Популярно о микробиологии

Бухар Михаил

Часть II

По ту сторону покровного стекла

 

 

 

Глава 11

От Левенгука до электронного микроскопа

К концу XVII в. в биологии сложилась довольно гармоничная картина природы, согласно которой весь живой мир делился на два царства: растений и животных. Основные их представители были давно открыты и описаны, и казалось, что ничего существенно нового уже не может быть открыто.

Но в 70-х гг. XVII в. в Лондонское королевское общество стали поступать письма от некоего Антони ван Левенгука, суконщика из голландского города Делфт, в которых были описаны удивительные существа, обнаруженные им с помощью самодельного микроскопа.

Он отнюдь не был похож на современный и состоял всего лишь из одной линзы, дающей увеличение до 300 раз. В ее фокусе закреплялся один объект, который казался Левенгуку интересным. Таким образом, объект наблюдения и микроскоп составляли уникальное единство, и для каждого нового объекта Левенгук создавал новый прибор. Подтверждением этому служит название его книги «Тайны природы, открытые Антонием Левенгуком при помощи микроскопов». (Обратите внимание на множественное число в конце названия книги.) Несмотря на то что Левенгук изготовил огромное количество микроскопов (451!), ни с одним из них он ни за что не хотел расставаться и на все попытки купить у него микроскоп отвечал решительным отказом. Исключение было сделано только для Петра I, которому Левенгук подарил микроскоп, когда царь посещал его лабораторию. По-видимому, российский монарх был первым из русских и первым из всех монархов, которому открылся мир микробов.

Рассматривая через линзу микроскопа различные объекты, Левенгук увидел множество мельчайших живых существ, как он их назвал, «зверюшек», доселе никому не известных и ни разу не описанных. Он находил их везде, даже в капле воды из канавы. Эти «зверюшки» теперь известны как простейшие. В 1683 г. Левенгук обнаружил живые организмы еще меньше них. По-видимому, ему удалось впервые в истории человечества наблюдать бактерии.

Свои наблюдения Левенгук описал в 112 письмах, адресованных Лондонскому королевскому обществу. Оригинальность и тщательность описаний привлекли к ним внимание, и они были изданы отдельной книжкой под названием «Тайны природы».

Эти письма и по сей день хранятся в архивах Лондонского королевского общества, и один дотошный английский журналист обнаружил, что к трем из них до сих пор прикреплены пакетики с препаратами, собственноручно изготовленными Левенгуком. Они были исследованы современными методами, и оказалось, что препараты выполнены с большим искусством, хотя приборов для изготовления срезов (микротомов) у Левенгука не было, и пользовался он обыкновенной опасной бритвой.

Можно с уверенностью утверждать, что фундаментальные наблюдения Левенгука заложили основы микробиологии и послужили началом ее описательного, или морфологического периода. Итак, если Пастера называют отцом микробиологии, то Левенгука по праву можно считать ее дедушкой.

По сути, он открыл третье царство — царство микробов. Но едва ли он сам или его современники были в состоянии оценить значение этого открытия. Со времен Левенгука прошло три столетия. Но даже сейчас, после десятилетий бурного развития микробиологии, нельзя сказать, что все виды микроорганизмов уже открыты и остается лишь тщательно изучить уже известные формы. Совсем наоборот. По мере появления новых методов наблюдения и новых специализированных сред для выращивания микроорганизмов удается выделить формы, поражающие воображение даже видавших виды микробиологов.

Тут и клетки треугольной и звездчатой формы, и ползающие многоклеточные бактерии… А сообщения об открытии все новых и новых форм и видов продолжают поступать.

Теперь настало время остановиться на существе современных методов обнаружения микробов.

Устройство человеческого глаза не позволяет различать предметы, величина которых меньше одной десятой миллиметра. Микроорганизмы значительно мельче, и как бы мы ни напрягали свое зрение, нам никогда не увидеть их невооруженным глазом. Тем не менее все же существуют визуальные методы наблюдения микроорганизмов, правда, не отдельно взятых, а их скоплений. Интенсивно размножаясь и достигая больших концентраций в единице объема, микроорганизмы становятся видимыми и невооруженным глазом. Так, прозрачный бульон становится мутным, когда количество развившихся в нем клеток достигает одного-двух миллиардов в одном кубическом сантиметре. На измерении мутности основан один из методов количественной оценки микроорганизмов — нефелометрический.

Известен другой метод, применяющийся для количественного определения микроорганизмов и тоже основанный на визуальном определении не единичных клеток, а их скоплений, так называемых колоний, — метод предельных разведений. Небольшой объем исследуемой жидкости или суспензии равномерно распределяется по поверхности плотной агаризованной питательной среды. В тех местах поверхности, куда попали клетки микроорганизмов, через некоторое время образуются крупные или мелкие колонии. Обычно используют несколько различных концентраций (разведений) исследуемой жидкости, что позволяет получить достоверные данные о содержании микроорганизмов в исследуемом образце.

