В Центральном Тибете Цонкапа сначала учился в монастыре дрикунг-кагью, где он изучал традицию махамудры школы дрикунг, которая называется «обладающая пятью» (phyag-chen lnga-ldan), медицину и углублял свои знания о бодхичитте. В семнадцать он уже был превосходным врачом. Тогда же он изучал «Филигрань постижений» (mNgon-rtogs-rgyan, санскр. Абхисамайяламкара), другие тексты Майтрейи и праджняпарамиту (phar-phyin, далеко ведущее распознающее осознавание) в некоторых монастырях ньингма, кагью, кадам и сакья, запоминая тексты всего за несколько дней. В девятнадцать он уже был признан большим учёным.

Он продолжал путешествовать по самым известным монастырям разных традиций тибетского буддизма, где изучал пять основных предметов подготовки к получению звания геше и индийские философские системы, обсуждая их и участвуя в экзаменационных диспутах. Он получил учение ламрим школы кадам (lam-rim, этапы пути сутры), а также бесчисленные тантрические посвящения и учения, включая традицию сакья ламдре (lam-‘bras, путь-плод), традицию шести учений Наропы дрикунг-кагью (Na-ro’i chos-drug, шесть йог Наропы) и Калачакру. Он также изучал поэтическую композицию, астрологию и построение мандалы. В процессе обучения, стоило ему лишь раз услышать объяснение, он понимал и запоминал его в совершенстве, как и Его Святейшество Четырнадцатый Далай-лама.

Цонкапа всегда имел сильное отречение. Он жил очень скромно и строго выполнял все свои обеты. Он легко достиг шаматхи (zhi-gnas, безмятежное и умиротворённое состояние ума) и випашьяны (lhag-mthong, исключительно восприимчивое состояние ума), но никогда не был удовлетворён уровнем своего обучения и постижения. Он продолжал путешествовать и просил учения снова и снова, даже о тех же самых текстах. Он дебатировал и держал экзамены перед большинством учёных мастеров своего времени. Одним из его главных учителей был Рендава (Red-mda’-ba gZhon-nu blo-gros) (1349-1412), мастер сакья. Цонкапа написал молитву «Мигцема» (dMigs-brtse-ma), посвящённую Рендаве, но мастер переадресовал её Цонкапе. Позже она стала строфой, которую повторяют в гуру-йоге Цонкапы.

[См.: .]