С 1900 по 1902 г. по Тибету путешествовал японский дзенский монах Экаи Кавагучи, собиравший санскритские и тибетские буддийские тексты. На обратном пути, проезжая через Британскую Индию, он сообщил индийскому шпиону Сарат Чандра Дасу, работавшему на англичан (Сарат Чандра Дас посещал Тибет в 1879 и 1881 гг.), ложные сведения о российском военном присутствии в Тибете. В то время Япония готовилась к войне с Россией за Маньчжурию. Не так давно Япония заключила с Британией пакт (действовавший с 1902 по 1907 г.), согласно которому каждая из сторон обязалась сохранять нейтралитет в случае вступления другой стороны в войну. Похоже, что, сея раздор между Англией и Россией, японский монах хотел «подстраховаться», сделав невозможной поддержку России Англией в случае войны. Быть может, он также надеялся, что протесты Британии по поводу Тибета отвлекут внимание России от Маньчжурии.
В своей книге «Три года в Тибете», изданной Теософским обществом в Бенаресе в 1909 г., Кавагучи писал, что он слышал о статье Доржиева, изданной на тибетском, монгольском и русском языках, в которой тот утверждал, что Россия — это Шамбала, а ее царь — перерождение Цонкапы. Однако сам он никогда ее не видел. Кавагучи также говорил о создании японо-тибетской буддийской коалиции, но ни та, ни другая сторона никогда не планировала ничего подобного.
Сведения, которые сообщил Кавагучи, а позднее и его книга стали широко известны среди британских официальных лиц в Индии. Так, ее цитировал сэр Чарльз Белл, британский чиновник в Сиккиме, в своей книге «Тибет: прошлое и настоящее» (1924 г.). Он писал, что Доржиев склонил Далай-ламу на сторону России, рассказав ему о том, как Россия контролирует и покровительствует Бурятии, как все больше русских принимают тибетский буддизм и о том, что, возможно, и сам царь примет эту веру.
Лорд Керзон, бывший вице-королем Индии в то время, когда Кавагучи распространял свою дезинформацию, был одержим страхом перед Россией. Опасаясь, как бы Россия не взяла верх над Британией и не монополизировала торговлю с Тибетом, он распорядился инициировать британское вторжение в Тибет — так называемую экспедицию Янгхазбанда (1903–1904). Тринадцатый Далай-лама вместе с Доржиевым бежал в столицу Монголии Ургу (сейчас — Улан-Батор). Потерпев поражение, регент Далай-ламы подписал в 1904 г. лхасский договор, в котором признавался британский протекторат над Сиккимом и устанавливались торговые отношения с Британией. Для защиты своих торговых интересов Британия разместила в Лхасе дипломатический корпус и охраняющий его воинский контингент.
Спустя несколько месяцев в Маньчжурии началась Русско-японская война (1904–1905), в которой царские войска потерпели поражение. Далай-лама попрежнему находился в Монголии, поскольку в 1906 г. Британия подписала с Китаем договор, подтверждающий власть Китая над Тибетом. Вскоре этот договор стал предлогом для попыток Китая аннексировать Тибет. Далай-лама вновь послал Доржиева к императорскому двору России с просьбой о военной помощи.
В 1907 г. Доржиев представил вице-президенту Российского географического общества П. П. Семенову-Тян-Шанскому доклад, озаглавленный «О сближении России, Монголии и Тибета». В этом докладе он призывал к объединению трех государств и созданию на их основе великой буддийской конфедерации. Российские официальные лица категорически отвергли этот проект.
Подписав англо-русский договор 1907 г., Британия и Россия отказались от вмешательства во внутренние дела Тибета, обязавшись отныне действовать лишь через посредство Китая. Неустрашимый Доржиев в 1908 г. вновь направил в российское Министерство иностранных дел прошение о строительстве в Санкт-Петербурге храма Калачакры; первое прошение Доржиева, поданное в 1899 г., было отвергнуто властями. Однако на этот раз царь поддержал идею Доржиева. Это произошло в 1909 г.
В конце 1909 г. Далай-лама ненадолго вернулся в Лхасу, но вскоре туда вошли китайские войска. В начале 1910 г. Далай-лама бежал в Индию и жил под британским покровительством в городе Дарджилинг на юге Сиккима. Там он подружился с сэром Чарльзом Беллом, увлекшим правителя Страны снегов идеями о модернизации жизни в Тибете.