В начале VI века Монтекассино представлял собой полуразрушенный городок, который когда-то был крепостью (Castrum Casinum). Римский патриций Тертулл подарил преподобному Венедикту участок земли, и 8 апреля 529 года, в день праздника святой Пасхи, монахи с пением «Аллилуия» приступили к работе.
В Монтекассино еще были сильны языческие верования, и храм Аполлона, стоявший на горе, возвышался над городом. Преподобный Венедикт приказал своим ученикам разобрать этот храм, подтверждая делом начатую им проповедь против язычества, и на этом месте был заложен монастырь с небольшой церковью в честь «начальника и покровителя монашества» святого Иоанна Крестителя, а также часовней, посвященной святому Мартину Турскому. Не является случайностью то, что основание монастыря Монтекассино по времени совпало с указом императора Юстиниана(527–565) об упразднении последней школы античной философии в Афинах. «Можно сказать, что после Бенедикта не только язычники, но и полуязычники… стали анахронизмом. Последний из великих стражей античной культуры Кассиодор, который пережил всех своих выдающихся современников, сбросил тогу и облекся в рясу».
Сначала монахи Монтекассино жили в старой башне полуразрушенной крепости, но со временем были воздвигнуты монастырские постройки, обнесенные высокими стенами. С самого начала своего существования монастырь стал естественным центром, привлекавшим к себе многочисленных паломников, а впоследствии «монастырь этот, известный позднее под именем аббатства Монтекассино, стал метрополией всех бенедиктинских монастырей Запада. Это был единственный маяк, изливавший во мраке средних веков свой благословенный свет просвещения». Но монастырь Монтекассино был не только религиозным центром; его высокие стены в то беспокойное время были надежной защитой от многочисленных нашествий варваров. Еще при жизни преподобного Венедикта неподалеку от Монтекассино возник второй монастырь — Террачина. В Монтекассино преподобный Венедикт в 530–540 годах написал свой знаменитый Устав, играющий крупную роль в истории западного монашества. Там же он и скончался в 543 году; память его кончины отмечается Православной Церковью 14 марта (ст. ст.).
Вскоре после кончины преподобного Венедикта один из насельников монастыря, по имени Марк, сочинил 33 двустишия — похвалу основателю ордена.
Дальнейшая судьба монастыря Монтекассино была тяжелой. Вторжение лангобардов в 568 году фактически разрушало все виды монашеской жизни в Италии. «Везде были видны лишь разрушенные города, разграбленные храмы, убитые епископы и клирики, истребленное население». Около 581 года Монтекассино был разрушен; монахам удалось спасти оригинал Устава преподобного Венедикта и бежать в Рим. Папа Пелагий II (579–590) отвел им место недалеко от Латеранской базилики, где они и основали первый в Риме бенедиктинский монастырь, посвященный святому Иоанну Крестителю. Что же касается монастыря Монтекассино, то он в течение 140 лет лежал в развалинах и был восстановлен лишь в начале VIII века. Подобная участь постигла и бенедиктинскую обитель в Субиако: в 601 году она была разрушена лангобардами и восстановлена также в начале VIII века.
Постепенно завоеватели приобщались к христианству, и, «став ортодоксальными католиками, лангобардские государи и епископы сделались самыми ревностными поборниками римского культа. Они строили церкви и монастыри, где лангобардские монахи отдавались изучению наук». Наглядным примером тому служит судьба лангобарда Варнефрида, который уже в пожилом возрасте принял монашество и поселился в Монтекассино. Известный под именем Павла Диакона (ок. 720–799), он изложил в стихотворной форме житие преподобного Венедикта, а также явился первым комментатором его Устава. С VIII века Монтекассино становится центром латино-лангобардского духовного просвещения и приобретает известность во всей Западной Европе; «даже способный военачальник, майордом Карломан, сделался монахом в монастыре Монтекассино, вследствие, как говорили, раскаяния в кровопролитии, учиненном им в 746 году над восставшими алеманами».