Возможно, конечно, и прямое микроскопирование. Однако смотровое поле микроскопа настолько мало, что для получения достоверных данных необходимо просмотреть большое число полей, что требует больших затрат квалифицированного труда. Этот процесс можно автоматизировать, используя электронно-лучевую трубку. Если электронный луч направить на смотровое поле, то, двигаясь по нему, он будет отражаться от клеток. Можно учесть число отражений и даже создать прибор, состоящий из электронно-лучевой трубки и счетчика. Однако у этой системы есть существенный недостаток: электронный луч, отражаясь одинаково от мертвой и от живой клетки, дает явно завышенную численность живых микроорганизмов. Более того, при наличии показаний в исследуемом образце в действительности может вообще не быть жизнеспособных клеток.

Наилучшие результаты, конечно, можно получить, используя совокупность методов, а также тщательно анализируя и сравнивая результаты, полученные различными способами.

Вот почему необходима разработка инструментальных методов микробиологического анализа, не только приспособленных к микроскопическим размерам исследуемых объектов, но и позволяющих отличать живые микроорганизмы от мертвых. В создании таких методов имеются значительные успехи.

Для обнаружения микроорганизмов, помимо обычных микробиологических способов, используются физические и химические. Г. Соли запатентовал в США оригинальный способ, основанный на способности живых микроорганизмов синтезировать фермент каталазу. Исследуемую жидкость вводят в раствор, содержащий перекись водорода и вещество, хемолюминесценция которого активируется перекисью водорода. Уменьшение интенсивности хемолюминесценции в растворе по сравнению с контролем показывает на присутствие в пробе живых клеток, каталаза которых разлагает перекись водорода и тем самым уменьшает интенсивность хемолюминесценции.

Другой физический метод обнаружения живых бактерий и дифференциации их от погибших микроорганизмов и инертных тел микроскопического размера разработан Дж. Воудом и М. Бенсоном. Проводящую электрическую жидкость пропускают через маленькое отверстие в диэлектрике. При этом живые бактерии вызывают мгновенные резкие изменения (скачки) сопротивления. Подсчет возникающих скачков с помощью электронно-счетного устройства и корреляция полученных данных со скоростью тока жидкости позволяют с большой точностью определить концентрацию живых бактерий в известном объеме жидкости. Современные приборы для обнаружения микроорганизмов способны найти одну клетку в 1 мл исследуемой жидкости. И это, наверное, не предел. Если с помощью микроскопа Левенгука, состоящего из одной линзы и дающего увеличение всего в 300 раз, удалось открыть целый мир бактерий, то какие же огромные возможности предоставляет пытливому исследователю микробиология XXI в., оснащенная целым арсеналом современных средств наблюдения!

 

 

Глава 12

Распространенность микроорганизмов

Микроорганизмы — всюду. В воздухе, в воде, в почве — и везде их великое множество. Достаточно сказать, что только в одном кубическом сантиметре ризосферы (это часть почвы, непосредственно прилегающая к корневой системе растения) их число достигает нескольких миллионов. Но это, скажете вы, в почве, которая является уникальным аккумулятором таких жизненно важных факторов, как тепло, вода и воздух. А в других сферах? Прежде всего следует отметить, что нет такой сферы, в которой бы не были обнаружены микроорганизмы. Даже в останках палеонтологических животных (мамонта, пещерного медведя) и неандертальцев найдены ДНК микроорганизмов, которые размножались на их трупах.

В воде океанов бактерий не меньше, чем на суше: их количество в одном кубическом сантиметре достигает миллиона, а число видов доходит до 1500! Проведенное в 2006 г. в рамках проекта «Перепись морской жизни» исследование генетического материала в образцах воды из океана показало: в гидросфере Земли обитает значительно больше видов микроорганизмов, чем считалось раньше. Предполагаемое число различных видов бактерий, живущих в океане, оценивалось в 5 млн. Теперь оно оценивается в 10 млн. Они распространены во всех слоях океана, от поверхности до самого дна. Свободно плавающие виды бактерий располагаются в приповерхностной зоне. Больше всего микроорганизмов у дна, где они выполняют роль «санитаров».

С помощью специально сконструированной буровой установки жизнеспособные бактерии были обнаружены в материковых льдах Антарктиды на глубине 427 метров. В Гренландии в пробах льда, извлеченных с трехкилометровой глубины, были найдены сверх-микроскопические бактерии, возраст которых заведомо превышает сто тысячелетий.

В пробах воздуха, взятых с помощью ракет вертикального взлета, на высоте в 74 километра были обнаружены четыре вида грибков и два вида бактерий.

Многие микроорганизмы хорошо переносят большое давление, повышенные концентрации солей, сахаров и даже высокий уровень радиации! Микроорганизмы — чемпионы по способности выдерживать повышенную гравитацию. При величине ускорения в 400 000 g они не теряют способности к размножению.

До недавнего времени считалось, что микроорганизмы могут жить либо на поверхности твердых тел, либо будучи погруженными в жидкость; в газовой среде они могут находиться только во взвешенном состоянии, паря там, как пылинки, которые мы видим в воздухе, но не способны осуществлять все жизненные функции. Однако в результате работ Р. Диммика было показано, что бактерия Serratia marcescens осуществляла полный жизненный цикл, находясь во взвешенном состоянии в газовой среде.

