В то время как Дёниц начал операцию «Ганнибал», подводные лодки советского Балтийского флота, находившиеся на Балтике и в Финском заливе, готовились к атаке.

После снятия блокады Ленинграда Красная армия продолжила свое продвижение на запад вдоль побережья Финского залива. Это наступление и капитуляция Финляндии, неудачливого союзника Германии, открыли подводным лодкам выход в Балтийское море. Они долго простояли на приколе в Ленинграде и Кронштадте (важнейших русских военно-морских базах) из-за минных заграждений и стальных сетей, раскинутых 141 немецким кораблем весной 1943 года.

Краснознаменный Балтийский флот в то время вряд ли мог похвастаться победами. Когда гитлеровские войска напали на СССР, советские военно-морские силы имели 218 субмарин. Таким образом, это был самый крупный подводный флот в мире. Однако достиг он меньших успехов, чем подводные силы других стран. Он потопил лишь 108 торговых судов и 28 небольших военных кораблей, потеряв при этом 108 подводных лодок.

Советский подводный флот сильно пострадал в результате сталинских довоенных чисток. В начале войны лишь четверть всех капитанов имела более чем двухлетний командирский опыт. Были и другие проблемы. Торпеды срабатывали преждевременно или вовсе не взрывались и шли мимо цели. Гидрофоны (акустические приборы для определения местонахождения кораблей противника) были примитивными в сравнении с аналогичными английскими и немецкими устройствами. Кроме того, двигатели лодок были очень шумными, что выдавало их местонахождение. Экипажи были ослаблены из-за перевода технического состава в Красную армию.

Сталин уделял мало внимания войне на море, но в декабре 1944 года он обсудил операции на Балтийском море с адмиралом Николаем Кузнецовым, одним из тех, кто уцелел в результате чисток. Менее чем за три года он прошел путь от капитана корабля до главнокомандующего ВМФ.

Позднее Кузнецов рассказывал своим Друзьям о том, что произошло, когда Сталин вызвал его к себе. Сталин заявил адмиралу, что пришло время показать Балтийскому флоту, на что он способен. Всеми имеющимися силами он должен принять участие в общем наступлении, атаковать немецкие морские коммуникации и защищать советские воды от немецких подводных лодок и надводных кораблей. В тот период немецкие линкоры и крейсеры контролировали побережье Балтийское моря, а их тяжелые орудия были направлены против наступающих сил русских.

Сталин ожидал не только более существенного успеха подводного флота в Балтийском море, но и более интенсивного использования надводных кораблей. Военно-воздушные силы получили приказ завоевать превосходство в воздухе и повысить эффективность деятельности разведывательной авиации дальнего действия, чтобы поддержать флот.

Однако тяжелые корабли русского флота не решались в то время на выход в открытое море. В большинстве своем они были устаревшего типа и в течение четырех лет использовались лишь для поддержки артиллерии. Многие матросы были переведены в пехоту. Они ничего не могли противопоставить таким немецким кораблям, как «Адмирал Хиппер», имевшим большой опыт ведения войны на море.

Несомненно, Кузнецов проявил большое личное мужество, когда в качестве контраргумента рассказал Сталину о реальном положении дел. Он напомнил о минах, которыми было напичкано Балтийское море, о ледяном поле, затруднявшем движение кораблей, об отсутствии боевого опыта из-за того, что корабли были блокированы в осажденном Ленинграде.

Сталин отпустил его со словами: «Я дал вам лучший подводный флот в мире. Теперь вы должны добиться с его помощью наибольшего успеха».

Это утверждение не совсем соответствовало истине, но Сталин не терпел возражений. В результате подводные лодки получили приказ — выйти в море через пробитые ледоколами проходы в финских портах и топить все, что попадется на их пути. Эта операция преследовала как военную, так и психологическую цель. Лодки должны были атаковать конвои, снабжавшие отступавшую немецкую армию и вывозившие беженцев и военнослужащих в безопасное место. Тем самым они мстили за потери, понесенные в течение последних четырех лет, и за надругательства над своими родными и близкими.

Именно такой приказ получил капитан 3-го ранга Александр Маринеско, командир подводной лодки «С-13», который и привел ее к встрече с «Вильгельмом Густлофом».