Два известных дерева желания можно найти в Австралии. В XIX веке в ботаническом саду Сиднея находилась сосна с острова Норфолк, которую называли Древом Желания. Молодые женщины обходили вокруг него трижды, выражая свое желание. Этого дерева больше нет, в 1935 г. на его месте посадили новое. В Новой Зеландии маори почитают дерево желания (хипехопу), расположенное на дороге в Ротоеху. Путешествующие маори и пакеха (новозеландцы европейского происхождения) посещают его, и считается, что оно не только может исполнять желания, но и принести несчастье тому, кто проходит мимо дерева, не делая ему подношения. Этими подношениями чаще всего оказываются ветви папоротника или молодые листья.

Вариацией дерева желания было «дерево снов». Европейский фольклор содержит немало историй о людях, которым под определенными деревьями снились сны, позже сбывавшиеся. В Силезии (сейчас часть Польши) яблоня является деревом снов определенного назначения, хотя спать под ним, чтобы воспользоваться его силой, нельзя. Согласно местным верованиям, если молодая незамужняя женщина в канун Нового Года положит себе под подушку яблоко и заснет вечерком пораньше, то в полночь ей приснится ее будущий муж.

В одной народной английской сказке говорится об известном дереве снов, «спящем буке». Согласно рассказу, история дерева относится к ранним христианским временам. Однажды под ним был убит святой апостол и корни дерева впитали его кровь. Люди верили в то, что сны, приснившиеся под ним, должны сбыться. Как-то бедный бродяга заснул под ним и увидел себя во сне окруженным любящей женой и двумя счастливыми, здоровыми детьми. В тот же день ему предложили работу в сельской гостинице вместе с кровом и питанием. В итоге он женился на дочке хозяина и сам стал хозяином заведения.

Некоторые деревья содержат химические элементы, которые при их поглощении способны возбудить высокие уровни сознания и помочь людям в преобразовании своей ментальности. В Амазонии из вина и листьев «Psychotria viridis» заваривают сильный чай — аяхуасна (известный также как «яге» и «дайм»). Амазонские шаманы считают, что этот чай, принимаемый согласно обряду, способствует воздействию божественного создания на участников ритуала.

Майя подобный напиток делали из бродящего меда и коры святого дерева балче. Как и аяхуасна, этот напиток позволяет человеку, участвующему в религиозном ритуале, общаться в этот момент с божествами. Благодаря напитку достигалось проникновение в тайны Земли и иные области существования.

В Индии из деревьев и растений делают несколько видов психотропных напитков. Пальмировая пальма, символ бога Шивы, «дает» пьянящий сок, который может привести к изменению состояния сознания. Еще более сильный напиток делают из плодов святого растения «сома», считающегося у индусов главным растением и повелителем всей жизненной силы во вселенной. Ведические Аайраны называют его деревом жизни, молочный сок сомы, как считают айраны, дает бессмертие: в Ригведе мы читаем: «Мы выпили сома, мы стали бессмертными, мы встретились с богами». Обычно его пили лишь ведические жрецы и благодаря ему они могли общаться с божествами и видеть будущее. Однако позже им стали пользоваться представители трех главных каст индуизма, что придавало им силу, вдохновение и духовное бессмертие.

Вариации культа сома существовали и среди персов-зороастрийцев, он был связан со святым деревом хаома. Плод хаомы также, как и плод сомы, выжимали или толкли для извлечения его пьянящего сока, позволявшего испытать иные формы сознания. Считалось, что дерево хаома также дает бессмертие, и говорят, что первое из них на горе Хараит посадил Ахура Мазда, которого зороастрийцы называли Мудрым Господином и Единственным Творцом. Этот сок с давних пор используется в обряде Хаома или Ясна — центральном акте зороастризма, первоначально его пили все поклоняющиеся, но сейчас это делают лишь жрецы.