27 октября 1904 г. Высочайшим приказом капитан А. Е. Снесарев переведен на службу в Главный штаб. Подробности этого назначения остаются не вполне известны, но имеется большое основание рассмотреть за этим назначением фигуру, которая осталась за кадром событий. Речь идет о подполковнике Л. Г. Корнилове, который волею случая был связан с назначением Снесарева в Туркестан, и, вполне возможно, имел отношение к его переводу на службу в Петербург. Говоря образно, Снесарев в какой-то мере шел по пути, прокладываемому Корниловым. Как известно, после возвращения из командировки в Индию в июне 1904 г. Корнилов получил назначение на должность столоначальника Главного штаба и занимал эту должность до конца сентября 1904 г. Все это время он настойчиво рвался на фронт русско-японской войны, но получил назначение в действующую армию только в начале октября 1904 г. Вполне возможно, что отъезд Корнилова на фронт был обставлен условием руководства Главного штаба, что он найдет на свое место достойного кандидата, знакомого со среднеазиатским театром и способного к аналитической работе. Корнилов, хорошо зная способности и деловые качества Снесарева, сделал ему предложение занять его место в Главном штабе. Снесарев с готовностью такое предложение принял. Эта версия вполне согласуется и с хронологией событий: отъезд Корнилова в Маньчжурию практически совпал с прибытием Снесарева в Петербург. Во второй половине ноября 1904 г. Корнилов передал дела по должности Снесареву и в конце того же месяца выехал в действующую армию, куда прибыл 15 декабря 1904 г.

Отъезд Снесарева из Ташкента состоялся 6 ноября 1904 г. Для большинства ташкентской публики событие явилось достаточно неожиданным, новое место службы Снесарева также оставалось неизвестным. Ходили слухи, что Снесареву предназначается одна из кафедр в Николаевской академии Генерального штаба. В связи с этим событием туркестанская пресса сообщала: «Вчера покинул Ташкент Генерального штаба капитан А. Е. Снесарев. Обширная эрудиция Андрея Евгеньевича и его труды географического и историко-географического характера доставили ему почетное место среди местных работников на поприще туркестановедения, а в вопросах военно-политических, касающихся Индии, Афганистана и припамирских стран, он является одним из авторитетнейших знатоков».

С переводом в Петербург открывалась новая страница жизни А. Е. Снесарева как офицера Генерального штаба и военного востоковеда. Это будет период больших достижений, успехов и разочарований. Смещение фокуса русских военно-политических и стратегических интересов с Востока на Запад и подписание англо-русского соглашения 1907 г. имело негативные последствия для востоковедной деятельности Снесарева. Первая мировая война и Гражданская война надолго оторвали Снесарева от научной и публицистической деятельности. К любимому делу – науке о Востоке – он вернется только с окончанием Гражданской войны. Это будет один из самых плодотворных периодов научной деятельности А. Е. Снесарева, который будет прерван столь трагическими для него событиями. Но это уже другая тема, которая все еще ждет своих благодарных и вдумчивых исследователей.