Сын обрусевшего немца, главы банкирской фирмы в Петербурге и Москве, Василий (Вильгельм) Юнкер не пошел по стопам отца, карьера финансиста его не прельщала. Он получил медицинское образование, но не стал заниматься и врачебной деятельностью, решив посвятить себя географическим исследованиям. В 1873 - 1874 годах Юнкер участвовал в археологической экспедиции в Туние, где изучил на практике арабский язык. Готовясь к задуманному им большому путешествию в глубь Африки, он в совершенстве освоил технику топографической съемки. Участие в работе Международного географического конгресса в Париже в августе 1875 года дало Юнкеру возможность лично познакомиться с такими выдающимися исследователями Африки, как Нахтигаль, Рольфе и Швейнфурт (последний на всю жизнь остался его близким другом). "Обмен мыслями с заслуженными исследователями, - вспоминал впоследствии Юнкер, -направил мое внимание на страну Дарфур в Восточном Судане, которая тогда стояла в центре географических интересов".
В октябре 1875 года Юнкер высадился в Александрии и после небольшой экскурсии в Ливийскую пустыню отправился в Судан. Во время первого этапа своего путешествия - от красноморского порта Суакин до Хартума через Кассалу и Гедареф - он впервые нанес на карту нижнее течение большого хора (пересыхающей реки) Барака. В ожидании разрешения египетских властей на путешествие в Дарфур он воспользовался представившейся ему возможностью совершить поездку на пароходе из Хартума вверх по Белому Нилу и его притоку к Собату: в ходе этого плавания, состоявшегося в августе - сентябре 1876 года, русский путешественник впервые выполнил точную съемку нижнего течения Собата.
Задержка с разрешением на въезд в Дарфур, а также полученные Юнкером сведения о том, что эта область уже достаточно обследована офицерами египетского генерального штаба, привели к пересмотру первоначальных планов. Юнкер решил заняться исследованием южных районов Судана. В ноябре 1876 года он прибыл из Хартума в Ладо, центр Экваториальной провинции, и в январе следующего года двинулся на запад, в область Макарака, известную европейцам только в восточной своей части. С природой и населением этой области Юнкер основательно познакомился в трех круговых маршрутах, проделанных им с марта по июнь 1877 года.
Значение его исследовательской работы в Макарака усугублялось тем, что этот район занимает водораздельное положение между бассейнами нильских притоков Ей и Роль, с одной стороны, и Кибали-Уэле - с другой, определение положения этого участка нильского водораздела, до того отодвигавшегося на картах гораздо дальше к югу, явилось важной заслугой русского путешественника. Его знакомство с бассейном Уэле ограничилось на данном этапе посещением истоков небольших рек Ака и Гарамба, впадающих в правый приток Уэле – Дунгу. На нильской стороне водораздела Юнкер открыл истоки рек Аире и Яло, образующих своим слиянием Роль, а также уточнил положение реки Ей; при этом он убедился в несостоятельности предположения Марно о том, что Ей - верховье Роля, и констатировал, что "она составляет самостоятельную реку, текущую к северу".
В июле - августе 1877 года, приняв участие в походе египетских войск из области Макарака в провинцию Бахр-эль-Газаль, Юнкер проследил Роль от его истоков далеко вниз по течению, а затем познакомился с текущими параллельно Ролю на север более западными реками системы Бахр-эль-Газаля - Роа (Нам-Джау), Тонджем, Молмулом и Джуром, через которые ему пришлось последовательно переправляться, двигаясь в западном направлении. На обратном пути, в сентябре того же года, он более детально обследовал бассейн Роа. Неоднократно пересекая маршруты своего предшественника Швейнфурта, русский исследователь смог связать в единую сеть его и свои собственные съемки, привязанные к различным исходным пунктам: у Швейнфурта - к Мешра-эр-Рек, у Юнкера к Ладо; тем самым был обеспечен их взаимный контроль и соответственно значительно повышена надежность карт юго-восточной части бассейна Бахр-эль-Газаля.
По возвращении в Макарака, в октябре 1877 года, Юнкер проследил водораздел между притоками Нила и Уэле немного дальше к западу от уже разведанного им участка. Он побывал в районе истоков Роа (известной здесь под названием Мариди) и Тонджа и с расстояния в несколько десятков километров повидал высящуюся у истоков Суэ (Джура) гору Бангензе, легко узнав ее по описанию Швейнфурта.
