Спустя несколько месяцев после экспедиции Шеффера на политической и военной аренах произошли драматические изменения. В мае 1939 г. Япония вторглась во Внешнюю Монголию, встретив там ожесточенное сопротивление Красной армии. В разгар сражений в Монголии в августе 1939 г. Гитлер разорвал антикоминтерновский пакт с Японией, подписав германо-советский договор, чтобы избежать одновременной войны на два фронта в Европе. В следующем месяце он вторгся в Польшу; примерно в это же время Япония потерпела поражение в Монголии. Все происходящее показало тибетцам, что ни Япония, ни Германия не являются надежной защитой от Советского Союза. Более того, отсутствие заметного прогресса в завоевании оставшейся части Китая заставило Японию переключить свое внимание на Индокитай и Тихоокеанский регион. Япония перестала выступать в роли защитника от китайцев. Итак, единственным выбором, оставшимся у Тибета, была Британия и та ненадежная защита, которая была обещана Шимлским договором.

В сентябре 1940 г. Германия, Япония и Италия заключили военно-экономический союз. В июне 1941 г. Гитлер разорвал договор со Сталиным и напал на Советский Союз. Однако ни одно из этих событий не подтолкнуло тибетцев к новым поискам помощи у стран антикоммунистической оси. Во время Второй мировой войны Тибет сохранял нейтралитет.

Однако Япония по-прежнему была заинтересована в Тибете. Этот интерес только усилился после вторжения японских войск в Бирму в начале 1942 г. Планируя войти в Тибет через горные районы Бирмы, императорское правительство Японии сформировало Большое азиатское бюро. В качестве советника по делам Тибета правительством был приглашен Аоки Бунке, двадцать лет назад переводивший на тибетский язык японские военные руководства. С его помощью японцами были приготовлены карты и тибетско-японские словари. В преддверии включения Тибета в сферу всеобщего процветания были даже напечатаны тибетские деньги. Однако после поражения и капитуляции Японии в 1945 г. ее амбициозным планам в отношении Тибета уже не суждено было стать реальностью.