Рядом с полной христианизацией всего уклада жизни в Византии происходил еще другой подобного же рода процесс — воцерковление научного богословия, которое, пользуясь слишком большой свободой в философских умозрениях, по местам дошло до коренного противоречия церковному учению. Разумеем оригенизм, еще и в то время занимавший умы общества. Борьба с ним в значительной степени наметила круг богословских интересов в Византии в VI в. и определила характер правильного разрешения многих вопросов мировоззрения, особенно в области антропологии (включая и эсхатологию). Параллельно велась другая великая борьба за церковную истину — борьба с монофизитством, одной из самых сильных и распространенных ересей в Византии. В этой сложной борьбе поднят был вопрос об установлении общепризнанных церковных авторитетов, и, таким образом, сделана была попытка всему историческому прошлому церковной жизни подвести итог, дать окончательную оценку и свести воедино все достигнутые положительные результаты научного богословия. В осуществлении этих стремлений важное значение имела эпоха (и деятельность) императора Юстиниана и ее средоточие — Пятый Вселенский Собор (553 г.). В результате поднятых при Юстиниане споров Церковь придала окончательную форму византийскому научному богословию, поставила его в определенные рамки и тем указала путь к приведению разнообразия богословских мнений к определенному единству.

Литературная борьба с оригенизмом началась очень рано. Еще в III в. св. Мефодием Олимпийским были опровергнуты некоторые неправильные мнения Оригена (о вечности мира, предсуществовании душ, сходстве воскресших тел с настоящими только по их ειδος'у). Впрочем, и после того в IV‑VI вв. у Оригена было достаточно сторонников (Руфин, Евагрий, Дидим, св. Григорий Нисский, Немезий), более или менее приближавшихся к нему в своих воззрениях; в VI в. Оригену, между прочим, сочувствовали монофизиты (Феодор Аскида, Филопон) и отчасти некоторые православные (монахи Новой Лавры св. Саввы). Однако с крайностями оригенизма в VI в. уже никак нельзя было мириться. Голоса против Оригена в VI в. стали раздаваться чаще и чаще (Антипатр Бострийский, св. Ефрем Антиохийский, Феодор Скифопольский, преп. Варсануфий, Мина Константинопольский, Юстиниан). После долгих споров он, наконец, был осужден всецерковно (указ императора Юстиниана 543 г.; Вселенский Собор 553 г.).

Осуждение Оригена послужило толчком к разработке византийского богословия с новых точек зрения, а борьба с его заблуждениями составила важный отрицательный фактор в этой разработке. Оригенизм был цельным мировоззрением. Вся его жизненность в том и заключалась, что он был целостной системой. Борьба с ним должна была поставить на очередь выработку всех пунктов христианского учения. В особенности же она была плодотворной в области антропологии, еще не получившей к тому времени окончательного раскрытия. Центральной (но не исходной) идеей антропологии Оригена было учение о предсуществовании душ. Вместе с осуждением этого учения падали и все связанные с ним идеи, или обусловливающие его собой (вечность миротворения), или вытекающие из него (учение о падении душ и облечении их в тела, учение о будущей плоти, апокатастасис), и христианская космология, антропология и эсхатология получали отныне новые и незыблемые точки отправления. Отрицание неоплатонического учения о вечности миротворения, между прочим, важно было в том отношении, что изгоняло всякие следы пантеизма, представляя миротворение не вечно необходимым, а свободно–творческим актом. В отвержении теории предсуществования хорошо выдерживалась идея цельности человеческого существа, и вообще все мировоззрение, раскрываясь в противовес Оригеновым мнениям, много выигрывало в том отношении, что существенно приближалось к библейскому. Церковными определениями против Оригена ясно намечались те грани, за которые не должно уже было переходить увлечение философией христианских мыслителей.