Все описанные сферы обитания микробов существуют миллионы лет, и неудивительно, что микроорганизмы смогли приспособиться к жизни в столь разнообразных условиях. Это произошло не только потому, что бактерии — самая древняя форма жизни на Земле, но и потому, что продолжительность существования одного поколения микроорганизмов несравнимо меньше, чем у всех других. Таким образом, в природе прошло обкатку временем и изменяющимися условиями среды значительно большее число поколений микроорганизмов, и, естественно, их эволюционная «шлифовка» была проведена более тщательно. Микроорганизмы не только могут приспосабливаться к условиям внешней среды, но и в некоторых случаях способны их изменять подобно человеку, который влияет на окружающую природу в соответствии со своими желаниями. Например, микроорганизмы подкисляют или нейтрализуют среду, если она не удовлетворяет требуемым для данного вида условиям. Другой пример — некоторые микроорганизмы поддерживают температуру в определенных пределах (это явление получило название аутотермостатирования и было открыто в Институте биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г. К. Скрябина РАН).

Благодаря своим поразительным адаптационным способностям микроорганизмы приспосабливаются и к экстремальным условиям существования. Так, они не гибнут даже в условиях глубокого вакуума и при сверхнизких температурах. Микробы способны выдержать пребывание в камере при давлении 10-9 мм ртутного столба с температурой 40–160 °C ниже нуля в течение 500 часов! Более того, их можно обнаружить в охлаждающих контурах атомных реакторов, при невиданных в природе уровнях радиации в 500 и более рентген в час! Так, например, бактерия Deinococcus radiodurans существует при уровне радиации, в тысячу раз превышающей смертельную дозу для человека.

Бактерии по способности противостоять высоким температурам, давлению и радиоактивному излучению оставляют далеко позади себя остальные формы жизни. В 2003 г. обнаружены микроорганизмы, способные в течение 10 часов выдерживать температуру в 121 °C, при которой все известные до сих пор микроорганизмы погибают.

Гидростатическое давление в самых глубинных точках Мирового океана составляет 1100 атмосфер (глубина Марианской впадины). Но даже на этой глубине при таком огромном давлении обнаружены представители мира микробов. Но и это не предел. Имеются сообщения о способности некоторых бактерий выдерживать давление в 3000 атмосфер в течение нескольких часов без потери жизнеспособности.

Еще более удивительным местом обитания микроорганизмов являются «черные курильщики». Это места на дне океана, где раскаленная лава разогревает морскую воду до 500–800 °C. И в этой, насыщенной соединениями металлов и серы, перегретой воде под большим давлением тоже живут микроорганизмы.

И, наконец, совсем свежие новости об их местообитании. В мае 2008 г. в кернах, полученных при глубоководном бурении горных пород, лежащих под дном Атлантического океана (глубина 1626 метров под морским дном!) были обнаружены представители родов Pyrococcus и Thermococcus. Это рекордная глубина, на которой обнаружены живые микроорганизмы.

Как видно из приведенных примеров, микроорганизмы могут существовать в очень широком диапазоне физических параметров окружающей среды (температура, давление, вакуум, влажность, повышенная радиация). Не менее важным для распространенности микроорганизмов является их способность существовать при различных значениях pH от кислого до щелочного. Так, Tiobacilus concretivorans может жить и развиваться в среде, содержащей серную кислоту в концентрации, при которой она растворяет металлы.

Но даже тогда, когда физико-химические параметры среды обитания выходят за пределы физиологических возможностей, у микроорганизмов есть дополнительный ресурс по сохранению своей жизнеспособности в этих сверхэкстремальных условиях.

В подобных случаях некоторые бактерии замедляют свой метаболизм или полностью его приостанавливают и в таком покоящемся состоянии в виде спор или цист могут находиться десятки, а то и сотни лет в ожидании благоприятных условий для роста. Есть примеры возвращения к жизни микроорганизмов после 118 и 166 лет. Более того, бактерии, выделенные из стотысячелетнего антарктического льда, помещенные в теплую питательную среду, оживали и демонстрировали способность к росту.

Еще более удивительным является рост микроорганизмов в различных гелях. Заключенные в проницаемую для питательных веществ оболочку из различного рода полимеров, микроорганизмы растут и развиваются настолько интенсивно, что их активность может быть использована для проведения некоторых биохимических превращений веществ.

Этот краткий обзор сфер обитания микроорганизмов был бы неполным, если бы мы не упомянули еще об одной сфере их обитания — внутренней среде других живых организмов. И здесь они могут выступать в двух ролях. С одной стороны, это паразитирующие микроорганизмы, а с другой — микроорганизмы-симбионты, выполняющие полезные функции. Так, огромный объем работы по переработке растительной пищи в желудке жвачных животных проводят микробы, и, пожалуй, корову без большого преувеличения можно было бы назвать ходячим ферментером по переработке целлюлозы.

