В конце июля 1914 г. приказом по Военному ведомству утверждались боевые отряды воздушных кораблей «Илья Муромец». Отряд делился на две части: летную и наземного обслуживания. В летную часть входили, кроме командира отряда, помощник военлета (второй пилот «Ильи Муромца»), артиллерийский офицер, механик корабля, три летчика легких самолетов, четыре старших моториста, ответственных за двигатели «Муромца» (каждый за свой), один старший моторист для обслуживания приданных легких самолетов, семь младших мотористов, два стрелка-пулеметчика и лаборант-фотограф. В наземном штате была рота наземного обслуживания.

На должности командиров кораблей назначались военные летчики из числа инструкторов авиашкол. Помощниками становились выпускники авиашкол, имеющих звание «военный летчик». На должности артиллерийских офицеров (бомбардиров) приглашались преимущественно имеющие соответствующее образование, а бортмехаником мог стать офицер, хорошо понимающий технику.

Отряды комплектовал полковник С. А. Ульянин. Его заместитель штабс-капитан Г. Г. Горшков быстро освоил новый «Муромец», также занявшись подбором кадров. Начались поставки самолетов и тренировочные вылеты. Штабс-капитан Руднев был направлен во Львов для ведения боевых действий, а также поставки летных характеристик «Муромца».

Осенью 1914 года начались разработки нового тяжелого воздушного корабля серии «В». Дальность, например, увеличилась на 300 км, потолок стал свыше 3 тыс. м, скорость 125 км/час при той же посадочной 75 км/час. Бензобаки были перенесены на фюзеляж в центроплан. Маслобаки убраны за двигатели. Наружные обводы (носки и задняя кромка крыльев) стали делать из стальных труб, а до этого они были деревянными.

Тем временем начали поступать характеристики «Муромца» от Руднева. Докладывалось, что самолет имеет небольшую скорость, не защищен. Ни о каких бомбардировках и полетах в тыл противника не сообщалось. В целом мнение о «Муромце» было не самым лучшим.

Шидловский считал, что аварии и неудачи в эксплуатации происходят из-за плохой подготовленности экипажа. Была приостановлена поставка новых 32 моделей «Муромца», частично признавались недочеты в строении.

В качестве решения он предложил собрать отряды в одну эскадру по образцу эскадры морских боевых кораблей. Во главе эскадры должен стоять командир, знакомый с авиацией и, в частности, с тяжелыми самолетами. Кандидатура самого Шидловского хорошо подходила на должность командира. Проект был одобрен и в декабре 1914 года государем был издан приказ, по которому русская авиация делилась на тяжелую, подчиненную Штабу Верховного главнокомандования, и легкую, входящую в войсковые соединения и подчиненную Великому князю Александру Михайловичу, что положило начало стратегической авиации.

К 1 января 1915 г. вся эскадра была в Яблонне. Шидловский задался целью снять обвинения с «Муромцев». Рудневу было приказано начать вылеты, но он отказался, заявив, что самолет «Илья Муромец» не пригоден для этой цели. Вскоре самолет Руднева был разобран и доставлен поездом, а его самого обвинили в трусости. Во время проведения испытаний самолета Руднева в Яблонне отклонений было не замечено, вскоре репутация самолета как боевой машины была восстановлена.

21 января 1915 года эскадру посетил Великий князь Александр Михайлович. В его ведении после декабрьского приказа находилась вся легкая авиация. «Муромцы» подчинялись дежурному генералу Ставки Верховного главнокомандования. Во время посещения князь предложил лучшим летчикам оставить свои самолеты и перейти к нему в подчинение. Для большей убедительности было обещано большое жалованье и скорые награды, однако никто не пожелал переходить.