Вечером накануне Трафальгарского сражения, мучимый предчувствием смерти, Нельсон сделал приписку к своему завещанию, выраженную в следующих словах: «Эмма Гамильтон, вдова сэра Вильяма Гамильтона, как мне известно, оказала нашему королю и нашей родине величайшие услуги: во-первых, тем, что она сумела заполучить в свои руки письмо, написанное испанским королем в 1796 году к своему брату, королю неаполитанскому, которому он сообщал о своем намерении объявить Англии войну. Получив извещение об этом письме, министерство послало сэру Джону Джервайсу приказ при первом случае напасть на арсеналы и испанский флот. Правда, не случилось ни того, ни другого, – но леди Гамильтон в этом неповинна. Во-вторых, никогда флот, состоявший под моей командой, не мог бы вторично вернуться в Египет, если бы тут не помогло влияние леди на королеву неаполитанскую, в силу которого сиракузскому губернатору послан был приказ сделать все возможное с его стороны, чтобы помочь английскому флоту в деле снабжения его провиантом, в случае, если бы он с этой целью зашел в Сицилийскую гавань. И вот мы вошли в Сиракузскую гавань, получили необходимые запасы, вернулись в Египет и разбили французский флот. Если бы я был в состоянии вознаградить эти услуги, то я не обращался бы теперь к своей родине, но так как это было не в моей власти, то я и прошу короля и мою родину достойно обеспечить Эмму Гамильтон».

В октябре 1796 года, вследствие успешных военных действий французов на севере Италии, Король обеих Сицилий оказался вынужденным заключить с республикой договор, в силу которого он обязался дать разрешение одновременно войти в одну из своих гаваней, в крайнем случае, четырем военным судам одной из союзных против Франции держав. В середине поля 1798 г. тщетно прогонявшись за французской эскадрой у египетских и малоазийских берегов, Нельсон вернулся со своим флотом в сицилийские воды. Но, для возобновления своей погони, ему необходимо было прежде всего пополнить почти иссякшие его запасы. Если бы с этой целью он направился в Гибралтар, в таком случае неприятельскому флоту удалось бы спастись от него. Вот почему для него было необходимо, чтобы неаполитанское правительство, несмотря на договор свой с Францией, дало ему разрешение запастись провиантом и водой в одной из неаполитанских гаваней. Со стороны Фердинанда и министра его лорда Актона английский адмирал, по-видимому, не встретил благоприятного ответа на свою просьбу, так как они могли опасаться роковых последствий за нарушение своих обязательств. Тем менее успеха имела эта просьба, обращенная к королеве, что, впрочем, вполне понятно, если взвесить характер этой претензии. Потому естественно в данном случае приписать исключительное значение вышеупомянутому влиянию леди Гамильтон на королеву. Твердо установлен факт, что Мария-Каролина в то время также под влиянием ходатайства леди добилась для Нельсона права заходить в любую из сицилийских гаваней с помянутой целью. Следует прибавить, что королева послала сиракузскому губернатору распоряжение, которым он обязывался не только не препятствовать английскому адмиралу, но даже всеми силами способствовать снабжению его провиантом.

Когда в первых числах сентября 1798 года до Неаполя донеслась весть о блестящей победе Нельсона при Абукире, Мария-Каролина написала леди Гамильтон следующее письмо: «Я ожила и обнимаю детей моих и моего супруга. Это известие дало мне жизнь. Я невыразимо была взволнована им. Какая храбрость! Какое мужество! Больше всего хотелось бы мне обнять вас. Я с ума сошла от радости». Когда же сам победитель 22 сентября вошел в неаполитанскую бухту на своем флагманском корабле «Vanguard», причем двор и население приветствовали его с почестями, – королева и леди соперничали друг с другом в изъявлениях радости герою.

Однако ликование это в конце концов смолкло при звуках оружия. Мария-Каролина хотела воспользоваться отсутствием Бонапарта, чтобы изгнать французов из Церковной Области и таким образом дать папе возможность вернуться в Ватикан. Преимущественно благодаря её стараниям, неаполитанское войско было усилено на семьдесят тысяч человек. Чтобы воодушевить к делу молодых рекрутов, она часто появлялась среди их в лагере Сан-Жермано, где формировалась большая часть новобранцев. Часто проезжала она по рядам солдат в военной форме, и леди Гамильтон всегда находилась рядом с нею. Нельсон также несколько раз появлялся в лагере в свите королевы, хотя и не разделял всеобщей самоуверенности в победе. Главнокомандующий, австрийский генерал Мак, не внушал ему ни уважения, ни доверия. И действительно, надежды королевы на победу разбились об его неспособность, когда в четырнадцатидневном походе, несмотря на численное свое превосходство, неаполитанские войска с позором были разбиты французскими ветеранами.