В двадцать с небольшим лет Цонкапа начал преподавать абхидхарму (mdzod, особые темы знания). Все были поражены его эрудиций. Он также начал писать и чаще уходил в затворничество. Вскоре у него уже было много собственных учеников. Хотя некоторые считают, что Цонкапа принял полные монашеские обеты в двадцать один год, неясно в каком возрасте он на самом деле сделал это. Вероятно, это произошло позднее.
Однажды он изучил и проанализировал весь «Кангьюр» (bKa’-‘gyur) и «Тенгьюр» (bsTan-‘gyur) – свод тибетских переводов учений Будды и индийские комментарии к ним. После этого в тридцать два года он написал «Золотые чётки великолепного объяснения» (Legs-bshad gser-phreng) – комментарий на «Филигрань постижений» и, соответственно, на праджняпарамиту. Он объединил и проработал двадцать один индийский комментарий. Что бы он ни писал, он всё обосновывал цитатами из различных источников за весь период индийской и тибетской буддийской литературы, сравнивая различные переводы и даже критически их редактируя. В отличие от своих предшественников, он никогда не уклонялся от объяснения наиболее трудных и неясных мест в любом тексте.
В день Цонкапа запоминал, как правило, семнадцать двусторонних страниц тибетских текстов по девять строк на каждой стороне. Однажды несколько учёных устроили соревнование по запоминанию, чтобы посмотреть, кто мог запомнить большее количество страниц до того, как солнце осветит знамя на крыше монастыря. Цонкапа победил с четырьмя страницами, которые рассказывал свободно, без единой ошибки. В то время как ближайший к нему соперник смог рассказать только две с половиной, причём неуверенно.
Вскоре Цонкапа начал давать тантрические посвящения и учения, особенно последующее разрешение на практику (rjes-snang, дженанг) Сарасвати (dByangs-can-ma) для развития мудрости. Он также продолжал изучение тантры, особенно Калачакры.
Один великий лама был известен тем, что преподавал одиннадцать текстов одновременно. Ученик попросил Цонкапу сделать то же самое. Вместо этого Цонкапа учил семнадцати главным текстам сутры, все по памяти, по одному занятию в день на каждый текст, начиная объяснение всех текстов в один день и заканчивая три месяца спустя, также в один день. В ходе обсуждений он опровергал неверные интерпретации каждого из них и обосновывал свою собственную точку зрения. Каждый день во время лекции он также совершал самопосвящение (bdag-‘jug) в мандалу Ямантаки и все остальные свои тантрические практики.
Цонкапа очень многое успел за свою жизнь, продлившуюся лишь шестьдесят два года: он изучал, практиковал (включая изготовление глиняных статуй ца-ца), он писал, обучал и совершал ретриты. Нам кажется невероятным, что можно сделать даже малую часть этого в течение одной жизни.