Множество бактерий вступает в симбиотические отношения с растениями. Некоторые из них, поселяясь на корнях бобовых, помогают им усваивать азот из воздуха. На один грамм сухого веса корней приходится до 10 миллиардов бактерий-азотфиксаторов. Даже во внутренних органах человека обитает огромное количество бактерий. Так, в кишечнике только число видов микроорганизмов достигает 5600! Это в 10 раз больше чем считалось раньше, до ноября 2008 г.! Микроорганизмы воистину вездесущи!

 

 

Глава 13

В здоровом теле…

два фунта микробов

Как уже отмечалось в главе о распространении микроорганизмов, последние присутствуют во всех сферах. Из четырех стихий, известных древним грекам (вода, воздух, земля, огонь), только в одной — огне — микроорганизмы не обнаружены. В остальных трех их полным-полно.

Говоря о вездесущности бактерий, невольно задаешься вопросом: «А как же мы, наше тело, содержит ли оно микроорганизмы и как они в нем сосуществуют?» И тут неискушенного читателя и искушенного писателя поджидают интереснейшие факты.

Микроорганизмы можно обнаружить в ушах, в носу, во рту, на поверхности зубной эмали, в анальном отверстии, на поверхности кожи, под мышками, в паху и между пальцами ног. Количество микробов уже во времена Левенгука поражало даже их первооткрывателя. Он писал после просмотра под микроскопом образцов, взятых с поверхности зубной эмали: «Во всем королевстве Нидерландов нет столько людей, сколько микробов у меня во рту». Более поздние исследования подтвердили эту оценку: только при одном поцелуе передается около 40 000 микробов. Подсчитано, что с кожи человека во время мытья смывается от 20 млн до 1 млрд различных микроорганизмов.

Особенно большое их количество находится в желудочно-кишечном тракте. В толстом кишечнике они составляют 30 % сухой массы его содержимого. Микроорганизмы колонизируют наше тело с момента рождения и уже не покидают его никогда. С первым вздохом и первым глотком материнского молока в человеческую экосистему попадают миллионы бактерий. В процессе длительной совместной эволюции микроорганизмы и люди выработали сложнейшие стратегии, позволяющие им сосуществовать. Следует отметить, что микроорганизмы-симбионты содержат около 60 000 генов, что примерно вдвое больше, чем число генов в геноме человека. Именно этот факт обеспечивает дополнительные метаболические возможности нашему организму, о которых будет сказано ниже.

Общее число микроорганизмов-симбионтов достигает 100 трлн (1014), общее же число клеток, составляющих наше тело, на порядок меньше — 10 трлн (1013). Общий вес микробов примерно соответствует весу среднего размера железы внутренней секреции человека.

Несомненно, эти миллиарды бактерий оказывают огромное влияние на биохимию и физиологию нашего организма, выполняя зачастую стратегически важные функции обмена веществ. Они, микроорганизмы, помогают переваривать пищу (особенно растительные полисахариды), участвуют в синтезе аминокислот (особенно незаменимых) и являются единственным источником некоторых витаминов (в частности, витамина K и витамина B12). Они перерабатывают холестерин и жирные кислоты, образуя необходимые для нас стероидные гормоны.

В свою очередь организм человека предоставляет микроорганизмам все необходимые для их роста и развития условия: сбалансированные питательные среды, идеальные условия температуры и влажности. Более того, в последнее время по-новому рассматривается роль аппендикса в организме человека. Есть предположение, что именно в аппендиксе, как в убежище, микроорганизмы могут укрыться от неблагоприятных условий, наступающих при некоторых заболеваниях или при интенсивной антимикробной терапии, а затем вновь колонизируют пищевой тракт, восстанавливая столь необходимую микрофлору. Но мы не только предоставляем микроорганизмам «и стол, и дом», но и активно помогаем их распространению на большие расстояния. Так, чихая, мы разбрасываем вокруг себя около десяти миллионов микробов на расстояние от трех до пяти метров. Это огромный путь по сравнению с размерами микроорганизмов!

Вообще, следует заметить, что им свойственна способность к симбиозу. Они сосуществуют с насекомыми, растениями, грибами, мхами и даже, как мы видели, с человеком. Когда мы говорим о микроорганизмах-симбионтах, то умышленно исключаем патогенные микроорганизмы, заражение которыми вызывает серьезнейшие заболевания. Из этого не следует, что такие микробы в небольших количествах не присутствуют в теле любого из нас. Так, во рту у здорового человека можно найти стафилококки, стрептококки и другие патогенные бактерии. Однако его иммунная система справляется с ними, и он не заболевает. Более того, наличие этих патогенных микроорганизмов как бы служит для тренировки иммунной системы, поддерживая ее в рабочем состоянии. Отсутствие такого рода «тренировок», вызванное чрезмерным стремлением к чистоте, в развитых странах увеличило число заболеваний астмой, аллергией и ревматическим артритом. Только в США различными формами аллергии страдают около 50 млн человек.

