Малолетство царя Иоанна IV Васильевича было временем господства князей и боярства. Представители именитых княжеских родов и боярства не желали признавать власти великого князя, но, становясь у власти, начинали жестокую борьбу за личное господство, беспощадно уничтожая своих соперников. После смерти кн. Василия III Московское княжество в течение четверти века раздиралось междуусобицами князей и боярства. Правительницей страны по завещанию князя осталась его вдова, княгиня Елена. Первым советником при ней стал боярин Овчина-Телепнев-Оболенский. Он начал расправу с ближайшим придворным окружением. Первым пострадавшим был дядя княгини Михаил Глинский, обвиненный в отраве великого князя Василия. Он был сослан в ссылку, где и погиб. Затем были отправлены в ссылку дяди малолетнего царя Юрий и Андрей Иоанновичи.

После смерти княгини Елены, которая, по сведениям летописцев, была отравлена, правление страной захватили два брата Шуйские. Они свергли Овчину-Телепнева и начали расправу с другими влиятельными лицами, в том числе и митрополитом. Расправа с приближенными 7-летнего царя производилась на его глазах, не считаясь с его просьбой и заступничеством. Шуйские вели себя бесцеремонно во дворце и даже в палатах царя. Детство царя проходило в полном к нем пренебрежении со стороны окружавшего его боярства. По словам царя, он и его брат росли, как «самые убогие дети». Им не всегда давали достаточно питании. Заботами и вниманием царь пользовался только со стороны митрополита Макария, бывшего новгородского епископа, занявшего кафедру митрополита после смены боярами его предшественников Даниила и Иосафа. Митрополит был единственный человек среди окружения, со стороны которого царь пользовался вниманием, и заботами которого получил хорошее по своему времени образование. Он изучил несколько языков, знал латинский и греческий и мог на этих языках вести богословские споры. Хорошо было изучено государственное право и значение царской власти, а также и понятие о Москве, как о третьем Риме, и о превращении Московского княжества в великое православное царство. Митрополит обладал большой библиотекой и приучил Иоанна к чтению. Мальчик имел живой и любознательный ум, под влиянием наставлений митрополита и чтения быстро развивался и рано начал проявлять характер… По заключенною историков, под влиянием окружавшей его грубости бояр, их ссор в мальчике развивался озлобленный, лукавый и жестокий характер. Достигнув тринадцатилетнего возраста и будучи выведенным из терпения дерзостью князя Андрея Шуйского, он приказал псарям схватить его и отдать на растерзание псам. Брат Андрея и другие были сосланы в разные места в ссылку. «С тех пор, — пишет летописец, — начали бояре от государя страх иметь». Пользуясь смутами московского двора, Литва повела наступление на московские владения. В 1534 году литовский гетман Радзивилл вторгся вместе с татарами и опустошил окрестности Чернигова, Новгород-Северска, Стародуба, Брянска и др. Крымский хан захватил Астрахань, разорил город до основания и объявил себя законным владетелем ногайской орды. Хан требовал, чтобы царь платил, как польский король, 15 тыс. золотоых дани ежегодно. В сражении с Литвой московские войска потерпели полное поражение, потеряв всю армию убитыми и пленными.

Престиж Москвы повсюду падал. Московские владения стали подвергаться более дерзким и частым нападениям, а их послы при дворе крымского хана — насилиям. Известно, что посол Челищев, прибывший в Крым с извещением о смерти князя Василия, чтобы избежать со стороны татар насилий, держал при себе казаков. Несмотря на охрану', посол и сопровождавшие его казаки, подверглись унижениям, татары грозили отправить их в Турцию и продать в неволю. К счастью Москвы, в Крыму началась междуусобица между братьями за ханский престол. Москва решила использовать это и оказать поддержку одному из враждующих братьев. Но победителем вышел другой брат, и враждебная ханская власть образовалась не только в Крыму, но и в Казани. В том же году был убит сторонник Москвы казанский хан Енадей, и власть в Казани была захвачена ставленником Крыма Сафа Гиреем. Таким образом московские владении ставились в окружение враждебных соседей с запада, юга и востока. Связь донских казаков с Москвой во время боярского правления не прекращалась. Они продолжали сопровождать послов между Москвой и Крымом, и поддерживали церковную связь с епископом своей епархии Крутицким.

Находясь в непосредственной близости от Крыма, Астрахани и Казани, по слабости Москвы, донские казаки должны были защищать свои земли собственными силами. В сторону Казани и Поволжья верховые казаки имели сильную заставу, существовавшую еще со времени Батыя, на линии реки Камышенки, получившую название впоследствии «волжских» казаков. На Переволоке между Доном и Волгой, в сторону Большой ногайской орды и Астрахани, находилась еще одна постоянная застава. При постоянной угрозе нападений со всех сторон требовалось объединение казаков под властью одного атамана, и общего Войскового Круга. Объединение под властью одного атамана для казаков являлось жизненной необходимостью и поддерживалось московским царем, к власти которого казаки тянулись. Решающая роль среди донских казаков принадлежала части низовых казаков. Положение это установилось, по всей вероятности, со времен господства монгол. Низовые казаки несли службу при ханах по охране торговых портов в Приазовье и Таврии, что связано было с большой ответственностью, и они имели более организованное для этой цели управление, находившееся в их центре — Азове. Они более долгое время, чем часть верховых казаков, находились в связи с ханами крымского ханства, и по большей части находясь в постоянном военном напряжении, сохраняли в значительной степени казачьи качества и особенности. Положение это низовыми казаками строго поддерживалось, и они предъявляли требования даже в более позднее время к московским царям, чтобы в переписке на первом месте писалось не верховым, а низовым казакам. Низовые казаки имели большее значение в сношениях Москвы с Крымом и Турцией. Верховые казаки, расселенные по Медведице и Хопру, находились в большей отдаленности от центров татарских орд. и большей безопасности от их нападений. Такое положение отвлекало их от военного напряжения, что не могло отражаться на их бытовых качествах и характере. Различия в характере и быте верховых и низовых казаков не были сглажены и после объединения их под властью одного атамана и долгого пребывания в положении единого войска. На характере двух казачьих частей сказывались и расовые признаки. Верховые казаки имели более тесное общение с населением русских княжеств и меньше — с татарами и южными народами, что отражалось не только на их физических данных, но и характере. Низовые имели больше примеси татарской расы, и значительного прилива в их состав лиц других наций.

Ко времени совершеннолетия царя Иоанна Васильевича среди донских: казаков появляется ряд выдающихся атаманов, преимущественно из его низовой части, усилиями которых было достигнуто объединение разрозненных частей казаков и установлены были отношения с московским царем, послужившие основной базой в сношении с Москвой для всей последующей истории донских казаков. Реки Хопер и Ворона становились глубоким тылом донских казаков, здесь начинали строиться монастыри и пристанища для престарелых казаков и инвалидов, которые после долгой и тяжелой боевой жизни, на старости лет находили приют и отдохновение от военной страды. В таких: условиях находилось Московское княжество и казачьи поселения ко времени совершеннолетия московского царя Иоанна Васильевича.