Когда Рудольф занял трон своего мудрого и весьма снисходительного отца Максимилиана, Богемское королевство пребывало в таком мире и спокойствии, в особенности религиозном, какого не случалось уже в течение столетия. Жители Богемии всегда имели склонность к теологическим спорам; сначала полемика эта не выходила за пределы просвещенных классов и богословов, однако и простые люди, искушенные в религиозных вопросах, мало-помалу присоединялись к ней с огромным рвением. Печально известные Гуситские войны, начатые храбрым богемским патриотом Яном Жижкой, завершились за целый век до начала правления Рудольфа, однако в стране с тех пор не прекращались внутренние распри. Под властью Максимилиана в Богемии воцарился относительный мир, и Рудольф мог бы продолжить дело своего отца, если бы прислушался к голосу справедливости и разобрался в методах, которые позволили стране процветать и укрепляться, однако он «унаследовал всё честолюбие своей семьи, но не благородство своего отца, не энергию своего прадеда; он не унаследовал ни одного качества своего рода, приведшего к славе его династию».
Характер Рудольфа странным образом отличался от характера его отца: «Максимилиан был искренним, чистосердечным и мужественным, из всех добродетелей он ценил более всего честность, любил общество, был весел и разговорчив, пунктуален в делах и всегда терпелив и благодушен, когда всевозможные проблемы требовали его внимания». О нем чехи говорили: «Мы так счастливы под его властью, как если бы нами правил наш родной отец; наши привилегии, наши законы, права, свободы и обязанности защищают, поддерживают и соблюдают».
Замечательные черты Максимилиана, унаследованные Рудольфом, были изрядно подпорчены теми, что перешли к нему от матери, Марии Австрийской, которая приходилась Максимилиану двоюродной сестрой и была дочерью Карла V. Она передала своему сыну «исступленную увлеченность религиозными обрядами и глупое смирение, в котором он видел высочайшую добродетель». Она учила его принимать мнение церковного совета и своего духовника как нечто неопровержимое и абсолютное, чему следует беспрекословно подчиняться. К тому же учеба у иезуитов в Испании лучше подходила для будущего университетского профессора, нежели для монарха. После смерти мужа Мария уединилась в испанском монастыре, где оставалась до самой своей смерти в 1603 г.
Зараженный слепым фанатизмом и ненавистью к свободе воли и мысли, Рудольф вскоре после начала своего правления начал издавать законы, лишавшие протестантов их законных прав, закрывать протестантские школы и церкви, лишать министров-протестантов должностей, даруя при этом привилегии исключительно католикам. Таковые эдикты отравляли жизнь лучшим представителям дворянства, вскоре возненавидевшим деспотичного правителя.
Религиозные распри и взаимная ненависть, едва начавшие затихать, вновь вырвались наружу, и иезуиты, смелевшие всё больше за счет данной им власти, заставили Рудольфа еще сильнее урезать свободы протестантов, в результате чего он потерял доверие своих лучших подданных, а также посеял раздоры и зависть среди представителей всех классов. Более того, междоусобицы между лютеранами и кальвинистами в свою очередь раскололи и протестантов на два противоборствующих лагеря, из чего католики не замедлили извлечь свои выгоды. Орден, созданный Лойолой и боровшийся за возрождение искусств, литературы и наук, привлек Понтануса, одного из приближенных Рудольфа, и тот стал самым рьяным и красноречивым их проповедником. Они вынудили богатого и могущественного Уильяма фон Розенберга организовать школы для бедных, где ученики под влиянием учителей-иезуитов становились приверженцами идей своих наставников.
Главная протестантская секта империи была известна как «Братья» или «Братство». В религиозных коммунах этого ордена люди зарабатывали на жизнь трудом своих рук, все были равны, и даже духовенство было обязано в точности следовать примеру Святого Плотника. Эта замечательная теория свободы, равенства и братства пошатнулась при присоединении к ордену некоторых богатых и благородных граждан. Их аргументация также была весьма сильна, что привело к расколу в ордене и потере его популярности. Иезуиты, имея огромное влияние на дворянство, способствовали выдворению «еретиков» за пределы государства: лютеранские школы закрывали, свободомыслие было ограничено, а император издал два декрета, запрещавшие издание реформаторской литературы. Были уничтожены все печатные станки, за исключением двух в Оломоуце, а все книги, выходившие в продажу, должны были пройти строжайшую проверку фанатичного цензора.
