Тело Леонардо упокоилось на кладбище Амбруаза, среди принцев и государственных советников. Спустя годы, во время гугенотских войн и революций, кладбище пришло в запустение. Местные жители использовали надгробные плиты как строительный материал. Крышки с гробов были сняты, кости умерших перемешались.

Только через четыреста лет Арсен Оссей проведет раскопки общей погребальной ямы, выберет из кучи костей те, которые, по его мнению, могли принадлежать Леонардо, и захоронит их в маленькой часовне, рядом с замком Амбруаз. Теперь эта могила официально считается могилой Леонардо, хотя чьи в ней останки, доподлинно не известно.

Франциск I — французский король, постоянный гость Леонардо и его последний покровитель — находился во время его смерти в резиденции Сен-Жермен-ан-Лейе под Парижем и на похоронах художника не присутствовал. Вернувшись в Амбруаз, он встретился с Франческо Мельци, желая приобрести у него архив Леонардо. Мельци ответил, что все бумаги, в соответствии с последней волей умершего, были уничтожены.

Франциску I достались лишь картины Леонардо, которые он купил у художника еще задолго до его смерти и хранил у самого Леонардо. В числе этих полотен была и «Джоконда», с которой Франциск не расставался до своей смерти, как до этого с ней не расставался и сам Леонардо.

После смерти учителя Франческо Мельци вернулся домой — в Ваприо д'Адда близ Милана. Самый близкий друг и верный ученик Леонардо не оставил о нем ни строчки воспоминаний, жил тихо и уединенно, проводя время в размышлениях и за чтением книг. Франческо никогда не сходился с женщинами и не имел детей. Но у него был приемный сын — Орацио.

Перед смертью, наступившей в 1570 году, Франческо завещал Орацио некие бумаги, ожидая, что юноша будет хранить их так же бережно, как это делал он сам. Но… Тайна манускриптов Леонардо открылась, и они рассеялись по всему миру отдельными частями, став предметом бесконечного торга, который не прекращается и по сей день.

Что-то хотят в них найти…