Заканчивая это краткое описание симбиотических аспектов сосуществования человека и микроорганизмов, следует отметить, что дальнейшее изучение микробиологической составляющей суперорганизма, как можно назвать человеческий организм, может открыть новые пути регуляции его метаболизма и выявить много новых подходов в лечении и предотвращении заболеваний. В подтверждение важности изучения симбиоза следует привести слова И. Мечникова: «Многочисленные разнообразные ассоциации микроорганизмов, населяющие пищеварительный тракт человека, в значительной степени определяют духовное и физическое здоровье человека».

 

 

Глава 14

Шахматы и микробиология

Шахматы, как известно, изобрели в Индии, и многие, вероятно, слышали легенду о том, какую награду попросил изобретатель у индийского царя. Сначала его просьба показалась властителю более чем скромной. И действительно, в награду за изобретение столь увлекательной игры он попросил не золото, не драгоценные камни, а всего лишь пшеничные зерна. Но когда подсчитали их количество, которое нужно было отдать изобретателю (а он попросил, чтобы на первую клетку шахматной доски положили два зернышка, а на каждую следующую — в два раза больше, чем лежит на предыдущей, и т. д.), получилась фантастическая цифра — 264, или 18 446 744 073 709 551 616 зерен, что составляет примерно 600 млрд тонн. О том, как завершился разговор изобретателя с царем, легенда умалчивает. Можно только гадать, казнил ли он незадачливого изобретателя, узнав о поистине астрономической величине награды, либо только прогнал его, оставив без вознаграждения: владыки не любят расписываться в собственной несостоятельности. И в самом деле, было отчего разгневаться: 600 млрд тонн!!! Ведь даже в наше время, если бы благодарное человечество решило удовлетворить просьбу изобретателя шахмат, то оно должно было бы отдать ему более 300 годовых урожаев нашей планеты.

Но при чем тут микробы? А вот причем. Способность микроорганизмов к размножению феноменальна. Каждые 20 минут их количество удваивается, т. е. за 20 часов оно увеличивается в 260 раза. Получается то же фантастическое число, что и количество зерен, которое запросил изобретатель шахмат. Так что, будь индийский царь немного знаком с основами микробиологии, он бы мог вполне корректно отблагодарить изобретателя шахмат, не бросив и тени на свою репутацию владыки. Нужно было лишь дать ему несколько микробов и пропись среды, на которой они могут развиваться, и эти микроорганизмы обеспечили бы изобретателя затребованной наградой в довольно короткий срок. Правда, пришлось бы создать условия для беспрепятственного роста микроорганизмов, но не царское дело — вникать в такие детали: это задача для микробиолога.

Учитывая огромную скорость размножения микробов и их относительную неприхотливость к питательным веществам, остается только удивляться, как до сих пор они не вытеснили всех других представителей флоры и фауны. Что же все-таки сдерживает их развитие? Прежде всего, нельзя забывать, что количество питательных веществ ограниченно. Кроме того, рост микроорганизмов тормозится продуктами обмена веществ, вызывающими самоотравление. В природной среде трудно обойти эти факторы. Но в условиях эксперимента можно обеспечить постоянный приток свежих питательных веществ и отток продуктов метаболизма, и тогда микроорганизмы смогут размножаться достаточно долго, оставаясь на стадии экспоненциального роста. Кстати, о стадиях развития микроорганизмов.

Помните загадку Сфинкса, которую тот задал Эдипу: «Скажи мне, кто ходит утром на четырех ногах, днем — на двух, а вечером — на трех?»

Ответ на эту загадку Сфинкса олицетворяет не только развитие человека, но и всего живого. В равной степени она относится и к развитию микроорганизмов. Однако в отличие от человека они в своем развитии проходят несколько большее число фаз. Так, различают лаг-фазу — период приспособления к среде; экспоненциальную фазу с высокой степенью увеличения числа клеток, когда их количество возрастает в геометрической прогрессии; фазу замедленного роста, во время которой скорость роста микроорганизмов уменьшается и их количество уже не возрастает, а остается на одном уровне; и, наконец, пятая стадия — фаза отмирания, когда количество клеток уменьшается.

Все эти фазы плавно переходят одна в другую, и четко установить границу между ними бывает достаточно трудно. Можно только утверждать, что в той или иной фазе развития находится достаточно большой процент клеточной популяции.

Каждая из фаз имеет определенную продолжительность, не одинаковую у различных культур, при этом любая из них, находясь в конкретной фазе развития, обладает неповторимыми особенностями, тщательное изучение которых представляет огромный интерес для микробиологов. Конечно, наибольшее внимание привлекает фаза, в которой происходит интенсивное увеличение числа клеток.

Однако как поддержать клеточную популяцию в этом нужном состоянии постоянной молодости? И здесь на помощь микробиологам приходит уже упомянутый метод непрерывного культивирования. На чем он основан, или в чем секрет вечной молодости микроорганизмов?

Метод заключается в том, что в ростовую среду постоянно вводятся свежие питательные вещества и выводится соответствующее количество микробных клеток и продуктов метаболизма. При хорошей согласованности этих двух потоков система находится в состоянии динамического равновесия, и непрерывное выращивание микроорганизмов может продолжаться достаточно долго, хотя не бесконечно, так как в конце концов начинают действовать и другие факторы, например вырождение культуры и т. п.