Последний важный этап путешествия Юнкера был связан с его участием еще в одной египетской военной экспедиции - на этот раз к югу от Макарака, в область Калика. В этом походе, в ноябре 1877 - январе 1878 года, он поднялся вверх по долине Ей почти до самых ее истоков, пересек водораздел и углубился в район истоков Кибали-Уэле. "Я находился у Кибби, истока реки Уэле и, таким образом, достиг долгожданной цели. Мне суждено было войти в области, в которых еще не ступала нога белого человека, и обогатить наши сведения об Африке. В самых южных пунктах, достигнутых нашей экспедицией, я видел далеко на юге, на расстоянии 30-40 км, горные цепи, у которых, вероятно, находятся истоки Кибби-Кибали-Уэле".
Тем самым было подтверждено предположение Швейнфурта о том, что Уэле берет начало в горах к западу от озера Альберт, и одновременно опровергнуты взгляды тех ученых, которые, основываясь на сообщении Джесси об уходящем якобы на запад рукаве Бахр-эль-Джебеля, видели продолжение этого рукава либо в Уэле, либо в Ей. "Уже топография местности, - указывал Юнкер, - делает почти немыслимым сток вод Бахр-эль-Гебеля [Бахр-эль-Джебеля] к западу или северо-западу, в чем я и убедился, когда ближе познакомился с гидрографией этой гористой страны". В сентябре 1878 года Юнкер вернулся в Петербург. Основные результаты трехлетнего путешествия в Африку были доложены им в начале 1879 года на заседании Русского географического общества и в том же году опубликованы в его "Известиях". Статьи и картографические материалы Юнкера печатались также в немецких географических журналах, главным образом в "Сообщениях Петерманна".
Вывезенная Юнкером из Африки богатая этнографическая коллекция была подарена им Российской Академии наук.
В октябре 1879 года Юнкер вновь ступил на африканскую землю в Александрии, чтобы отправиться во второе путешествие, в Центральную Африку. "Моя цель, - пишет он, -состояла в исследовании стран, орошаемых рекой Уэле, и в определении течения этой реки возможно далее на запад". Юнкера сопровождал в качестве помощника уже бывавший в тех краях немец Фридрих Бондорф.
Добравшись по Нилу и Бахр-эль-Газалю до Мешра-эр-Рек, Юнкер выступил отсюда в марте 1880 года в направлении на Дем-Солиман (Дейм-Зубейр) - главную египетскую станцию в западной части бассейна Бахр-эль-Газаля, а из Дем-Солимана двинулся на юг, в область расселения азанде. Вождь азанде Ндорума, никогда не видевший европейцев, лично вышел ему навстречу с приглашением побывать у него в гостях.
Вскоре Юнкер оставил позади территорию, известную по описаниям Швейнфурта, и вступил в неисследованную область. Путь его проходил вдоль водораздела Нил - Конго, сначала по нильской, затем по конголезской его стороне. "Эта гидрографическая граница, - пишет Юнкер, - была для меня исключительно достопримечательна. Во время моего путешествия по Макарака я впервые в области негров мунду, а позже и в Калика, переходил через принадлежащие бассейну Конго притоки. Конечно, я и теперь еще не подозревал, что Уэле-Макуа в конце концов повернет к Конго. Теперь я мог здесь на западе приближенно установить линию раздела обеих наибольших систем рек". В непосредственной близости к водоразделу находилась и резиденция Ндорумы, расположенная в истоках реки Уэре (Вере), правого притока Уэле. Здесь Юнкер основал постоянную базу для будущих путешествий.
