Это, на мой взгляд, может быть в двух случаях (дополните меня, если я ошибаюсь):

(1) Когда принятая система правописания навязана извне или слишком устарела и не отражает реалий современного языка.

Примеров можно привести много. Скажем, арабская графика очень неудобна для большинства языков, в которых гласные звуки играют в словообразовании не вспомогательную роль. Или то, что часть греческих букв были совершенно не нужны в языках славянских (и поэтому исчезли из кириллицы).

По поводу же "устаревших" букв отмечу, что эти вопросы решаются столетиями. То есть, чтобы заменить одну букву другой (как "ижицу" на "и"), произношение этих букв действительно должно полностью слиться.

(2) Если она ставит целью большему сближению и без того близких языков, носители которых проживают в одном государстве.

Примером могут служить реформы македонского языка в Югославии. К сожалению, в нашей стране стараниями местных националистов зачастую шел обратный процесс.