Длительно существующий запор может вызывать различные осложнения. Могут возникнуть вторичный колит, проктосигмоидит (воспаление сигмовидной и прямой кишки).

При длительном застое содержимого в слепой кишке возможно обратное его забрасывание в тонкую кишку с развитием ее воспаления (рефлюксэнтерит) и избыточным размножением бактерий в тонкой кишке. При запорах повышается внутрибрюшное давление, что приводит к нарушению опорожнения желчного пузыря.

Длительные запоры способствуют появлению различных болезней прямой кишки. Чаще всего возникает геморрой. При запорах могут возникнуть также трещины прямой кишки, воспаление около-прямокишечной клетчатки (парапроктит).

Длительные запоры иногда становятся причиной расширения и удлинения толстой кишки (приобретенный мегаколон), что делает запоры еще более упорными.

Наиболее грозным осложнением длительных запоров является рак прямой и толстой кишки. Существует мнение, что застой содержимого в кишечнике, вызванный употреблением продуктов, бедных пищевыми волокнами, приводит к большой концентрации образующихся в кишечнике канцерогенных (способствующих развитию рака) веществ и длительному их действию на стенку кишки. Тревожными симптомами, позволяющими заподозрить возможность возникновения опухоли толстой кишки, являются общее плохое самочувствие, похудание, недавнее появление запора у людей старше 50 лет, стул у которых до того был нормальным, кровь в кале.