Однажды в присутствии царицы Натальи Патриарх упрекнул Петра, сказав ему:
— Ты русский царь, а дома ходишь в иноземной одежде.
На это Петр дерзко заявил:
— Чем заботиться о моих портных, думай лучше о делах церкви.
Еще когда была жива мать Петра, он уже сказал Патриарху, чтобы ни он, ни другие представители церкви не являлись на совещания по государственным делам.
«Уничтожается церемония в Неделю Ваий, в которой царь раньше участвовал лишь как первый сын Церкви, а не как главный ее распорядитель.
Церемония эта с одной стороны возвышала перед народом сан Патриарха, а с другой стороны имела в виду упрочить и авторитет государственной власти Государя через участие его перед лицом всего народа в религиозной церемонии в качестве первого сына Церкви. До смерти матери и Петр участвовал в этой церемонии, держа за повод осла, на котором сидел Патриарх Адриан, но между 1694 и 1696 г. этот обряд был отменен, как якобы унизительный для царской власти».
Прекратился обряд страшного суда перед великим постом, с прекращением церковного настроения в правящих сферах. Обряд пещного действия, иллюстрировавший ту истину, что над государственной властью стоят высшие законы Божий, прекратился, когда восхваление принципа перестало соответствовать действительности (IV, 514, прим, 7); была нарушена неприкосновенность церковной собственности, перешедшей сначала в управление государства, а потом и в его собственность. Обряд в неделю Ваий был оставлен в 1676 году для одного Патриарха и вовсе прекратился после смерти матери царя Наталии Кирилловны, последовавшей в 1694 году (Скворцов, Патриарх Адриан. Православный собеседник. 1912, I); — затем Патриарх был лишен Петром права печалования, которое существовало несколько веков.
«…Патриарх перестал быть официальным советником царя и исключен из царской Думы; но этого мало: было еще одно право Патриарха, которое служило проводником идеи правды в государственное строительство. Это право печалования перед царем за опальных и обиженных, которое было публично посрамлено царем и в своем падении символизировало падение авторитета Патриарха». У Соловьева описана эта сцена последнего печалования в связи с стрелецким бунтом. «Делались страшные приготовления к казням, ставились виселицы по Белому и Земляному городам, у ворот под Новодевичьим монастырем и у 4-х съезжих изб возмутившихся полков. Патриарх вспомнил, что его предшественники становились между царем и жертвами его гнева, печаловались за опальных, умаляли кровь. Адриан поднял икону Богородицы, отправился к Петру в Преображенское. Но царь, завидев Патриарха, закричал ему: «К чему эта икона? Разве твое дело приходить сюда? Убирайся скорее и поставь икону на свое место. Быть может, я побольше тебя почитаю Бога и Пресвятую Его Матерь».
Наступление на самостоятельность Церкви Петр вел день за днем.
Вскоре после смерти матери Петр перестает участвовать в религиозных процессиях, в которых раньше обязательно принимали участие цари.
Отмена шествия в Неделю Ваий, крестных ходов на Богоявление, в Цветную неделю было воспринято стрельцами как превышение Петром прав царя и послужило основной причиной восстания стрельцов в 1698 году.
Начиная с 1695 года последний Патриарх Адриан уже прекратил «обращения, послания, окружные грамоты к народу, да и не бесполезно ли было это делать, когда властною рукой царя вводилось то, с чем боролся Патриарх: иноземные обычаи, поругание русского платья и русского ношения бороды, насмешка над церковным укладом жизни. Патриарх должен был молчать и стать орудие царя в церковном управлении».
Но вынужденное бездействие и молчание Патриарха было не самое плохое из числа тех унижений, которые Петр подготовлял Православию.