Вскоре, однако, для королевы и её приятельницы пробил час разлуки, после которой не суждено им было более свидеться. 23-го сентября обнялись они в последний раз в австрийской столице. В тот же день писала Мария-Каролина леди Гамильтон следующие прощальные строки: «Дорогая моя миледи и любезный друг! Я до слез растрогана нашим прощаньем и вашей преданностью, какую вы мне доказывали столько раз и не дальше еще как сегодня утром. Да благословит вас небо и да ниспошлет вам оно счастья, как того желает мое сердце! Дал бы Бог мне утешение поскорее снова видеть вас в Неаполе!

Повторяю вам то, что уже столько раз говорила. Всегда, везде, при всяких условиях Эмма, дорогая Эмма останется моим другом и сестрой. рассчитывайте на это и примите еще раз мою благодарность за все, что вы для меня сделали и за искреннюю дружбу, какую вы мне оказывали… Прощайте! Да ниспошлет вам Бог все то, чего желает вам любовно преданное вам сердце вашего друга, питающего к вам чувства матери».

Но конец дружбы между королевой Неаполитанской и леди Гамильтон не согласовался с их взаимными уверениями в неизменной верности при прощании. В течение следующего года они обменялись еще несколькими письмами. Затем корреспонденция вдруг прекратилась по одному неприятному поводу. В апреле 1803 года скончался сэр Вильям Гамильтон. По оставленному завещанию супруга его оказалась не на столько обеспеченной, как того ожидали Нельсон и она сама. При этом Нельсон неоднократно писал б Марии-Каролине, стараясь намеками навести ее на мысль об удовлетворении старого её друга в тяжком её разочаровании. Но королева сделала вид, как будто не поняла этих намеков, что и ставится ей в вину именно теми, которые во всех её поступках хотят видеть одно бессердечие. Она хорошо знала, что сэр Вильям вполне достаточно обеспечил свою супругу и что ожидавшаяся от неё помощь должна была послужить исключительно на удовлетворение страсти леди к мотовству. Но во имя собственной репутации королевы было бы желательнее, чтобы она не наносила такого разочарования леди Гамильтон, которая отмстила за себя тем, что распространила в Лондоне про королеву ужаснейшую клевету. После погибели Нельсона в битве при Трафальгаре она пустила слух, будто бы приемная дочь его Горация, которою в действительности леди сама подарила Нельсона, происходила от матери, поставленной слишком высоко, чтобы имя её могло быть произнесено во всеуслышание. Конечно, никто не сомневался в том, что в данном случае разумелась королева Неаполитанская.

15-го января 1815 года умерла в крайней бедности леди Гамильтон в Кале, куда она бежала от преследований своих кредиторов. Несколькими месяцами раньше скончалась и Мария-Каролина.