В 1517 году белый лист с девяносто пятью тезисами против католицизма был прибит ночью к стене здания Виттенбергского университета. Тезисы были составлены профессором Мартином Лютером, и они послужили началом реформации в Германии, закончившейся Великой крестьянской войной.

В первые годы реформации Мюнцер был в восторге от проповедей Лютера и надеялся, что Лютер — виттенбергский профессор, действующий под покровительством герцога Саксонского, — будет иметь больше успеха, чем он сам при своем незначительном положении. Ведь он был крестьянским сыном, отца которого повесили графы Штольберги за то, что он — крепостной раб — посмел скопить несколько грошей себе на черный день.

Ценой больших лишений Мюнцеру удалось кончить университет в Лейпциге, где он был учеником Лютера, и достичь степени доктора. Двадцати пяти лет он сделался священником, чтобы иметь право проповедовать и этим стать ближе к народу. Уже тогда он отступал от догматов католической церкви, а затем начал с ней решительную борьбу.

Он вскоре заметил, что Лютер ни шагу не делал к тем реформам, которые, по мнению Мюнцера, были необходимы, то есть к полному преобразованию церкви и государства. Мюнцер был убежден, что необходимо до основания разрушить старую церковь и уничтожить все существующие государственные отношения, ведущие к насилию, угнетению и рабству.

Лютер провозгласил, что церковь и духовенство не являются посредниками между человеком и богом, что церковь не может давать «отпущения грехов», что человек может достигнуть спасения не через церковные обряды и «таинства», а только при помощи своей веры. Лютер отрекся от самой церкви, но считал непогрешимыми церковные предания и многие ее догматы. Дальше этого он не шел. По его мнению, светская власть была основой всякой жизни и только она делала возможным существование христианства. Власть князей и феодалов в глазах Лютера была необходимой опорой реформации церкви.

В пылу борьбы с папским Римом (1520 г.) Лютер объявил, что Ян Гус был неправильно осужден Констанцским собором, и требовал броситься «на кардиналов, пап и всю свору римского Содома» с оружием в руках и «обагрить руки их кровью». Папа отлучил Лютера от церкви, Лютер в ответ публично сжег объявлявшую об этом папскую буллу (грамоту). В это время подготовлялось восстание мелкого дворянства против папского Рима. И одновременно нарастало народное революционное движение, которое проявлялось в отдельных крестьянских восстаниях и в организации тайных «Союзов башмака».

В апреле 1520 года Лютер получил вызов на рейхстаг. Ему было приказано ехать из Виттенберга в Вормс. С большим страхом поехал Лютер, — ведь его могли осудить как еретика и поступить с ним, как с Яном Гусом в Констанце.

На рейхстаге от Лютера требовали только одного: чтобы он отрекся от своего учения. Но Лютер твердо стоял на своем, и император Карл V злился, что из-за какого-то попа он может поссориться с папой, тогда как ему было выгоднее защищать католическую церковь. Он решил выпустить Лютера из Вормса, а потом объявить его вне закона. Тогда никто не посмеет ему дать ни крова, ни пищи и первый встречный должен будет его схватить и выдать властям… А потом — на костер1

С охранной грамотой императора выехал Лютер из Вормса. Через два дня пути повозка Лютера свернула на проселочную дорогу, которая шла лесом. Неожиданно из чащи выскочили несколько всадников в масках. Они остановили лошадей, вытащили Лютера из повозки и потащили за собой в лес. Кучер и спутник Лютера видели, как «святого отца» всадники гнали между коней через кочки и ямы. Но кто его похитил и куда его повели, они не знали.

В Германии все были в смятении. Большинство предполагало, что паписты, побоявшись осудить Лютера и отправить на костер в Вормсе, решили его похитить и где-нибудь тайно прикончить.

Через некоторое время Томасу Мюнцеру сообщили его единомышленники, что Лютер живет в полной безопасности в замке Вартбург под охраной герцога Фридриха Саксонского. Мюнцер понял, что таинственное похищение было подстроено по совету самого Лютера. Он заранее обо всем договорился с герцогом, и Фридрих Саксонский только делает вид, что ничего не знает, потому что не хочет подвергаться страшной каре со стороны императора.

И тут Мюнцер окончательно понял, что ему с Лютером не по пути. Мюнцер хотел церковную реформацию обратить в революцию и требовал полного разрыва с церковью. Он резко выступал против представления о «милосердном боге», который требовал от людей смирения и подчинения существующему насилию. Он стремился достичь всеобщего равенства на земле и учил, что его надо добиваться с оружием в руках. «Если единомышленники Лютера не хотят идти дальше нападок на папство и монахов, то им не следовало браться за дело». Он ждал счастья для народа и считал, что царство радости и свободы должно возникнуть быстро и насильственно. Мюнцер чувствовал в себе призвание освободить народ от власти угнетателей и отомстить за его страдания.

Мюнцер упрекал Лютера в том, что вера для него все, а земные дела — ничто. Он понимал, что Лютер совсем не думает о народе, а только о своем личном спокойствии и поэтому держится за княжескую власть. По мнению Мюнцера, время действовать настало, и он готов был пожертвовать своей жизнью за правое дело. Он призывал к крестьянскому восстанию и неутомимо выступал за власть трудового народа.

Из-за постоянных преследований местных властей Мюнцер был принужден часто менять свое местожительство.