С августа по декабрь 1880 года русский исследователь совершил свой первый большой маршрут в бассейне Уэле. Из района верховьев Уэле он направился на юг, пересек бассейн другого правого притока Узле, Гурбы, и вышел к Уэле близ устья открытой Швейнфуртом Мбруоле (Бвере). Переправившись на южный берег Уэле, Юнкер проследил эту реку на значительное расстояние вверх по течению и дошел до египетской станции Тангази в землях мангбету, в дальнейшем, вновь переправившись через Уэле, он вернулся на свою базу у Ндорумы по большой, выпуклой к востоку дуге, через бассейны правых притоков Уэле - Дуру, Капили, Бвере и Гурбы. В январе 1881 года Юнкер вновь отправился к Уэле и обследовал район большой излучины, которую описывает эта река ниже впадения Гурбы. Здесь ему пришлось надолго задержаться из-за ухода носильщиков; продолжить путешествие он смог лишь в ноябре, примкнув к прибывшим сюда египетским войскам. Конец 1881-го и первую половину 1882 года русский путешественник провел в маршрутах к югу от Уэле, главным образом в бассейне ее крупнейшего левого притока Бомоканди; неоднократно переправляясь через эту реку, он заснял несколько участков ее течения, равно как и ряд ее притоков. В своем последнем большом исследовательском маршруте к югу от Уэле Юнкер прошел далеко на юг от Бомоканди и 6 мая 1882 года открыл текущую на запад реку Непоко. "Наконец, - вспоминает он, -я был у реки, название которой в течение всего моего путешествия я слышал многократно, причем меня заверяли, что Непоко - не приток Уэле-Макуа, так что я должен был сопоставлять его с впадающей в Конго рекой Арувими". Он был недалек от истины, хотя Непоко и не тождественна с Арувими, но является ее главным правым притоком.
Трудности похода к Непоко - через густые тропические леса и болота - сильно ухудшили состояние здоровья путешественника. К тому же истощились и его припасы. "Вчера я с тяжелым сердцем понял, - записал он в дневнике, - что Непоко - конец моего дальнейшего продвижения... Больной организм потерял способность сопротивляться болезни, и уже это одно требовало возвращения домой".
Пока Юнкер странствовал к югу от Уэле, Бондорф по его поручению основал новую базу в верховьях Мбому, во владениях вождя азанде Земио, с которым русский исследователь уже встречался и который давно приглашал его к себе; туда было доставлено все экспедиционное имущество, находившееся ранее у Ндорумы. Туда же в конце сентября 1882 года прибыл с берегов Уэле и сам Юнкер. К тому времени он оправился от недугов и, воспрянув духом, решил перед возвращением в Хартум предпринять еще один большой исследовательский маршрут. "Я чувствовал себя снова сравнительно хорошо, а на юге и западе было еще так много интересного для изучения".
В декабре 1882 года Юнкер выступил со своей новой станции в южном направлении, пересек междуречье Мбому и Уэле (посетив по пути истоки Били, левого притока Мбому) и в январе следующего года вновь побывал на берегах Уэле у селения Багбинне - на том участке, где в нее впадают правый приток Уэре (Вере) и левый - Мбима (Бима). Вернувшись к Били, он двинулся параллельно ее долине на запад, затем отклонился к юго-западу и в конце февраля 1883 года еще раз вышел к Уэле у зерибы Абдалла, на траверсе острова Мутему; это селение явилось крайним западным пунктом его путешествия. "Достигнутая мной... точка реки, по-видимому, опровергала выдвинутое Г. М. Стэнли утверждение, что Уэле - верхнее течение Арувими, но надо было доказать, что Уэле не есть верхнее течение Шари... В это время мне было досадно, что я не могу дать новых сведений по этому вопросу..." Не найдя возможности продолжить путь вниз по долине Уэле, Юнкер повернул назад и в начале мая 1883 года возвратился к Земио; на последнем участке своего кругового маршрута он смог ближе познакомиться с гидрографической системой Мбому, в частности с ее правыми притоками Шинко и Варра.
Бондорф, которому Юнкер поручил транспортировку собранных коллекций в Европу, к тому времени находился уже на пути в Египет. Этот путь, однако, оказался крайне затруднен вспыхнувшим в провинции Бахр-эль-Газаль восстанием племен динка против египетского владычества. В конце концов, Бондорфу удалось, преодолев массу препятствий, добраться до Египта, но все экспедиционные коллекции пропали. Доставленные Бондорфом в Европу картографические материалы Юнкера, относящиеся к первым этапам его путешествия, были опубликованы в "Сообщениях Петерманна" за 1884 год; в том же журнале увидели свет (в 1885 году) отчет самого Бондорфа и карта, составленная по данным его собственных съемок.
