Цонкапа также отправился изучать практику Манджушри Дхармачакры (‘Jam-dbyangs chos-kyi ‘khor-lo) и мадхьямаку с Ламой Умапой (Bla-ma dbu-ma-pa dPa’-bo rdo-rje) учителем традиции карма-кагью. Этот великий мастер с детства имел регулярные видения Манджушри, учившего его одной строфе каждый день, благодаря чему он изучил мадхьямаку школы сакья. Цонкапа и Лама Умапа стали друг другу учителем и учеником. Лама Умапа сверялся с Цонкапой, для подтверждения того, что учения, которые он получил в своих видениях Манджушри, были верны. Это очень важно, так как видения могут быть вызваны влиянием демонов.
Вместе с Ламой Умапой Цонкапа сделал обширный ретрит по практике Манджушри. С этого времени Цонкапа в чистых видениях получал от Манджушри прямые указания и ответы на все свои вопросы. До этого ему приходилось задавать вопросы Манджушри через Ламу Умапу.
В течение ретрита Цонкапа чувствовал, что всё ещё не имеет надлежащего понимания мадхьямаки и Гухьясамаджи. Манджушри посоветовал ему совершить длительный ретрит для того, чтобы понять замечания, которые он делал к указаниям Манджушри. Таким образом, после кратковременного обучения Цонкапа вместе с восьмью ближайшими учениками ушёл в четырёхлетнее затворничество в Олкха Чолунг (‘Ol-kha chos-lung). Они тридцать пять раз выполнили стотысячную практику простираний, по одному перед тридцатью пятью буддами раскаяния, и восемнадцать раз стотысячную практику подношения мандалы со многими самопосвящениями Ямантаки и изучением «Аватамсака-сутры» (mDo phal-cher) о деяниях бодхисаттвы. После этого у них было видение Майтрейи.
После ретрита Цонкапа и его ученики восстановили большую статую Майтрейи в Лхасе. Это было первое из четырёх его главных деяний. Затем они ушли в ретрит ещё на пять месяцев. После этого Цонкапу пригласил ньингмапинский лама Лхадраг Намка Гьялцен (Lho-brag Nam-mkha’ rgyal-mtshan), который постоянно имел видения Ваджрапани, и они также стали друг другу учителем и учеником. Он передал ему ламрим традиции кадам и устные линии передачи руководящих наставлений.
Цонкапа хотел отправиться в Индию для дальнейшего обучения, но Ваджрапани посоветовал ему остаться в Тибете, сказав, что там он принесёт больше пользы. Таким образом, он остался. Он решил, что позже напишет «Большое руководство по последовательным этапам пути» (Lam-rim chen-mo) о последовательном пути сутры и затем «Большое руководство по последовательным этапам пути тантры» (sNgags-rim chen-mo) – об этапах практики четырёх классов тантры.
Затем Цонкапа сделал обширный ретрит по завершённой стадии Калачакры и после этого однолетний ретрит по мадхьямаке. Цонкапа никогда не чувствовал себя полностью удовлетворённым объяснениями, несмотря на то, что от своих учителей он многое узнал о мадхьямаке и пустотности. Перед тем как Цонкапа начал этот однолетний ретрит, Манджушри посоветовал ему полагаться на комментарий по мадхьямаке Буддхапалиты (Sangs-rgyas bskyangs). Поступив так, во время ретрита он обрёл полное неконцептуальное познание пустотности.
Опираясь на своё постижение, Цонкапа полностью пересмотрел понимание учения мадхьямаки-прасангики о пустотности и смежных разделах, которого придерживались учителя и учёные мастера его времени. В этом он был радикальным реформатором, обладавшим мужеством выйти за рамки текущих верований, в том случае, если он находил их ошибочными.
В своих реформах Цонкапа всегда строго придерживался логических и текстуальных оснований. Когда он обрёл собственное глубокое понимание значения великих индийских текстов, он не нарушил своих обязательств и близких отношений со своими учителями. Мы можем считать наших духовных учителей буддами, но превзойти их в постижениях. Ценшаб Серконг Ринпоче II объяснил это на следующем примере.
Чтобы сделать пирог, мы должны смешать множество ингредиентов: муку, масло, молоко, яйца и так далее. Показывая, как это сделать, наши учителя пекут для нас несколько очень вкусных пирогов, и мы можем с удовольствием есть их. Благодаря доброте учителей, мы теперь знаем, как сделать пирог, но это не значит, что мы не можем внести какие-либо изменения – добавить другие ингредиенты и выпекать ещё более вкусные пироги, чем те, что сделали наши учителя. Изменяя рецепт, мы не проявляем неуважение к нашим учителям. Если учителя действительно квалифицированные, они порадуются тому, что нам удалось усовершенствовать технологию и станут наслаждаться новыми пирогами с нами.