Умирает императрица Екатерина, и на российский престол вступает сумасбродный и мстительный Павел. Павел удаляет от государственных дел любимцев Екатерины и влиятельных вельмож ее царствования. Вместе с ними удаляется и Кулибин. Вопросами науки Павел не интересуется, предпочитая им занятия военной муштрой своих гвардейских полков. Кулибин становится ненужным, даже как устроитель празднеств с иллюминациями, так как при Павле такие празднества становятся редкими.

Среди своих академических коллег Кулибин также не пользуется поддержкой. Всё реже и реже обращаются за помощью к Кулибину. Если это и делают, то только в тех случаях, когда техническая сметка Кулибина становится совершенно необходимой. Так, когда вновь отстроенный 120-пушечный корабль «Благодать» застрял при спуске на воду, то ученые кораблестроители вызывают Кулибина. Кулибин с помощью специально спроектированной им системы канатов с блоками спасает корабль от катастрофы.

Кулибину поручается также проверка шпиля Петропавловской крепости, когда возникают сомнения в его устойчивости. Шестидесятилетний старик взбирается по проволочным лестницам на верх колокольни и, повиснув в воздухе, держась только за курантные проволоки, подвинчивает болты, на которых держится шпиль.

Кулибин тяжело переживает невнимание двора и академиков к своим работам и изобретениям. В письмах к своей дочери он жалуется на стесненные обстоятельства своей жизни и работы. «О себе вам извествую, что я и со всеми домашними здоров… Но обстоятельства чрезвычайно тесны», пишет Кулибин в сентябре 1800 года.

Осталось неизвестным, какие «обстоятельства» привели к устранению Кулибина от должности механика Академии наук, но 24 августа 1801 года он увольняется.

Александр I закрепил за ним пенсион в размере получавшегося им жалования, кроме того, ему было выдано 6 тысяч рублей для погашения долгов, сделанных изобретателем при производстве своих опытов.

Глубокой осенью по грязным, разбитым дорогам возвращается Кулибин обратно в Нижний, с детьми и беременной женой. Жена, не выдержав переезда, умирает во время родов. Убитый горем старик тяжело заболевает. «Чувствую в здоровье великую перемену… Внутренность мою пожирают разными чувствиями боли», пишет он сыну. Действительность представляется ему в самом черном свете.

Но могучая физически натура Кулибина поборола болезнь, и он возвращается к работе над своими новыми изобретениями. В 1802 году Кулибин женится в третий раз и, купив в Нижнем домик, приступает к проекту «водоходного судна».

Идея этого судна возникла у Кулибина в результате серьезного изучения им проблемы судоходства по Волге. Самыми распространенными грузовыми судами, ходившими по Волге в то время, были «расшивы». Расшивы тянулись по Волге бурлаками. Впрягшись в кожаные лямки, с заунывными песнями тянули суда бурлаки, утопая ногами в мокром песке. За день бурлаки проходили не более 10 верст, так как расшивы иногда брали до 25 тысяч пудов груза. Кулибин, который с детских лет был свидетелем каторжного труда бурлаков, ясно видел его малую эффективность и пришел к мысли о замене бурлацкого труда механическими устройствами. Так, еще в 1782 году родилась у него идея создания «водоходного судна».

Принцип действия судна Кулибина состоял в следующем. Поперек судна был установлен гребной вал, по концам которого были насажены два гребных колеса. Зубчатой передачей движение с гребного вала передавалось на параллельный вал, на котором имелись «навои», то-есть детали, на которые, как на катушки, могли наматываться — навиваться — канаты.

Судно двигалось вверх против течения реки. Для этого один конец каждого из канатов завозился вверх по реке и якорился там. Вода, воздействуя на гребные колеса, вращала гребной вал и через зубчатую передачу приводила во вращение вал с «навоями». «Навои» выбирали канат, и судно медленно подтягивалось вверх по реке. Когда вся длина канатов была выбрана, они вновь завозились вверх по реке, и операция повторялась. Судно проходило за 16 часов 12–13 верст.

Первая модель такого судна была испытана Кулибиным еще в 1782 году на Неве. Судно с членами испытательной комиссии прошло мимо Зимнего дворца, откуда его наблюдала Екатерина. Проект изобретателя был одобрен, но никаких конкретных мероприятий по внедрению этого изобретения опять-таки предпринято не было.

«Водоход» И. П. Кулибина (1782–1804)

Колесо «Водохода» И. П. Кулибина

Между тем, по расчетам Кулибина, применение его судна могло дать экономию средств, расходуемых на перевозку грузов по Волге, в размере 80 рублей на каждую тысячу пудов. Грузовой же поток по Волге в то время приближался к 10 миллионам пудов. Применение машинной тяги вело к сокращению рабочей силы почти вдвое. Одновременно с этим уничтожался каторжный труд бурлаков.

Проект Кулибина встретил значительное противодействие некоторых предпринимателей, боявшихся уменьшения количества «работного народа» и доходов, которые от него получали эти предприниматели. Поэтому, не надеясь на частный капитал, Кулибин обращается к царскому правительству с просьбой ассигновать средства на постройку судна. В случае неудачи Кулибин брал на себя все издержки. В случае же удачи Кулибин передавал судно бесплатно в пользование государству.

Просьба Кулибина была уважена… и ему была выдана вперед за два года сумма его пенсиона. В 1804 году Кулибин заканчивает монтаж судна, и 23 сентября судно испытывается. Судно двигалось против течения и не уступало в скорости расшивам, ведомым бурлаками. По сравнению с первой моделью второе судно было значительно улучшено.

Кулибин передает все свои чертежи и расчеты в министерство внутренних дел, которое дает их на заключение ряду чиновников. Материалы переходят из одной канцелярии в другую, по нескольку раз возвращаются для доработки к изобретателю, и постепенно замечательное изобретение тонет в пучине канцелярских бумаг. Дело кончается тем, что Городской думе было приказано взять судно на хранение «впредь до повеления, дав механику Кулибину в приеме оного надлежащую расписку».

Интересна дальнейшая судьба этого судна. По распоряжению министра внутренних дел Куракина, оно было продано за 200 рублей на дрова. Кулибин не имел этой суммы, чтобы выкупить судно.

Неудачи не расхолаживают изобретателя, и он проектирует третий вариант судна. В этом тщательно разработанном варианте Кулибин применяет ряд интересных новшеств: так, например, он использует в нем конструкцию поворотных плиц.

Можно утверждать, что если бы суда Кулибина были приняты к постройке, то, постепенно улучшая их, изобретатель дал бы мощный толчок развитию русского грузового судоходства. Конструкции судов были им разработаны совершенно самостоятельно и много совершеннее заграничных конструкций.

К этому же времени относится изобретение Кулибиным механизма протеза ноги. Механизм представлял собой шарнирный четырехзвенный параллелограмм, создававший поступательное движение конечностей.

Сохранились черновые наброски и некоторых других предложений Кулибина.