Юнкер, намеревавшийся уехать вслед за Бондорфом, свыше полугода ждал, когда освободится дорога через Бахр-эль-Газаль. Это ожидание было напрасным: восстание динка было по существу лишь одним из эпизодов гораздо более широкого и мощного народного движения против египетского господства, вскоре охватившего весь Восточный Судан и вошедшего в историю под названием махдистского восстания.
В ноябре 1883 года Юнкер направился на восток, в Ладо, куда и прибыл в начале следующего года; на этом переходе он познакомился с районом истоков Мбому, а затем, перейдя водораздел Нил - Конго во владениях Ндорумы, пересек район истоков Суэ и вышел на свою старую дорогу через область Мака-рака. Путь на север по-прежнему был отрезан восстанием, и в ожидании развития событий путешественник провел на берегах Бахр-эль-Джебеля целых два года.
В январе 1886 года он двинулся отсюда на юг, решив попытаться вернуться в Европу через Занзибар. Этот путь - через Буньоро и Буганду - был тоже чреват многими трудностями и опасностями, но все же в декабре 1886 года Юнкер благополучно прибыл на восточное побережье материка. В апреле 1887 года он выступил с докладом о своем семилетнем путешествии на торжественном собрании Русского географического общества, специально посвященном его возвращению на родину.
Одним из крупнейших географических достижений Юнкера было то, что он фиксировал положение водораздела Нил - Конго почти на всем его протяжении (около 1200 километров). Если учесть, что эта важная гидрографическая граница была до того достаточно точно нанесена на карту лишь на одном небольшом участке - там, где ее пересекал Швейнфурт в 1870 году, - можно сказать, что, по существу, водораздел Нил - Конго, как географическое целое, был открыт Юнкером.
Другим принципиально важным обогащением карты Африки, связанным с именем Юнкера, явилось установление рисунка гидрографической системы Уэле - Мбому, ранее известной европейцам только в нескольких точках. Русский путешественник не только правильно определил соотношения всех крупных и большинства малых рек этой системы, но и непосредственно проследил многие из них. Окончательно выяснить, куда течет Уэле, ему не удалось, однако данные его исследований в сочетании с результатами плавания Гренфелла по Убанги максимально приблизили эту проблему к разрешению.
Основные научные результаты путешествий Юнкера были опубликованы в приложениях к "Сообщениям Петерманна" за 1889 год. Главным из них явилась составленная по материалам съемок русского путешественника немецким картографом Бруно Хассенштейном четырехлистная карта. Чрезвычайно высокая точность съемок Юнкера - тем более поразительная, что у него не было с собой приборов для астрономических наблюдений, - была впоследствии подтверждена другими исследователями. Текстовая часть работы, к которой приложена эта карта, включает развернутую характеристику гидрографии, орографии и этногеографии исследованной Юнкером области; приведены также данные метеонаблюдений, барометрических измерений высот и другие материалы.
Ценнейший вклад в мировую научную литературу об Африке представил опубликованный на немецком языке в Вене в 1889 - 1891 годах капитальный трехтомный труд Юнкера "Путешествия по Африке" - полное описание всей его многолетней исследовательской деятельности. Нарисованные в этой книге картины природы области Верхнего Нила и северо-восточной части бассейна Конго не уступают по точности и детальности картографическим работам автора. Большое внимание уделено характеристике коренного населения, его жизни, быта, материальной и духовной культуры. Правдиво показаны те бедствия, какие принесла африканским народам колонизация.
Собственные успехи на исследовательском поприще Юнкер неразрывно связывал со своим доброжелательным отношением к африканцам. "Именно то, что я так последовательно придерживался моего отношения к туземцам, - писал он, - способствовало моему проникновению в неприступные до того страны, которые открылись мне, исследователю-одиночке, путешествовавшему в сопровождении лишь нескольких слуг-подростков; однако население этих стран, несомненно, оказало бы сопротивление всем попыткам вторжения путем насилия".
В 1891 году Юнкер приступил к подготовке русского издания "Путешествий по Африке". Осуществить этот замысел ему было не суждено: 1(13) февраля 1892 года он скончался, немного не дожив до 52 лет. На русском языке его труд появился (в сокращенном виде) только в 1949 году.