Несмотря на всё это, Рудольф и для иезуитов оказался жестоким разочарованием из-за своего нерешительного характера и всё возраставшего интереса к наукам и искусствам, приведшего его к затворничеству в градчанском замке. Он не мог быть суровым оппонентом протестантов, с удовольствием встречаясь с представителями этой секты и ведя с ними дружеские беседы о своих любимых предметах. Например, он пригласил ко двору Кеплера, который был изгнан из Граца за приверженность идеям Реформации. Среди друзей и соратников Рудольфа также было несколько правителей-протестантов.
Смерть влиятельного Уильяма фон Розенберга в 1592 г. оказалась страшным ударом для партии иезуитов, к тому же покойного сменил племянник, чья жена склонила его присоединиться к Братству. Примерно в то же время Рудольф разжаловал еще одного влиятельного католика, Георга фон Лобковитца, отдав все его владения человеку, слывшему ревностным католиком, однако на деле оказавшемуся дружным с лютеранами.
С годами Рудольф становился всё более подозрительным, его врожденная стеснительность и меланхолия усиливались, превращаясь в болезнь; он стал ипохондриком, был раздражителен и часто впадал в состояния, близкие к безумию. Как сказал один поэт: «Меланхолия — кормилица безумья».
Его шуту никогда не удавалось развеселить его, и чувство юмора, которое у него когда-то было, окончательно его покинуло. Его состояние усугублялось отвращением к каким бы то ни было физическим упражнениям, он всегда оставался флегматичным и никогда не интересовался мужскими видами спорта, разве что теннисом и шахматами, но теперь он отказывался предпринимать даже короткие прогулки и выезды из Праги, хотя посещение отдаленных провинций его обширной империи было политически разумно и умерило бы недовольство его подданных. Он жил в своем ограниченном мирке, не делая ничего для управления подвластным ему обществом, никак не отвечая на появление в нем врагов и недоброжелателей, и все естественные события проходили стороной от его интересов. Он на педели и месяцы откладывал решения государственных проблем, требовавших незамедлительных действий, всё реже посещал своих министров, и, хотя положение обязывало его быть человеком публичным и интересоваться делами общественными, проводил всё время в алхимических штудиях, в занятиях ботаникой и астрологией, а также занимаясь вырезанием деревянных фигур и мебели, рисуя картины маслом и граня драгоценные камни.
Рудольф жил в плену собственных предрассудков, будучи жертвой суеверного страха смерти, который отчасти был следствием пророчества, сделанного Тихо Браге. И император, и его астроном были глубоко потрясены убийством во Франции Генриха III в 1589 г., совершенным монахом Жаком Клементом, сочтя, что подобная судьба ждет и Рудольфа.
В начале XVII в. агрессия воинственных и ненавидящих христиан турок на границах с Венгрией, вкупе с гражданскими и политическими беспорядками в Богемии, сильно пошатнула власть короны, но в то же время никак не уменьшила равнодушия Рудольфа к его императорским обязанностям. Он не вспоминал о том, что
Он передал военные полномочия в борьбе с магометанами своему брату Матиасу, которого австрийские герцоги подговорили заставить Рудольфа отречься от трона и занять его место. Считая, что инициаторами этого неудавшегося замысла были протестанты, Рудольф предпринял против них суровые меры, однако в это время в Венгрии вспыхнул мятеж. Все эти бедствия заставили Богемскую ассамблею лишить Рудольфа власти в апреле 1611 г. и короновать его брата Матиаса. Незадолго до своего отречения Рудольф, как говорит легенда, посмотрел из окна своего замка на Градчанах на Прагу и проклял Вечный город: «Прага, неблагодарная Прага! Тебя вознес я столь высоко, но ты отвергла своего благодетеля! Так пусть проклятие и гнев Божий падут на тебя и на всю Богемию!»
