Том родился в июле 1962 года в городе Сиракузы, штат Нью-Йорк, и с раннего детства получил от родителей прозвище «сорви-голова». Ему было всего два с половиной года, когда он сбежал из дома и найти его удалось только с помощью полиции. Когда выплакавшая все глаза мать спросила сына, где он был, Том с гордостью ответил: "Я искал приключения". Мать была мудрой женщиной и попросила сына в следующий раз обязательно взять ее с собой. Том чрезвычайно серьезно отнесся к этой просьбе. Однажды он подошел к матери, взял ее за руку и сказал: "Время настало". То есть, пора идти искать приключения. Мать быстренько собралась в дорогу сама, одела трех сестер Тома и под его руководством вся компания отправилась за приключениями. Но путь их был недолог. Мальчик привел родных к омуту неподалеку от дома и рассказал, как он проводит здесь время: сидит на берегу и кидает в воду камни.

В другой раз маленький Том надумал искать приключения в родительском автомобиле. Дергая за рычаги, он случайно включил задний ход. Машина выехала из гаража. К счастью, неподалеку оказалась мать мальчика, которая на ходу вскочила в салон и сумела не дать машине выехать на оживленную трассу.

Любовь к искусству в Томе пробудила именно мать. Она увлекалась театром и даже основала любительскую труппу, в которую привлекла и своих детей. Тому обычно доставались роли солдат или полицейских. Не менее страстно мальчик увлекался и спортом, особенно бейсболом. По словам родителей, их сын пришел в спорт, желая освободиться от своей природной агрессии, которая возникла из-за частых переездов семьи с одного места на другое (за первые 11 лет жизни Тома они переезжали 11 раз). Поэтому настоящих друзей у Тома в детстве не было: он не заводил их, зная, что вскоре все равно придется расстаться. Кроме этого, мальчик сильно переживал из-за своей дислексии (неспособность к заучиванию), которая была поводом к многочисленным насмешкам среди сверстников. Как вспоминает сам Т. Круз: "Меня направили в класс коррекции чтения. Это было сущим мучением, выделяло и отдаляло меня от других детей. Я не мог понять, как пишется та или иная буква. И это влияло на все, что я делал, — на то, как пишу, как произношу слова, как понимаю прочитанное, буквально на все! Мое правописание было ужасающим. К счастью, мне удалось научиться распознавать буквы визуально, но это требовало огромных усилий как моих, так и маминых".

В довершение ко всему, когда Тому было 13 лет, из семьи ушел отец. Мальчик никогда не находил общего языка с отцом, поскольку тот постоянно был чем-то занят. Вдобавок Круз-старший увлекался "зеленым змием" и превратился в законченного алкоголика. После развода он стал бродяжничать и со своей бывшей семьей практически не общался. Ему было наплевать, что близкие прозябают в ищете, что его детям приходится донашивать одежду своих двоюродных братьев и сестер. С тех пор Том не любит рассказывать о своем родителе, видимо, стесняясь именно этих деталей его биографии.

После того как из семьи ушел отец, Том принял решение стать священником и поступил в семинарию Святого Франциска в Луисвилле. Она отличалась тем, что треть ее воспитанников были детьми из неполных семей. Там он впервые получил хорошее образование, поскольку до этого ему пришлось часто менять школы. Однако пребывание в стенах семинарии длилось недолго всего полтора года. Вскоре семинарию закрыли, поскольку число семинаристов сократилось до 50 человек и содержать ее стало экономически нецелесообразно. Том встретил этот факт без всякого сожаления — в последние месяцы он стал тяготиться пребыванием там. Юноша понял, что аскетичная жизнь священника не для него. Он уже начал интересоваться девушками, хотя переживал, что не будет иметь у них успеха из-за маленького роста. Но это оказалось не так.