К концу 1928 г. Сталин сосредоточил в своих руках контроль над Советским Союзом. В 1929 г. он приступил к осуществлению своей программы коллективизации и искоренения религии, не сделав исключения и для буддийского населения СССР. Вскоре его примеру последовала и Монголия, где сталинская политика проводилась даже еще более фанатично и агрессивно. Доржиев сообщил Далай-ламе обо всем происходящеем, убеждая его не доверять Советам. В Монголии многие монахи воспротивились гонениям, начав так называемую Шамбалинскую войну 1930–1932 гг. В 1932 г. Сталин ввел в Монголию части Советской армии, чтобы подавить восстание и исправить «левацкий уклон» в Коммунистической партии Монголии.

Завоевание японцами Маньчжурии и восточных районов Внутренней Монголии, произошедшее чуть раньше в том же году, и образование на оккупированных территориях марионеточного государства Маньчжоу-го также повлияло на решение Сталина. Он был обеспокоен возможными попытками Японии привлечь на свою сторону буддистов Бурятии и Внешней Монголии, стран, которые могли бы выступить потенциальными субъектами буддийской империи. Вдобавок к этому Монголия была нужна Сталину в качестве буферного государства между Советским Союзом и растущей Японской империей. Итак, Сталин распорядился, чтобы в течение двух последующих лет проводившаяся в Монголии антирелигиозная программа была приостановлена во избежание перехода буддийского населения в японский лагерь.

Провозгласив переход к политике «нового поворота», Коммунистическая партия Монголии даже позволила вновь открыть несколько буддийских монастырей. Использовав информацию об официальном признании буддизма в Монголии в пропагандистских целях, ОГПУ запланировало на зиму 1933–1934 гг. еще одну экспедицию в Тибет. Однако эта экспедиция так и не состоялась, ибо Сталин внезапно передумал и со временем занял более жесткую позицию по отношению к буддизму.

В 1933 г. Япония расширила границы Маньчжоу-го, захватив город Джехол (Чонгду) на юге Маньчжурии. Джехол был летней столицей маньчжурской династии, пытавшейся сделать этот город центром тибето-монгольского буддизма под управлением цинской династии. В конце 1933 г. Сталин запретил проведение открытых ритуалов в санкт-петербургском храме Калачакры. Однако настоящие гонения и в Советском Союзе, и в Монголии начались после убийства правой руки Сталина — Кирова — в 1934 г. Это убийство положило начало «большой чистке».

Когда в 1935 г. произошел ряд пограничных конфликтов между оккупированной японцами Маньчжоу-го и Внешней Монголией, Сталин приступил к первым арестам буддийских монахов в Ленинграде. В 1937 г. Япония заняла оставшуюся часть Внутренней Монголии, а также север Китая. Чтобы склонить монголов к лояльности, японцы предложили передать власть в стране Девятому Джецун-дамбе — традиционному светскому и духовному главе монголов — и образовать панмонгольское государство, которое включило бы Внутреннюю и Внешнюю Монголию, а также Бурятию. В своих стараниях привлечь монголов на свою сторону японцы дошли до того, что объявили Японию Шамбалой. Столкнувшись с реалиями коммунистической диктатуры, многие монахи в Монголии и Бурятии участвовали в распространении японской пропаганды.

Правительственная газета «Известия» выступила с критикой действий Доржиева, обвинив его в шпионаже в пользу Японии. В 1937 г. Сталин отдал приказ об аресте Доржиева. В том же году все монахи, оставшиеся в ленинградском храме, были расстреляны, а находившаяся там Монголо-тибетская миссия закрыта. Доржиев умер в начале 1938 г.