И тем не менее благодаря этому методу можно получать микробный белок, близкий по составу к белку пшеницы. Этот путь ведет не только к удовлетворению запросов легендарного изобретателя шахмат, но и к решению продовольственной проблемы для человечества в целом.

 

 

Глава 15

Всеядные

Обычно под всеядностью подразумевают способность организма употреблять в пищу все окружающие его съедобные (и несъедобные!) вещества. В этом смысле каждый микроорганизм в отдельности отнюдь не является всеядным. Напротив, большинство микроорганизмов очень «привередливы» и употребляют в пищу довольно ограниченный набор питательных веществ, причем меню каждого микроба, как правило, сильно отличается от меню всех прочих микроорганизмов. В конце концов, как принято говорить, о вкусах не спорят. И именно на этом свойстве микроорганизмов — разнице во «вкусах» — основан наиболее употребляемый метод их идентификации. Перефразируя известную поговорку «Скажи мне, кто твой друг, и я скажу, кто ты», микробиологи с полным основанием могут заявить, обращаясь к неизвестному микробу: «Скажи мне, что ты ешь, и я скажу, кто ты!»

Правда, здесь следует оговориться. Привередливость иных микроорганизмов исчезает вместе с исчезновением их излюбленного блюда. И тогда они хотя и не становятся всеядными, но, во всяком случае, пытаются приспособиться и к другой пище, которую раньше не использовали в своем рационе. Это умение приспосабливаться к изменяющимся условиям питания определяет живучесть микроорганизмов. И такая их способность создала в последние десятилетия целую проблему. Дело не только в том, что затрудняется идентификация микроорганизмов, но и в том, что некоторые болезнетворные микробы сумели приспособиться к антибиотикам, созданным против них, поэтому врачи вынуждены постоянно разрабатывать новые препараты, к которым данный микроб еще не приспособился, т. е. не адаптировался.

Но вернемся к названию этой главы. Когда говорят о всеядности микроорганизмов, то имеют в виду не каждый из них в отдельности, а все царство микроорганизмов в целом. И в этом смысле микроорганизмы действительно всеядны. Благодаря этому свойству их можно обнаружить на всех окружающих нас веществах и предметах, иными словами, всеядность микроорганизмов объясняет их повсеместную распространенность, о которой мы уже говорили в главе 12.

Хлеб, молоко, мясо, овощи, или, выражаясь языком органической химии, белки, жиры и углеводы — весь этот спектр всеядности животных и человека характерен и для микроорганизмов. При более детальном анализе пищевых возможностей микроорганизмов открывается поистине удивительная картина. Оказывается, многие из них могут использовать в качестве пищевых субстратов вещества, не относящиеся к перечисленным выше трем классам органических соединений, олицетворяющим пищу как таковую. Некоторые микроорганизмы способны потреблять такие инертные в химическом отношении вещества, как парафины, выделенные из нефти. Другие «питаются» даже веществами, обладающими бактерицидными свойствами, в частности фенолами. Вообще, мы не ошибемся, если все вещества, перечисленные в оглавлении толстого учебника органической химии, отнесем к пищевым субстратам микроорганизмов. При этом помимо простых веществ они способны использовать для своих пищевых потребностей и сложные. Разложение биополимеров проводится не одним микробом, а целым комплексом микроорганизмов, работающих как бы «в единой бригаде» и по «единому наряду». Так, сложный полимер хитин одни микроорганизмы расщепляют до мономеров, из большого количества которых он состоит, а другие способствуют дальнейшему разложению образовавшихся мономеров.

В настоящее время в мире насчитывается около 2,5 млн органических и неорганических соединений, и большая часть этих веществ — отнюдь не естественного происхождения. Более того, ежедневно поступают сведения о появлении все новых веществ и материалов, синтезированных в химических лабораториях всего мира. Причем надо сказать, что современные химики синтезируют вещества не только для удовлетворения собственного тщеславия, а выполняя «социальный заказ» тех или иных отраслей промышленности и экономики. Некоторые из этих вновь синтезированных веществ выпускаются миллионами тонн!

И если до сих пор, несмотря на астрономические цифры производства новых веществ, наша планета еще не превратилась в бесполезный склад однажды использованных и навсегда исключенных из круговорота веществ, то основная заслуга в этом всеядных микроорганизмов.

Спектр их всеядности охватывает, как выяснилось, не только органические вещества, но и неорганические. Есть микроорганизмы, способные использовать в качестве пищи аммиак, нитриты, сероводород, железо, водород.

