В то время, когда русские войска добывали славу на Дунае, в недрах России разразилась гражданская война под предводительством беглого казака Е. И. Пугачёва, принявшего титул императора Петра III, что в глазах восставших приподнимало его авторитет. Появление самозванцев было довольно распространенным явлением в организации различных бунтов. Этим Пугачёв придал своему движению в глазах не очень сведущих масс оттенок законности, что показывает его понимание психологии русского народа, и приобрел поддержку большой части яицкого войска, сыновей и внуков булавинских бунтарей, которым обещал все старые вольности. Имя Петра III, кроме того, пользовалось популярностью в среде раскольников. Сторону Пугачёва приняли и башкиры, не раз до того бунтовавшие и жестоко усмирявшиеся.

Граф Орлов.

Яицкая пограничная линия состояла из ряда «крепостей» и постов – деревянных и глинобитных поселков, занятых командами гарнизонных войск и инвалидов, отвыкших от строя и службы. Почти все эти «фортеции» стали легкой добычей бунтовщиков в 20-х числах сентября 1773 года. Пугачёв истреблял офицеров, кровью своей запечатлевших верность присяге, присоединял к себе оробевшие гарнизоны и шел от одной крепости к другой. Силы его росли подобно снежному кому. 18 сентября он одержал свою первую победу у Бударинского форпоста, а 5 октября мятежники появились под Оренбургом. Беспомощность властей, совершенно потерявших голову, способствовала успеху и без того молниеносному. Пугачёв осадил Оренбург и следом Яицкий городок. Осада длилась всю зиму 1773–1774 гг. На Яик прибыл А. И. Бибиков – блестящий организатор и способный военачальник. Прибыли из внутренних губерний и войска, главным образом гарнизонные (почти вся наша вооруженная сила занята была борьбой с Турцией). Конец марта ознаменовался крупными неудачами для мятежников: живая их сила была сокрушена Голицыным при Татищевой (где убиты 2 с половиной тысячи их и взята вся артиллерия – 32 пушки) и у Берлинской слободы. 31 марта освобожден Оренбург, а 15 апреля Яицкий городок. Пугачёв пытался контратаковать, но у Сейтовой лишился последних 7 пушек и бежал в единственное остававшееся у него убежище – Секмарский городок – всего со 150 сподвижниками. Яицкая область была совершенно очищена от его банд, и самозванцу, казалось, наступил конец.

«Апофеоз царствования Екатерины II». Художник Г. Грегорио.

Но счастье улыбнулось ему еще раз. 9 апреля неожиданно скончался Бибиков. Смерть его повлекла приостановку в преследовании Пугачёва, воспрявшего духом. Из Секмарского городка Пугачёв бросился в Уральский горнозаводской район, где нашел исключительно благоприятную почву в среде «пролетариата», фабричных и приисковых рабочих и разного сброда. В мае и июне он овладел средним и нижним течением Камы, занял Магнитную, Осу, Ижевский и Воткинский заводы. Собрав опять значительные силы, самозванец устремился на Казань, которую и разгромил 12 и 13 июля. Однако здесь пугачевцы были атакованы и совершенно уничтожены полковником Михельсоном в боях 13-го и 15-го числа. С кучкой приверженцев Пугачёв бежал на Волгу и 17 июля переправился через нее.

И тут наступил последний и самый страшный период мятежа: поголовное восстание всего крепостного населения Поволжья. Михельсону едва удалось в бою при Арзамасе прикрыть московское направление и центральные области. Казанская, Симбирская, Пензенская, Саратовская и часть Нижегородской губернии вспыхнули как порох. Опустошительным смерчем прошел Пугач от Цивильска на Симбирск, из Симбирска на Пензу, а оттуда на Саратов. В охваченных восстанием областях истреблялось дворянство, помещики, офицеры, служилые люди; причем восставшие не щадили ни пола, ни возраста. Июль и август 1774 года, два последних месяца восстания Пугачёва, были в то же время самыми критическими. Спешно укреплялась Москва. Императрица Екатерина намеревалась лично стать во главе войск, издавая многочисленные манифесты и указы против восставших. Овладев Саратовом, Пугачёв двинулся на Царицын, но здесь 24 августа настигнут Михельсоном, и все его войско уничтожено (взято 6000 пленных и все 24 пушки). Самозванец бежал за Волгу в яицкие степи, где его взяли бывшие сподвижники и сдали только что прибывшему на Волгу с Дуная Суворову. Восстание было подавлено, а следствием стало усиление крепостного права и роспуск Комиссии уложения.