Благодаря своей многосторонности, самолеты В-25 в годы Второй Мировой войны использовались не только в роли средних бомбардировщиков. Некоторые из них использовались в качестве транспортных самолетов. Обычно, транспортные машины сохраняли стандартный камуфляж, у старых машин камуфляж иногда счищали до металла. В Индокитае самолеты В-25 использовали для заброски диверсантов в тыл к японцам. Поскольку заброску проводили по ночам, самолеты целиком красили в черный цвет, а номер радиопозывного наносили красной краской. Использовали как матовую, так и блестящую краску. Другие В-25, участвовавшие в специальных ночных операциях над Тихим океаном, окрашивались в черный цвет лишь снизу. Один, закамуфлированный подобным образом самолет находился на базе Орландо (Флорида). На этой же базе находился один B-25G, выкрашенный по схеме Sea-Search, нижние поверхности у такого самолета были белыми. Белый цвет доходил до середины бортов фюзеляжа и заходил на оконцовки шайб рулей. Самолеты В-25, проводившие в первые годы войны патрулирование прибрежных вод вокруг США, также камуфлировались по схеме Sea-Search. ВМФ США и корпус морской пехоты камуфлировали свои патрульные самолеты сверху в цвет Dark Gull Gray, а снизу в цвет Nonspecular White. Этот камуфляж несли и некоторые самолеты ВВС США, в частности В-25С из 379-й и 310-й групп. Обе группы действовали в Ливии зимой 1942/43 г.г. 321-я бомбардировочная группа располагала несколькими машинами в морском камуфляже.
Множество В-25 находилось в составе учебных частей, базировавшихся на территории США. Большинство учебных машин было в стандартном камуфляже, но по меньшей мере один самолет был целиком выкрашен красой Azure Blue, такой же, какой красили самолеты воздушной фоторазведки F-5 «Lightning».
Учебные В-25 на территории США в первые годы войны несли идентификационные номера, указывающие на базу. Номера обычно наносили на шайбах рулей. Позже использовалась единая система обозначений, предназначенных для учебных частей. Эти обозначения делались белой или черной краской (в зависимости от цвета самого самолета) и состояли из двух букв и цифры. Первая литера кода имела в высоту 18 дюймов (45,72 см). Эта буква указывала на базу. Дальше на удалении 12 дюймов (30,48 см) находилась вторая литера (указывает самолет) и цифра (номер части).
B-25A. 34th BS. 17th BG. база Пенделтон (Орегон), сентябрь 1941 года. Камуфляж Olive Drab/Neuiral Gray На шайбе руля обозначена группа — «17В» и тактический Ломер. повторенный на носу. Под кабиной эмблема 17-й группы — горящий феникс.
B-25D «Mitchell 11» MQ-A. FW239. 226 Sqn RAF. май 1944 года. Камуфляж Dark Green/Grey. На руле направления видно пятно закрашенного американского радиопозывного.
B-25Q-1-NA «Desert Vagabond Jr» из 434th BS, 12th BG, Северная Африка. 1943 год. Стандартный камуфляж Olive Drab/Neutral Gray. На хвосте английский «fin Jjash». который частично закрывает радиопозывной.
B-25C-15-NA «8S» (42-32529) из 488th BS. 340th BG. Северная Африка. 1943 год. Камуфляж Olive Drab/Sand/Neutral Gray. Вокруг опознавательного знака желтая кайма, сделанная вручную широкой кистью. На шайбе хвоста «fin flash», нанесенный так. чтобы не закрывать радиопозывной.
В-25 В «Mitchell» (40-234) подполковника Джеймса X. Дулиттла. Машина участвовала с, известном налете на Токио 18 апреля 1942 года. Самолет, как и другие машины, участвовавшие в операции, происходит из 77- й бомбардировочной эскадрильи и нес стандартный камуфляж USAAF. В хвостовом обтекателе установили макет спаренного 12.7-мм пулемета. Все машины участвовавшие в налете, были потеряны.