В лангобардскую эпоху началось формирование итальянского языка из разговорных латинских диалектов, и история первого, дошедшего до наших дней, документа на итальянском языке также связана с Монтекассино. Наибольшее число таких документов, датируемых X–XIII веками, хранилось в архивах бенедиктинской обители. В середине X века Монтекассино подвергся набегам сарацин и был сожжен ими. Сразу же после этого события насельники монастыря предприняли меры, чтобы возродить свое хозяйство, и, как повествует монастырская хроника, наместник Монтекассино, «вскоре призвав из соседних, не опустошенных сарацинами земель во владения этого монастыря, нуждавшегося в земледельцах, крестьян, поселил их там с семьями. Он заключил как с теми, кого он застал там, так и с теми, которых он собрал, либеллярное соглашение (на условии), что они ежегодно будут давать монастырю… седьмую часть (урожая) пшеницы, ячменя и проса, с вина же — третью часть». В конце X — начала XI века на землях, прилегавших к монастырю, было сооружено большое число крепостей с тем, чтобы обезопасить обитель от дальнейших набегов сарацин. С XI века у монастыря появляется собственное кораблестроение; «выход к морю открыла аббатству Монтекассино подаренная ему в 1066 году крепость Торре-ад-Маре (у впадения реки Гарильяно в море). Аббатство завязало оживленную торговлю с рядом портов Тирренского моря и с Востоком». Монастырь Монтекассино освобождался от уплаты торговых пошлин. Все эти события значительно укрепили центр бенедиктинской конгрегации, что обусловило дальнейший рост ее влияния в странах Европы.
При аббате Дезидерии (1027–1087) в 1068 году были обретены мощи преподобного Венедикта, место захоронения которого было утрачено из памяти поколений насельников в период многочисленных разрушительных нашествий варваров. Сам Дезидерий, происходивший из лангобардской герцогской семьи, написал труд о деяниях основателя Монтекассино — преподобного Венедикта. В это время монастырь достиг своего расцвета: были воздвигнуты новые корпуса, собрана богатая коллекция древних рукописей. «Велика была роль Монтекассинского аббатства в поддержании литературных связей с Византией. Из многочисленных переводов с греческого, предпринятых в XI веке в Южной Италии, немалая часть принадлежит монахам аббатства, которым нередко случалось посещать Константинополь с различными дипломатическими миссиями и по церковным делам. Аббатство поддерживало также весьма оживленные сношения со своими соседями — калабрийскими православными монастырями, которые являлись проводниками греческого влияния».
В 1349 году землетрясение разрушило собор и стены монастыря, и потребовались большие усилия, чтобы — при поддержке папы Урбана V (1362–1370), бенедиктинца, — восстановить обитель из развалин. Центр бенедиктинского ордена переживал не только взлеты, но и периоды упадка, как, напр., в середине XIX века когда, по свидетельству паломников, в Монтекассино насчитывалось всего лишь 20 иноков.
Во время Второй мировой войны монастырь оказался в районе боевых действий, и некоторые военачальники союзных войск, ошибочно полагая, что в аббатстве скрываются немецкие солдаты, отдали приказ о штурме его. 15 февраля 1944 года Монтекассино было полностью разрушено бомбардировками американской авиации. После войны обитель, находящаяся под покровительством преподобного Венедикта, снова возродилась из руин, причем большую материальную помощь оказало итальянское правительство; часть средств была собрана самим орденом бенедиктинцев, возглавлявшимся в то время аббатом Ильдельфонсо Реа. При раскопках, проведенных во время восстановительных работ после 1944 года, в монастырском храме был открыт некрополь, и в одной из могил вблизи алтаря была обнаружена гробница, где хранились мощи преподобного Венедикта, помещенные туда при их втором обретении в 1659 году при перестройке собора.