Цонкапа умер в Гандене в 1419 году в возрасте шестидесяти двух лет. После смерти он обрёл просветление, достигнув иллюзорного тела (sgyu-lus) вместо бардо. Это должно было послужить примером того, что монахам необходимо строго следовать обету безбрачия, так как для достижения просветления в течение этой жизни требуется практика с супругой, по крайней мере единожды.

Прежде чем уйти из жизни, Цонкапа отдал свою шапку и мантию Гьелцабу Дже (rGyal-tshab rJe Dar-ma rin-chen) (1364-1432), который впоследствии взошёл на трон Гандена и сохранял за собой этот пост в течение двенадцати лет. Так началась традиция держателя трона Гандена (dGa’-ldan khri-pa, Ганден Трипа) – главы традиции гелуг. Следующим держателем трона был Кхедруб Дже (mKhas-grub rJe dGe-legs dpal-bzang) (1385-1438). Позже этот мастер имел пять видений Цонкапы, разъясняющего его сомнения и отвечающего на его вопросы. С тех пор традиция гелуг процветала.