Однако у читателя есть все основания удивиться: как же можно железо, а тем более аммиак или сероводород считать пищей? Чтобы ответить на этот вопрос, нужно прежде всего задаться другим: что же такое пища вообще, и для чего она нужна любому живому организму? Пища должна снабжать организм строительными материалами для построения тела и энергией для осуществления всевозможных жизненных отправлений, будь то синтез различных веществ и структур, движение или размножение. Большинство микроорганизмов, подобно животным и человеку, получают углерод для построения своих тканей и энергию из готовых органических соединений. Это так называемый гетеротрофный тип питания. Существуют микроорганизмы, которые не нуждаются в органических соединениях. В качестве источника углерода они используют углекислый газ из воздуха и, таким образом, по сравнению с вышеупомянутыми микроорганизмами обладают куда большей независимостью. Такой тип питания называется автотрофным. Что касается источника энергии, то некоторые микроорганизмы используют, как и растения, энергию солнечного света (фототрофы), другие потребляют энергию химических связей, причем как органических веществ (органотрофы), так и неорганических (литотрофы, т. е. питающиеся камнем!) Вот, оказывается, для чего иным микроорганизмам нужны железо, аммиак и тому подобные несъедобные вещества. Таким образом, всеядность микроорганизмов объясняется, кроме всего прочего, и разнообразием типов их питания.

 

 

Глава 16

Хлеб для Робинзона, или

Несколько слов о пользе коллекционирования

Даниэль Дефо, автор известного романа «Жизнь и удивительные приключения Робинзона Крузо»[3]Дефо Д. Жизнь и удивительные приключения Робинзона Крузо. — М.: Олма Медиа Групп, 2012.
, забросив своего героя на необитаемый остров, всячески помогает ему, периодически снабжая предметами первой необходимости с потерпевших крушение кораблей. Благодаря таким счастливым «случайностям» Робинзон получает одежду, плотницкий инструмент, ружья вместе с солидным запасом пороха и пуль и многое другое. Единственное, чем не смог «обеспечить» своего героя Даниэль Дефо, — это хлебом, несмотря на то что из случайно уцелевших зерен Робинзону удалось получить через несколько лет приличный запас зерна. Однако для его превращения в хлеб нужно было иметь дрожжи, или, как их тогда называли, «закваску».

«Прежде всего, у меня не было закваски; впрочем, этому горю все равно пособить было нечем, и потому о закваске я не заботился…» Внимательному читателю эта цитата скажет о многом. Во-первых, из нее следует, что получение закваски представляет достаточно трудное мероприятие, и чтобы сохранить ее, хлебопекам того времени приходилось ежедневно обновлять или, как принято говорить теперь у микробиологов, «пересевать» ее. Во-вторых, с очевидностью следует, что во времена Дефо вопросы, связанные с хранением и пересылкой культур микроорганизмов, совершенно не были разработаны. В противном случае Даниэлю Дефо, а он считался одним из образованнейших людей своего времени, ничего не стоило бы устроить так, чтобы его герою «случайно» попала пробирка с культурой дрожжей, и таким образом, проблема получения хлеба на необитаемом острове была бы решена.

Выпечка хлеба, которого так не хватало Робинзону, — одно из крупных достижений человечества. Получение этого ценного продукта основано на использовании дрожжей. Вещества, образуемые ими в процессе ферментации, создают присущие хлебу пористость, вкус и аромат, т. е. свойства, которые получить другим путем нельзя. Для выпечки применяют специальные расы дрожжей, выделяя их и поддерживая в активном состоянии.

Однако искусством выделения и поддержания микробных культур наука овладела сравнительно недавно. Поэтому, когда в фильме «Робинзон Крузо», поставленному по одноименному роману, мы видим нашего героя с буханкой пышного круглого хлеба, нам остается только развести руками от удивления. Роман, как известно, был написан в 1719 г., а способ длительного хранения микроорганизмов на твердых питательных средах был разработан Р. Кохом значительно позднее, в конце XIX в. Простим, однако, постановщикам фильма эту ошибку — все-таки они не микробиологи — и посмотрим, каких же успехов добилось человечество со времени Даниэля Дефо в вопросе хранения микробных культур.

Каждый, кто видел зеленый налет на поверхности заплесневелого продукта, может считать, что он знаком с проблемой выращивания микроорганизмов на твердых средах. Однако такой метод несовершенен, поскольку многие микробы требуют для своего роста сложных по составу сред. Кроме того, быстро подсыхая, натуральные среды не дают возможности поддерживать культуру достаточно долгое время. Впервые твердые питательные среды с использованием желатины были предложены Р. Кохом. Жидкие питательные среды при добавлении желатины легко превращались в твердые, на поверхности которых хорошо развивались микроорганизмы. Желатина, однако, легко расщеплялась ферментами микроорганизмов и разжижалась. Таким образом, основное преимущество исчезало, и среда вновь становилась жидкой. Впоследствии желатина была заменена агаром — полисахаридом, выделяемым из водорослей. Агар значительно реже разжижается микроорганизмами и представляет незаменимую находку для микробиологии. Несмотря на огромные успехи химии, найти лучшее вещество для создания твердых или, как принято говорить, агаризованных сред, пока никому не удалось. Естественно, что микроорганизмы существенно различаются по своим потребностям в питательных веществах, поэтому, несмотря на общую агаровую основу, среды по составу значительно разнятся между собой.

