Организация Специального комитета 20 августа 1945 года предусматривала начало серьезной реорганизации народного хозяйства.

Из Постановления ГКО:

«12. Поручить Специальному комитету в 10-дневный срок внести но утверждение Председателю ГОКО предложения о передаче Первому Главному Управлению при СНК СССР необходимых для его работы научных, конструкторских, проектных, строительных организаций и промышленных предприятий».

На первом же заседании Специального комитета, 24 августа 1945 года, после заслушивания доклада Курчатова «О состоянии работ по урану в СССР», Техническому совету было поручено дать свои предложения о привлечении к участию в этих работах других научных учреждений и отдельных ученых, конструкторов и иных ценных специалистов. Это была непростая задача.

Обещанные щедрые премии и льготы вызвали в ученом мире беспрецедентную погоню за правительственными атомными заказами. Десятки НИИ, возглавляемых именитыми учеными и академиками, претендовали на активное участие в атомном проекте. Ответственности слишком не боялись, поскольку многие научные темы имели чисто исследовательский характер.

В этой обстановке к важному государственному делу, пользуясь выгодной ситуацией, могли примкнуть десятки коллективов и групп, возглавляемых научными партийными выскочками или даже авантюристами типа Лысенко.

В то же время ряд серьезных и сильных институтов мог оказаться в стороне в связи с нежеланием или опасением их директоров окунаться в водоворот секретных атомных дел.

При этом соображения могли быть очень разными, в том числе и нравственного порядка.

Основная дипломатическая нагрузка в нелегких научных переговорах с маститыми учеными легла на плечи Курчатова.

28 сентября 1945 года Специальный комитет рассмотрел и окончательно утвердил список № 1 двадцати академических, ведомственных и учебных институтов с перечнем конкретных тем, поручаемых каждому из них.

Более всего заказов получили три академических института: Физико-технический (директор — академик Иоффе), Физический (директор — академик Вавилов), Радиевый (директор — академик Хлопин).

В списке № 1 отсутствовали некоторые весьма авторитетные научные учреждения, амбициозно претендовавшие на участие в атомном проекте. Например, Московский университет.

Группа университетских физиков, возглавляемая профессором Иваненко, считала себя несправедливо обиженной таким решением. Неприязнь к академическим ученым, рожденная ещё в предвоенные годы, могла выстрелить ядовитыми стрелами в любой непредсказуемый момент.

Но в 1945 году Технический совет находился полностью в руках академических лидеров, и открытая борьба была обречена на поражение ученых из МГУ.

Поэтому они смирились с поражением, не апеллируя к политической власти.

В списке № 1 отсутствовал также известный в стране Институт физических проблем, который возглавлял член Спецкомитета Петр Леонидович Капица.

Но здесь причина была в другом.

Капица панически боялся секретных тем для своего института. Страшился собственной засекреченности, поскольку это поставило бы крест на его международных связях, на лелеемой втайне надежде получить когда-нибудь звание нобелевского лауреата, на его привычной и неограниченной свободе действий.

Близкое знакомство с бериевским стилем руководства атомными проблемами привело Капицу в неописуемый ужас. «Почетные» обязанности по Спецкомитету ему были совсем не по душе. Все тверже созревала мысль о необходимости срочно вырваться из атомного капкана, куда он попал отнюдь не по собственному желанию.

Через пять дней после утверждения атомного научного списка № 1, 3 октября 1945 года, Капица написал письмо Сталину с просьбой о своей отставке:

«…Я уверен, что пока я больше пользы принесу как своей стране, так и людям, если отдам все свои силы непосредственно научной работе, ею я и решил всецело заняться. Ведь эту работу я люблю и за неё заслужил уважение у людей. Поэтому прошу Вас, чтобы Вы дали свое согласие на мое освобождение от всех назначений по СНК, кроме моей работы в Академии Наук».

Сталин на это письмо никак не отреагировал. Отказ Капицы вместе со своим институтом участвовать в атомном проекте не очень сильно огорчил Курчатова. А вот вежливое и корректное отстранение от урановой проблемы Института химической физики (ИХФАНа) во главе с академиком Семеновым его расстроило. Но Игорь Васильевич рассчитывал, что к вопросу ИХФАНа, с его прекрасными научными кадрами, он при подходящем случае обязательно ещё вернется.

Все привлеченные к атомной тематике институты срочно принялись за составление календарных планов работ, а заодно и мероприятий по материально-техническому обеспечению, расширению площадей и штатов, приобретению приборов и оборудования. Институты понимали, что финансирование их работ Первым Главным Управлением обещает быть щедрым, и поэтому старались как можно быстрее и эффективнее решить заодно свои собственные застарелые проблемы.

Наиболее важные атомные работы дублировались разными институтами. Принцип здоровой конкуренции сразу закладывался Спецкомитетом как основополагающий в организации всех работ.

Наиболее ответственные дела оставались за секретной лабораторией № 2, руководимой Курчатовым. Она должна была освоить лабораторные и опытно-промышленные методы разделения изотопов урана и получения плутония в уран-графитовой сборке. Кикоин и Курчатов отвечали за подготовку Технических Заданий (ТЗ) на проектирование промышленных комбинатов № 813 и № 817.

