1 февраля 1943 года у Натальи Егоровны заболел желудок. Потом случился внезапный отек легких. Сказался возраст, и в ночь на 3 февраля Наталья Егоровна тихо скончалась.

Анна Дмитриевна сообщила Личкову: «На Владимира Ивановича очень больно было смотреть. Он был потрясен ужасно. Даже о работе он отозвался, что он не машинка и без моральной опоры он жить не может. Он ее видит теперь в своей внучке Танечке и думает ехать к ней за океан».

Похоронив Наталью Егоровну, несколько дней не работал. По словам Анны Дмитриевны, в эти дни очень похудел. Тяжело было оставаться в одиночестве вечером, ночью. Дочери писал: «Диктую Ане. Хорошо и много работаю. Странная вещь – иногда забываю, что моей Наташи нет. Хочу ей что-то сказать. Недавно был шум в комнатах, и я спросил: Наташа, это ты? И вдруг вспомнил, что ее нет. Это было ночью».

Но через несколько дней Вернадский позвал Анну Дмитриевну, чтобы возобновить работу. Книга была памятником любимой жене, и ее надо было закончить. Он дал ей окончательное название «О состояниях пространства в геологических явлениях Земли. На фоне роста науки XX столетия». На первых страницах было написано посвящение:

«Этот синтез моей научной работы, больше чем шестидесятилетней, посвящаю памяти моего бесценного друга, моей помощницы в работе в течение больше чем пятидесяти шести лет, человеку большой духовной силы и свободной мысли, деятельной любви к людям, памяти жены моей Натальи Егоровны Вернадской (21. XII. 1860–3. II. 1943 г.), урожденной Старицкой, которая скончалась почти внезапно, неожиданно для всех, когда эта книжка была уже закончена. Помощь ее в этой моей работе была неоценима». Вернадский в честь своего 80-летнего юбилея просил напечатать книгу на английском языке. Но она не вышла даже на русском.

Неожиданно правительство наградило Вернадского орденом и Сталинской премией I степени – 200 тысяч рублей. В благодарственной телеграмме он ответил: «Дорогой Иосиф Виссарионович, прошу из полученной мной премии Вашего имени направить 100 000 рублей на нужды обороны, куда Вы найдете нужным. Наше дело правое и сейчас стихийно совпадает с наступлением ноосферы – нового состояния области жизни, биосферы – основы исторического процесса, когда ум человека становится огромной геологической планетной силой. Академик Вернадский». А оставшуюся половину денег потратил на благотворительность и чтобы устроить жизнь своих друзей.

1 июля 1943 года Владимир Иванович сделал предложение Анне Дмитриевне. Анна Шаховская была глубоко верующей христианкой. Она принадлежала к той ветви гонимой Русской церкви, которая проповедовала обет безбрачия. Она не могла выйти замуж за Владимира и не жить с ним как жена с мужем – такой брак был бы фиктивным. Но и нарушить обет она не могла. Все это она объяснила Владимиру Ивановичу, который рассчитывал в свои 80 лет не только на духовное единение.

2 августа Анна Дмитриевна писала Личкову: «Ведь Вам, верно, хочется знать, как он справляется со своим горем, со своим одиночеством? А также и с возрастом, который все же уносит силы, ослабляет память, уменьшает энергию в работе. Вот и хочется Вам написать обо всем этом. По отношению к нам, его окружающим, Владимир Иванович очень трогателен и внимателен. Он так благодарит за каждую мелочь, с такой тревогой относится к нашим болезням и недомоганиям, входит во все, что прямо поражаешься его душевной мягкости, которая раньше, казалось, была глубоко спрятана и изливалась, может быть, только на Наталью Егоровну. И несмотря на то что ему, конечно, очень без нее тоскливо, бывают минуты, когда он с сияющими глазами говорит о чем-нибудь. От жизни он не отходит и чувствует себя еще вполне живым. Но в работе иногда память изменяет, и в собственном тексте он иногда запутывается, чему очень способствует то, что он ведь слушает, а сам не читает, и потому вставки, ход мысли, изложения он воспринимает в несколько ослабленном виде».

В декабре 1942 года Вернадский записал: «В общем, я все время неуклонно работаю. Готовлюсь к уходу из жизни. Никакого страха. Распадение на атомы и молекулы. Если что может оставаться, то переход в другое живое – какие-нибудь не единичные формы переселения душ, но распадение на атомы (и даже изотопы?). Bepa Вивекананды неопровержима в современном состоянии науки. Атомно живой индивид – и я в том числе – особое Я. Ясно для меня, что творческая научная мысль дошла до конца».

Памятник В. И. Вернадскому. Новодевичье кладбище.

24 декабря 1945 года Вернадский после завтрака собирался, как всегда, работать. Но до своего кабинета Владимир Иванович не дошел. Внезапно произошло кровоизлияние в мозг. Оно парализовало правую половину тела и способность говорить. Вернадский все еще оставался в сознании, но все понимали, что его состояние смертельно, так же, как было когда-то у его отца, Ивана Вернадского. Через две недели, 6 января 1945 года, сердце великого ученого остановилось.