В алхимии Гермес-Меркурий ассоциируется с ртутью, духом, скрывающимся в материи. Он символизирует единство противоположностей: металл и жидкость; материя и дух; холод и пламя; яд и лекарство1. Ртуть вступает в соединение только с драгоценными металлами, -- метафорически Гермес может указать вам путь к духовному золоту.
Алхимия процветала во времена средневековой инквизиции, когда любые попытки искать духовные истины за пределами вероучения Римско-католической церкви расценивались как ересь и были наказуемы. Иногда само изобретение алхимии приписывали Гермесу. Его имя (как и имя Гермафродита) использовалось в алхимических сексуальных метафорах. К. Г.Юнг в своей работе "Психология и алхимия" отмечает, что в алхимических трактатах Гермес выполняет коммуникационную роль: посредством метафор он служит проводником душ в мистическом и психологическом путешествии, направленном на единение мужских и женских элементов.