За Харитоном оставалась разработка конструкции бомбы, за Алихановым — тяжеловодный реактор. Несмотря на явную приоритетность Лаборатории № 2 во всех научных вопросах атомного проекта, вопрос о Главном научном руководителе оставался открытым. Капица или Курчатов?

И тот, и другой входили в состав Специального комитета и его Технического совета. Формально их должностной статус был равнозначен. Коллизия разрешилась сама собой.

25 ноября 1945 года Капица послал Сталину второе «отставное» письмо, которое было составлено в категоричной, почти ультимативной форме, похожей на сжигание мостов.

Резкой критике в письме была подвергнута вся складывающаяся организация работ по созданию атомной бомбы (АБ).

«…Можно отметить, что среди ученых, инженеров, начиная с самых хороших и кончая жуликами, с учетом всех градаций, заключенных между ними, сейчас большой энтузиазм к АБ…

…Никакого строгого отбора тематики по определенному плану сейчас нет, и вокруг АБ начинается свистопляска. Пляшут и жулики, и авантюристы, и честные люди. Конечно, что-нибудь под конец и вытанцуется, но явно это не тот короткий и дешевый путь, по которому мы можем перешагнуть Америку…

Но все же мы не должны складывать оружие… Хоть и тяжеловато будет, но, во всяком случае, попробовать надо скоро и дешево создать АБ. Но не таким путем, как мы идем сейчас, — он совсем безалаберен и без плана…».

Капица открыто выразил в письме свое мнение о полной некомпетентности партийных руководителей, которые часто со скептицизмом выслушивают мнение ученых и за их спинами делают все по-своему.

«… Товарищи Берия, Маленков, Вознесенский ведут себя в Особом комитете как сверхчеловеки. В особенности тов. Берия. Правда, у него дирижерская палочка в руках… У тов. Берия основная слабость в том, что дирижер должен не только махать палочкой, но и понимать партитуру. С этим у Берия слабо…

Стоит только послушать рассуждения о науке некоторых товарищей на заседаниях Техсовета! Их приходится часто слушать из вежливости и сдерживать улыбку — так они бывают наивны, воображая, что познав, что дважды два — четыре, они уже постигли все глубины математики и могут делать авторитетные суждения…

Я лично думаю, что тов. Берия справился бы со своей задачей, если отдал бы больше сил и времени.

…У него, безусловно, есть вкус к научным вопросам, он их хорошо схватывает, точно формулирует свои решения.

Но у него один недостаток — чрезмерная самоуверенность, и причина её, по-видимому, в незнании партитуры. Я ему прямо говорю: «Вы не понимаете физику, дайте нам, ученым, судить об этих вопросах». Вообще наши диалоги не особо любезны. Я ему предлагал учить его физике, приезжать ко мне в институт…

Например, ему следовало бы познакомиться по первоисточникам (а не в популярном изложении), как прокладывался трансокеанский кабель, как развивалась паровая турбина и пр.

Он увидал бы общую закономерность этих процессов и использовал бы этот опыт для того, чтобы понять, что важно и нужно в развитии работ по АБ…

Берия, если бы не был так ленив, то, поработав, с его способностями и «знанием людей», несомненно, мог бы… стать первоклассным дирижером оркестра АБ… Но для этого нужно работать, а чиркая карандашом по проектам постановлений в председательском кресле — это ещё не значит руководить проблемой. У меня с Берия совсем ничего не получается…»

Петр Леонидович попытался предложить в письме выход из создавшегося положения за счет принятия специального регламента, согласно которому подпись ученого должна была бы скреплять «всякий протокол Особого комитета и приказы разных начальников. Наподобие политических комиссаров надо создать научных комиссаров. На данном этапе это может помочь…».

В заключении письма — повторная просьба об отставке:

«При создавшихся условиях работы я никакой пользы от своего присутствия в Особом комитете и Техническом совете не вижу.

Товарищи Алиханов, Иоффе, Курчатов так же и даже более компетентны, чем я, и меня прекрасно заменят, по всем вопросам, связанным с АБ.

Быть слепым исполнителем я не могу, так как я уже вырос из этого положения… Работать с такими настроениями всё равно я не умею. Я ведь с самого начала просил, чтобы меня не привлекали к этому делу, так как заранее предполагал, во что оно у нас выродится.

Поэтому прошу Вас ещё раз, и очень настоятельно, освободить меня от участия в Особом комитете и Техническом совете. Я рассчитываю на Ваше согласие, так как знаю, что насилие над желанием ученого не согласуется с Вашими установками.

Ваш Капица».

На письмо Сталин отвечать не стал, но меры принял.

21 декабря 1945 года Совет народных комиссаров СССР постановил: «Удовлетворить просьбу академика Капицы П.Л.».

17 августа 1946 года Сталин подписал Постановление Совмина СССР о снятии Капицы со всех занимаемых научных постов. Через несколько лет ему запретили преподавать и даже появляться на заседаниях Академии Наук. Из текста его письма Сталину пришлось по душе только предложение об организации института «научных комиссаров».

«Вот Курчатов и будет у нас научным комиссаром при Ванникове», — решил Сталин.