Лишенному власти монарху, слабому телесно и душевно, было позволено остаться в Праге и назначено содержание в 400 000 флоринов, не считая продовольствия. В начале 1612 г. его любимый ручной лев Оттакар заболел и умер, и Рудольф расценил это событие как роковое предзнаменование, поскольку много лет назад Тихо Браге заявил, что лев и император подвержены влиянию одних и тех же астральных знамений. Рудольф умер 20 января 1612 г., и знать решила держать его смерть в секрете, пока его брат Матиас не прибудет в столицу. Каспар Руки фон Рутц, один из слуг и алхимиков императора, с которым тот познакомился в Медицинской академии, пользуясь случаем, украл весь порошок для проекций и всё алхимическое золото, которое только смог унести с собой, обыскав королевские лаборатории и кунсткамеру. Имя вора тотчас стало известно первому министру, и алхимик с несколькими соучастниками был арестован и заточен в темницу.
После страшных пыток на дыбе Руки повесился в своей камере на веревке, которую обычно обматывал вокруг запястья, нося на ней ключи от своего кабинета. Его тело было отдано палачу, который отвез его на место свершения суда — площадь в центре Градчан, где тело алхимика было разрублено на части, кисти и ступни отрезаны, а язык и сердце вырваны. После этого изуродованные останки были сожжены и похоронены. Несмотря на эту публичную «казнь», люди, жившие в окрестностях замка, многие годы спустя утверждали, что дух алхимика всё еще бродит среди построек. Поговаривали, что он восседает верхом на козле, и сопровождают его шесть котов. Чтобы искоренить эти слухи, могилу вскрыли и сожгли то, что осталось от тела, повторно.
Со смертью Рудольфа наступили тяжелые времена и для некоторых других придворных, многие были арестованы по политическим соображениям, среди них — антиквары Рошель и Ганс Хайден, библиотекарь Хасталь, а также художник Иоганн Курбах, который был крещеным евреем. Помимо этого опять был временно заточен и изобретатель вечного двигателя Корнелиус Дреббель.
Рудольф II никогда не был женат, хотя он посылал гонцов к правителям нескольких стран, желая разузнать о принцессах на выданье. Известно, что несколько раз он обручался: с инфантой Изабеллой, с Марией Медичи, с принцессой Лотарингской, с дочерью великого герцога Карла и дочерью великого князя московского.
Время правления Рудольфа, длившееся тридцать пять лет, было отмечено его нетерпимостью и в то же время равнодушием, а также неповиновением и мятежами подвластных ему земель, хотя считается, что при нем Богемия переживала свой золотой век, — возможно, золото это было не более реальным, чем то, которое получали в своих тиглях его алхимики.
Историки, пытавшиеся отстоять истинность трансмутации, писали, что Рудольф II оставил после себя двадцать четыре сотни фунтов золота и шестьдесят сотен фунтов серебра в виде слитков, что является неопровержимым доказательством того, что он преуспел как ученик Гермеса. После смерти Рудольфа Матиас провел инвентаризацию всех сокровищ и произведений искусства во дворце, и комиссия действительно сообщила, что обнаружила золотые и серебряные вещи общим весом в двадцать четыре и шестьдесят сотен фунтов соответственно, не считая серебряной посуды, драгоценных камней и жемчугов, а также других сокровищ. Всё это было оценено в семнадцать миллионов гульденов.
Август Саксонский также, если верить легендам, оставил после своей смерти несколько миллионов талеров в своей алхимической лаборатории, а после смерти папы Иоанна XXII в 1334 г. в его тайнике было обнаружено не меньше двухсот золотых слитков — каждый по сто фунтов весом. Все эти слухи лишь подогревали веру людей XVI и XVII вв. в чудеса алхимии и других Безумных Наук.