Книга состоит из трех томов:

т.1 «Происхождение и устройство»

т.2 «Инквизиция в различных христианских землях»

т.3 «Частные случаи инквизиционной деятельности»

Нищенствующие монахи принимали деятельное участие в истреблении ереси. Францисканцы, в свою очередь, сделались жертвой преследования, укреплению которого они так много содействовали.

По мере того как орден становился богаче и могущественнее, внутри него начинали возникать разногласия. Развивалась наклонность к мистицизму, вызванная, несомненно, влиянием серафического ордена, на который заявляло права францисканство. Люди, продолжавшие разделять взгляды основателей на необходимость абсолютной нищеты, отвергали софизмы, которыми старались примирить материальное благосостояние ордена с отречением от всякого мирского имущества.

Вторым после св. Франциска в основанном им ордене был Илия. На первом генеральном капитуле 1221 г. он исполнял обязанности оратора, так как Франциск был слаб, чтобы председательствовать. Почувствовав себя неспособным поддерживать дисциплину, Франциск отказался от звания генерала, и Илия стал викарным генералом ордена. В октябре 1226 г. Франциск умер. В феврале 1227 г. был избран генералом Джованни Паренти из Флоренции; но на самом деле Илия оставался главой ордена. Илия отличался светским и честолюбивым характером; он считался одним из самых ловких политиков современной ему Италии. Предвидя, какое огромное влияние будет связано с управлением ордена, и, добиваясь этой власти, Илия был неразборчив в средствах. На капитуле 1232 г. Джованни был смещен, а Илия избран генералом. Почти с самого основания в ордене возникли несогласия по поводу устава абсолютной нищеты. В первой биографии Франциска, написанной его любимым учеником братом Леоном около 1227 г., отмечено, что Франциск не был удовлетворен первым уставом и выработал второй, пропавший; причем св. Бонавентура в исчезновении его обвиняет Илию. Тогда Франциск составил третий устав под диктовку Христа. Многие монахи ордена, боясь строгости устава, вместе с Илией просили Франциска, чтобы он не связывал их своими предписаниями.

«Светская» партия в ордене скоро стала стремиться к освобождению от тяжелого стеснения, налагаемого правилами основателя. В 1231 г. капитул обратился к Григорию IX с вопросом, имеет ли завещание Франциска обязательную силу для ордена? Папа ответил отрицательно, так как Франциск не мог-де связывать своих последователей. Братья спросили также, какое имеет значение запрещение владеть деньгами или землями. Григорий приказал пользоваться для этого терциариями, которые должны хранить деньги и платить долги братьев. Эти поправки, искажавшие смысл устава, были приняты только после ожесточенных споров, грозивших расколом.

В 1237 г. Илия послал в разные провинции визиторов, поведение которых вызвало общее негодование. В 1239 г. был созван генеральный капитул, на котором присутствовали Григорий и девять кардиналов, папа заявил Илии, что готов принять его отставку. Но Илия заручился расположением Фридриха II и нашел себе убежище у императора, близким другом которого стал. Григорий безуспешно попытался захватить Илию и обвинил его в том, что он без разрешения посетил в Кортоне несколько бедных женщин. Так как он не явился по вызову, то его отлучили от Церкви. Илии удалось еще возбудить беспорядки среди францисканцев. Он умер отлученным от Церкви; настоятель францисканского монастыря приказал вырыть и бросить на живодерне его останки. Брат Салимбен дает массу подробностей дурного поведения Илии и той тирании, с которой применял он свою власть.