В начале 1840-х годов антихалибовская группа, возглавляемая Г. Патканяном, обвинила Артемия Павловича во всех смертных грехах: казнокрадстве, взяточничестве, разврате, присвоении денег сирот, связи с бандитами, вплоть до убийства жителей города по его указке.

В 1844 году в Нахичевань из Екатеринодарской губернии для проверки деятельности магистрата прибыл следователь — генерал Жемчужников, славившийся своей неподкупностью и принципиальностью. Проводимая им проверка документации привела в содрогание не только чиновников, но и самого Артемия Павловича Халибяна. Генералом Жемчужниковым были выявлены многочисленные недостатки в деятельности магистрата. Все обнаруженное им было напрямую доложено архиепископу Габриэлу Айвазовскому. Собранный следователем материал был изучен и проанализирован владыкой, который, разобравшись в выявленных недостатках в работе магистрата, признав их незначительными, простил Халибяна.

В 1845 году в Нахичевань прибыл новый губернатор Федоров, сменивший на этом посту графа Воронцова.

5 октября 1845 года в город прибыл наследник престола — Великий князь Константин Павлович в сопровождении его воспитателя графа Витте.

Как уже ранее упоминалось, в октябре же 1845 года вновь избранный Католикос всех армян Нерсес остановился в городе Нор-Нахичеване по дороге в Эчмиадзин, его встречали городской голова А. П. Халибян и такие уважаемые граждане, как Геворг Хатроян, Даниил Одабашьян, Тер-Мартирос, Тер-Хрмаджян и Хачатур Хрмаджян. Католикос помолился в церкви Сурб Григор Лусаворич, поручил городскому голове А. Халибяну привести в порядок осыпавшийся посеребренный церковный купол, а также собрать церковные подати за год. С этого момента А. Халибян фактически стал в Нор-Нахичеване местоблюстителем Нахичеванской и Бессарабской епархии. Тогда же и началась многолетняя его вражда и тяжба из-за церковных денег с Г. Патканяном и М. Налбандяном, а также с так называемой антихалибовской группой жителей города. Халибяну удалось через Католикоса Нерсеса Аштаракского избавиться от главного «возмутителя спокойствия в городе». Габриэл Патканян с семьей переехал в Тифлис.

Однако в городе к тому времени выросло новое поколение молодых купцов, которые не прочь были прибрать к рукам не только богатства А. Халибяна и его сторонников, но и власть. Угадав момент, они рвались в бой, которым командовал двадцатичетырехлетний купец Карапет Айрапетян, а идейным вождем был двадцатилетний Микаэл Налбандян. Карапет Айрапетян был наиболее умный, авторитетный и сильный представитель нового поколения нахичеванских купцов. Это был активный и деятельный молодой человек. Свое немалое состояние сколачивал следующим образом. Ездил в Сибирь за маслом, которого было там много, отборного качества и очень дешевого. Закупленным маслом заполняли огромное количество бочек и бросали их в реку Каму. Быстрое течение несло эти бочки до самого Царицына, затем бочки вылавливались из воды, и сушей переправлялись до Калача, а здесь вновь сплавляли по Дону до Нахичевана, где товар через причалы Айрапетяна продолжал свой путь в Константинополь, Западную Европу, вплоть до Англии. Агрессивность и последовательность молодого Айрапетяна и его сторонников оказались неожиданностью для вступившего в седьмой десяток Халибяна. Он почувствовал необходимость передышки, поэтому по тактическим соображениям пообещал удовлетворить ходатайство о возвращении Патканяна в Нор-Нахичеван.