Вскоре после этого Цонкапа ушёл в свой первый главный тантрический ретрит Чакрасамвары в соответствии с линией передачи учений кагью. В течение этого ретрита он усердно медитировал на шести учениях Наропы и шести учениях Нигумы (Ni-gu’i chos-drug, шесть йог Нигумы). Он достиг высокого постижения.

После этого в возрасте тридцати четырёх лет Цонкапа решил заняться интенсивным изучением и практикой всех четырёх классов тантры. Позднее он писал, что никто не может по-настоящему оценить глубину ануттарайога-тантры, не практиковав и глубоко не исследовав три низших класса тантры. Таким образом, он вновь много путешествовал и получил много посвящений в три низших класса тантры и много учений о них. Он также продолжал изучение пятиэтапной завершённой стадии (rdzogs-rim) Гухьясамаджи и Калачакры.