Первый буддийский монастырский университет, Наланда, был построен возле Раджагрихи в начале II века н.э. Там преподавал Нагарджуна и многие последующие мастера махаяны. Однако эти монастырские университеты особенно расцвели с основанием династии Гупты в начале IV века н.э. В их монастырской программе особое значение придавалось изучению систем философских доктрин, и монахи участвовали в суровых дебатах со сторонниками шести индуистских школ и школами джайнов, которые появились между III и VI веками н.э.

Тантра тоже появилась между III и VI веками н.э. в той же южно-индийской Андхре. Это была «Тантра Гухьясамаджи» (dPal gSang-ba ‘dus-pa’i rgyud). Нагарджуна написал к ней несколько комментариев. Согласно буддийской традиции, тантры также устно передавались со времён, когда Будда учил им, но более секретно, чем учения сутры махаяны.

Вскоре тантра распространилась на север. С середины VIII до середины IX веков н.э. она особенно расцвела в Уддияне (U-rgyan), современной долине Сват на северо-западе Пакистана. Позднее других тантр, в середине X века н.э., появилась «Тантра Калачакры» (dPal Dus-kyi ‘khor-lo’i rgyud).

Буддийские монастырские университеты достигли своих высот во времена династии Пала (с 750 до конца XII века н.э.) в Северной Индии. Много новых университетов, таких как Викрамашила, были построены под царским покровительством. Изучение тантры было введено в некоторые из этих монастырских университетов, в частности в Наланде. Но изучение и практика тантры развивались в первую очередь за пределами монастырей, особенно в традиции восьмидесяти четырёх махасиддхов (grub-thob chen-po), между VIII и XII веками н.э. Махасиддхи – это практики тантры с великими достижениями.