В декабре 1850 года второе отделение законодательного департамента высказало свое мнение по поводу просьбы армян сохранить за новонахичеванцами право руководствоваться Армянским Судебником, который, будучи применяем в течение многих лет, в некоторой степени приобрел силу закона. Требование нахичеванцев было одобрено императором 13 января 1851 года. Общее собрание Государственного Совета, исходя из докладов трех департаментов Правительственного Сената, приняло решение о том, что все торговые дела по Нахичеванскому округу, возникающие между армянами, представлять на рассмотрение армянского магистрата. Таким образом, сохраняя привилегии самоуправления армян в мелких делах, им не предоставили ожидаемых прав решать вопросы интенсивной торговли, совершаемой за пределами армянской колонии.
Духовный суд заведовал духовными делами переселенцев, а магистрат — их общественными делами. Духовный суд существовал до 1836 года, а магистрат — до 1859 года.
С 60-х годов XIX столетия полицейская власть отошла от армянского магистрата. Было введено хозяйственное управление города, вследствие чего и эта функция отошла от армянского магистрата. А с введением судебных уставов магистрат был лишен и этих судебных функций.
Таким образом, все предоставленные когда-то армянам, выходцам из Крыма, Екатериной II привилегии отошли в область истории. Но Нахичевань продолжал оставаться армянским городом с присущим только ему национальным армянским колоритом. Никто не вмешивался в дела армянской культуры, в традиции, в образ жизни. Цветовая гамма и покрой одежды горожан; запах пряностей и кофе на площадях и улицах, крохотные лавочки ремесленников, в которых на глазах клиентов изготавливались женские украшения или чинилась обувь. Нахичеван постепенно из города, где жители ходили в восточных одеждах, превратился в европейский город, в котором сохранился аромат Востока с неповторимой самобытностью. Так, в городе практически не было видно на женщинах накидок из атласа, которые надевали поверх платья. Отсутствовали в одежде девиц вышитые золотом «фески», украшения из жемчуга, «хулан» — пояса с серебряными застежками. Из старой моды в городе уцелел только «поши» — это кусок шелковой цветной материи, которым нахичеванские старухи искусно драпировали свои головы, прикрепляя его булавкой и убирая под него свои волосы.
В 60-е годы XIX века в экономическое развитие Нахичевани достигло высшей точки своего развития. Годовой оборот города по торговле был равен 8760 тысячам рублей серебром, из которых на долю мануфактурного и фабричного производства приходилось около 550 тысяч рублей серебром.
Крупнейшими предпринимателями города были М. Х. Гогоев, П. Е. Хатранов, Н. К. Сагиров, Е. М. Красильников, Г. М. Магдесиев, B. C. Ахчиев, Г. Х. Бахчисарайцев, А. Дабахов и другие.
В 1863 году Нор-Нахичеван посетил Великий Князь Николай Александрович, старший сын Александра II.
Сопровождал его Иван Константинович Бабич, историк, экономист, публицист, писатель. Он оставил такую заметку о своем посещении города: «Едва мы оставили за собой казачество, как очутились посреди густой толпы восточного населения, встретившей Великого Князя громкими криками и хлопаньем в ладоши на азиатский манер. Вокруг его коляски скакали удалые наездники армяне в военных костюмах и огромных белых папахах, и на проезде по улицам большого города из всех окон, богато убранных пестрыми коврами, смотрели на нас женские и детские лица в пышных полуевропейских, полуазиатских костюмах. Между молодыми женщинами много попадалось лиц замечательной красоты.
Из собора, после молебна, Великий князь прибыл в дом Аладжалова прямо к пышному обеду. Несметная толпа окружила дом Аладжалова, и как только Великий князь показывался у окна, приветствовала его теми оглушительными криками, с которыми только астраханские крики и рукоплескания могли идти в сравнение. К концу обеда начинало уже темнеть, нельзя было более медлить, потому, что в тот день ждали Великого князя в Ростове-на-Дону, и мы спешили возвратиться на пароход сквозь толпы народа, с жадностью теснившегося к пристани. Еще раз мелькнули перед нами улицы Нахичевана, нарядные красавицы в окнах, красивые дети, смотревшие на нас со всех сторон большими, черными, любопытными глазами, наездники в белых папахах и тысячи улыбающихся и волнующихся зрителей».