После подписания японо-германского антикоминтерновского пакта Тибет также стал подумывать об установлении официальных связей с правительством Германии. Это решение не предполагало поддержки нацистской идеологии или политики, но было целиком продиктовано условиями времени и практической необходимостью. Однако консервативное тибетское правительство действовало с осторожностью. Оно пригласило в Тибет на празднование Лосара (Нового года) немецкую правительственную делегацию, это приглашение стало поводом для третьей тибетской экспедиции Эрнста Шеффера в 1938– 1939 гг. Британия возражала против экспедиции, но тибетцы оставили эти возражения без внимания.

Шеффер был охотником, натуралистом и биологом. Две его предыдущие тибетские экспедиции, имевшие место в 1931–1932 и 1934–1936 гг., носили скорее приключенческий характер, а также были посвящены исследованиям в области зоологии. Однако третья экспедиция была организована Аненербе (Бюро по изучению наследия предков). Германия не была заинтересована в том, чтобы предоставить Тибету военную помощь или покровительство. Это ясно видно из состава делегации. Помимо Шеффера в нее входили антрополог, геофизик, кинооператор и технический руководитель. Похоже, что главной задачей экспедиции были антропометрические измерения черепов тибетцев, чтобы доказать их родство с арийскими народами и таким образом представить их некой промежуточной расой между немцами и японцами.

Согласно нацистским оккультным источникам, экспедиция также искала поддержки для нацистов у учителей Шамбалы, хранителей тайных паранормальных сил. Шамбала отказала им в помощи, но экспедиция получила согласие от оккультных учителей подземного царства Агарти, откуда в Германию прибыли тысячи тибетцев. Однако подобные утверждения не соответствуют действительности. Хотя немцы привезли с собой множество черепов для дальнейшего изучения, ни в одном из отчетов экспедиции нет никаких упоминаний о сопровождавших ее в Германию тибетцах. Более того, больше не состоялось ни одной экспедиции в Тибет.

[См.: Связь нацистов с Шамбалой и Тибетом .]