Опыт применения первых В-29 в войне с Японией заставил конструкторов доработать самолет, оснастив его упрощенной системой оборонительного вооружения. Выпуск таких самолетов развернула фирма «Белл». Сборка осуществлялась на заводе в Мариетте, штат Джор-джия, в настоящее время принадлежащем фирме «Локхид». Всего собрали 311 машин под обозначением В-29В («модель 345-3-0»). Вскоре эти самолеты поступили на вооружение 315-го бомбардировочного крыла, совершавшего ночные налеты на промышленные объекты на терри-тории Японии. С февраля по май 1945 года самолеты сначала поступали в арсенал в Оклахоме, где на них устанавливалось электронное оборудование. С мая 1945 года завод в Мариетте поставлял уже полностью укомплектованные бомбардировщики.
Самолеты В-29В имели и другие особенности. Например, они получили капоты мотогондол несколько измененной формы, а также новые обтекатели турбо-наддува. С самолетов убрали ручную систему регулировки режима работы двигателя, оставив один автомат. С самолетов также убрали целевой адаптер AN/ ARR-1, радиоальтиметр SCR-718, запрашивающий передатчик SCR-729, некоторые узлы радиостанции SCR-274N, всю хвостовую станцию типа «Рейвен», измеритель частот, антенны и кабели, а также радар AN/APQ-13. Антистатические предохранители изменили, придав им более благородную аэродинамику. С самолета сняли все, что оказалось бесполезным на фронте, стараясь уменьшить массу машины. В список убранного оборудования вошли все сигнальные устройства G-1, предупреждающие огни, регулятор подачи кислорода к месту хвостового стрелка, кушетки для отдыха экипажа, ремни безопасности на вспомогательных местах экипажа, столик бомбардира, оптический определитель сноса В-5, ящики со схемой электрического оборудования самолета, диагональную фотокамеру, а также резиновые пневматические антиобледенители на крыле и хвостовом оперении.
Но сильнее всего сократилось вооружение и бронирование самолета. Убрали обе верхние и обе нижние фюзеляжные башни, всю сложную систему дистанционного управления огнем, а также 20-мм пушку. Отказались почти от всего бронирования, исключая только бронестекло перед креслами пилотов и бронестекла кабины хвостового стрелка. Убрали также все противоосколочные переборки (flak curtains), исключая дюралевую плиту за креслами пилотов. Отверстия для башенок закрыли плоскими заглушками. Также закрыли отверстия для башенок, где находились стрелки. В хвосте установили третий 12,7-мм пулемет. В тыльной части фюзеляжа имелись окна, через которые вручную можно было стрелять из пулемета. Хвостовую огневую точку оборудовали радарным прицелом AN/APG-15, а также системой определения «свой-чужой» типа «Элла». Радар AN/APG-15 значительно повышал вероятность раннего обнаружения истребителей противника, атакующих бомбардировщики с задней полусферы.
В-29В также оборудовали радаром AN/APQ-7 «Игл». Этот радар разработала Радиоэлектронная лаборатория Массачусетского Технологического института. В Европе радар AN/APQ-7 не получил широкого распространения. Его поставили на нескольких сотнях бомбарди-ровщиков В-17 и двух десятках В-24. Радар «Игл» имел поле зрения всего 60 гр, зато обеспечивал высокую разрешающую способность. Антенна радара «Игл» походило на небольшое крыло и монтировалось под фюзеляжем между передней и задней бомбовыми камерами. На В-29В место оператора радара перенесли из задней в переднюю гермокабину. На В-29В отсутствовал дополнительный экран (репитер) радара AN/ART-13 у места штурмана. Поскольку «Игл» требовал большей мощности, самолет оснастили новой шиной и двумя инверторами 2500VA. Радар «Игл» и оптический прицел Нордена могли применяться одновременно, для этого имелось сопрягающее устройство.
Поскольку нужда в самолетах В-29В была очень высокой, первые самолеты поступили в части еще без радара AN/ APG-15, устройства «свой-чужой», калькулятора наводчика, третьего пулемета в хвостовой огневой точке и бортовых пулеметов в хвостовой части фюзеляжа. Эти машины действовали в составе 16-й и 501 — и бомбардировочных групп 315-го крыла. Эти части достигли состояния боеготовности 1 апреля 1945 года. Еще две группы — 502-я и 331-я — приступили к боевым вылетам 1 мая. Операторы радаров «Игл» проходили подготовку на самолетах В-24, оборудованных этими радарами. После окончания войны радары «Игл» установили на всех самолетах В-29.
Еще в 1944 году планировалось после сворачивания выпуска бомбардировщиков В-17 в Сиэтле, организовать там выпуск самолетов В-29С-ВО (5000 штук). Но с завершением войны этот заказ аннулировали. Последнюю модификацию — В-29В-БК — выпускали в Рентоне. Вскоре название самолета изменили на В-50А-B ее описание находится в соответствующем разделе. Всего на всех предприятиях собрали 3627 самолетов всех основных вариантов: ХВ-29, УВ-29, В-29, В-29А и В-29В.