Дон Педро был провозглашен единоличным регентом Португалии 1 ноября 1439 г., а к концу следующего года все неурядицы, вызванные переменами во дворце, казалось, почти улеглись. Однако между различными партиями продолжала существовать глубокая неприязнь.

Прежде всего побочный сын Хуана I, граф Барселонский, которого Альфонсо V сделал герцогом Брагансы, определенно задумал сместить регента. Королева-мать не забыла и не простила поведение дона Педро после смерти Эдуарда, а сам юный король, хотя и был обручен с дочерью регента, уже испытывал сомнения, готовясь возглавить барселонскую партию против принца.

18 февраля 1445 г. умерла королева Леонора, причем возникло подозрение, что се отравили, и оно прилежно распространялось недовольными. В следующем году Альфонсо, достигнув 14 лет, стал совершеннолетним, и его дядя тотчас предложил сложить с себя всю власть и на правах герцога Коимбры удалиться в свои владения.

Но король то ли еще не готов был расстаться с ним, то ли испытывал чувство признательности своему опекуну, «умнейшей голове Испании». Он просил его продолжать править делами, благодарил за прошлое и обещал поддержку в будущем. Более того, он объявил, что желает обвенчаться со своей кузиной — дочерью Педро Изабеллой. Формально они были помолвлены уже четыре года; теперь Альфонсо обратился к вельможам и депутатам кортесов, с тем чтобы они свидетельствовали брак.

В мае 1447 г. праздновалась королевская свадьба, впрочем скромная и прохладная, поскольку к тому времени дядя с племянником достаточно далеко разошлись. Чем большую неприязнь и недоверие младший из них испытывал к старшему, тем горячее становились его заверения в уважении к нему. Но короля чрезвычайно раздражала зависимость от слова, данного герцогу, и перед свадьбой он твердо решил, что отныне он будет не только царствовать, но и править.

Добровольно сложив с себя обязанности, регент лишь предупредил отставку; король, казалось, несколько смягчился, расставшись с опекуном, который столь безукоризненно правил страной, а теперь, исполнив свой долг, удалился, но даже жена его не могла предотвратить надвигавшейся грозы. Она усердно старалась помирить мужа с отцом, но справиться с интригами и ей было не под силу. Будучи убежден в том, что герцог — изменник, король позволял другим разжигать в себе ненависть. «Ваш отец хочет, чтобы с ним обращались сурово, — в гневе говорил он королеве, — и он добьется своего».

Если бы Генрих, который за шесть последних лет лишь однажды покидал Сагрес — для того, чтобы посвятить в рыцари старшего сына дона Педро в Коимбре в 1445 г., — мог лично или письмом вступиться за брата в этот критический момент, регент был бы спасен. Но теперь, едва Педро удалился в Коимбру, он подвергся обвинениям в тайном убийстве короля Эдуарда, королевы Леоноры и принца Хуана. Чем чудовищнее, чем абсурднее и противоречивее была клевета, тем охотнее она подхватывалась.

Притеснения, мелочные и назойливые, подобные тем, что довели до гибели Вулзи, заставили наконец Педро взяться за оружие. Его сын, самим Генрихом назначенный на высокую должность коннетабля королевства, принужден был бежать; оружие из арсенала Коимбры изымалось для нужд короля; его письма к племяннику вскрывались его врагами, которые отвечали на них от имени властителя так, будто он обращался к явному мятежнику. Все это принц сносил, но когда он узнал, что его сводный брат из Брагансы, предавший, оклеветавший и погубивший его, выступил в поход, чтобы грабить его имения, как принадлежащие человеку вне закона, он собрал немногочисленную армию и преградил ему путь. Тут Альфонсо склонили начать войну.

Лишь один знатный вельможа был на стороне свергнутого регента — это был его друг Альмада, испанский Геркулес, его названый брат по оружию и по странствиям, один из христианских героев, ставший графом во Франции и кавалером ордена Подвязки в Англии. Он бежал из почетной ссылки в Синтре, соединился в Коимбре с Педро и предложил вместе появиться при дворе и требовать справедливого и честного суда, но с мечом в руках и с верными людьми за спиной. Не лучше ли умереть солдатами, чем изменниками, лишенными возможности оправдаться?

И вот 5 мая 1449 г. герцог выступил из Коимбры с небольшим отрядом вассалов — 1000 конных и 5000 пеших — и, проходя через Баталью, остановился, чтобы навестить великий храм и могилы отца и братьев. Оттуда направился к Лиссабону, который король прикрыл от Сантарема тридцатитысячным войском. Армии сошлись у речки Альфарробейры; ударом пики или выстрелом из арбалета инфант был убит; простой солдат отсек ему голову и принес ее Альфонсо в надежде приобрести рыцарское достоинство. Альмада, дравшийся до тех пор, пока не упал от потери крови, погиб вместе с другом. Отбросив в сторону меч, он рухнул на землю с презрительным восклицанием: «Рвите меня, собаки!» — и был изрублен на куски.

Хотя поначалу трудно было добиться позволения предать земле тело дона Педро, со временем его имя было очищено от обвинений. Дочь его родила королю сына, и доказательства его верности, негодующие предостережения иностранных дворов, мольба королевы вызвали наконец у Альфонсо чувство, похожее на сожаление и раскаяние. Он похоронил регента в Баталье и простил его друзей, уцелевших после бойни у Альфарробейры.