Пробирки с застывшей в наклонном состоянии агаризованной средой представляют собой самый распространенный вариант хранения культур микроорганизмов. Однако такие выращенные на скошенном агаре культуры тоже необходимо периодически пересевать на свежие среды. Когда микробиологи научились выделять из природных смесей микроорганизмы только одного вида, со всей остротой встала проблема их сохранения. Пока число полученных чистых культур микроорганизмов не превышало нескольких десятков на каждого исследователя, самостоятельно занимавшегося их выделением, поддержание культур в жизнеспособном состоянии не представляло большой сложности. Однако, как только количество выделенных культур значительно возросло, сохранение их в жизнеспособном состоянии превратилось в серьезную проблему. Однажды выделенные и описанные культуры в отсутствие должного ухода гибли, заражаясь сопутствующей микрофлорой, что сводило на нет затраченные в свое время усилия по их выделению.

Первый центр по сбору и поддержанию микробных культур был создан в Голландии в 1907 г. На смену мелким лабораторным коллекциям пришли крупные, ставившие перед собой задачи по сбору, поддержанию в жизнеспособном состоянии и изучению большого числа различных микробных культур.

Методы хранения, применявшиеся до недавнего времени, основаны на периодическом обновлении популяции клеток путем пересева культур на свежие среды. Если их состав хорошо подобран, то культура сохраняет не только жизнеспособность, но и свои специфические свойства, будь то способность к сверхсинтезу каких-либо ценных веществ, умение расти на определенных субстратах или другие физиолого-биохимические свойства.

И все же, несмотря на тщательно подобранный состав среды, после многократных пересевов культуры микроорганизмов утрачивали некоторые специфические свойства, которые представляли основной интерес для исследователей или практиков.

В связи с этим возникла необходимость поиска новых методов сохранения культур. Их суть должна была состоять в максимальном замедлении процессов метаболизма при одновременном сохранении жизнеспособности культуры. Это было достигнуто либо ее хранением при пониженных температурах, включая и сверхнизкие (жидкий азот -186 °C), либо лиофилизацией (сушкой из замороженного состояния). Оба метода приводят к максимальному замедлению процессов метаболизма, а методика обратного перевода законсервированных культур в жизнеспособное состояние позволяет даже после длительного хранения получить культуры с тем же набором исходных физиолого-биохимических свойств.

В настоящее время в коллекциях культур во всем мире насчитывается свыше 70 000 различных микроорганизмов, и это количество постоянно увеличивается. 70 000 культур представляют собой уникальный набор возможных вариантов для получения не только культур-сверхпродуцентов для микробиологической промышленности, но и дают возможность получения методами генетической инженерии совершенно новых организмов с невиданными в природе свойствами. По образному выражению одного из ученых, «…в коллекции культур (имеется в виду американская коллекция микроорганизмов — одна из крупнейших в мире) заключается больше богатств, чем в кладовых всех банков Соединенных Штатов».

Результаты, добытые скрупулезным трудом микробиологов, не пропадают даром, а до поры хранятся в банке и ждут своего часа, чтобы начать платить человечеству большие проценты.

 

 

Глава 17

Честолюбивые планы Урфина Джюса и Крейга Вентера

Урфин Джюс из повести-сказки Александра Волкова превращал неживые предметы в живые с помощью чудесного порошка неизвестной природы и таинственного происхождения.

Злому и недалекому Урфину Джюсу было неважно, каким образом деревянные чурбаки становятся живыми. Он просто использовал их в своих честолюбивых планах по завоеванию королевства.

Честолюбие ученых направлено в другую сторону. Их интересует происхождение жизни, что отличает живую материю от неживой и как функционируют живые организмы. Наука о происхождении живого прошла огромный путь: от представлений древних, что мыши заводятся в грязном белье, а мухи зарождаются из тухлого мяса, до современных успехов молекулярной биологии и генетической инженерии. Вехами на этом славном пути являются работы Ф. Реди, Г. Менделя, Л. Пастера, Т. Шванна, И. Мечникова и многих других.

Изучая живые организмы, разделяя их на системы и подсистемы, обеспечивающие жизнь, наблюдая, как они работают, мы все больше понимаем, как они организованы и как функционируют.

И действительно, мы знаем химический и биохимический состав живой клетки, нам известно, из каких функциональных частей она состоит и каким образом они связаны друг с другом, — так нельзя ли попробовать создать живое из неживого, используя все наши знания?

В соревнование за овладение этим секретом природы включились многие лаборатории мира. Команда из 20 ученых, собранных Крейгом Вентером, построила синтетическую хромосому, состоящую из 381 гена. Одним из способов вдохнуть жизнь в созданный в лаборатории геном является его перенос в оболочку микроба, содержащего минимальный набор генов, благодаря которому клетка может осуществлять основные жизненные функции.

Одной из задач ученых, работающих над этим проектом, было установить минимальный набор генов (house-keeping genes), который обеспечивает жизнеспособность бактерии. Когда эта задача была решена, в эту «упрощенную», но все же еще не функционирующую клетку пересадили искусственную хромосому, и новый рукотворный организм, названный Mycoplasma laboratorium, обрел жизнь.

Успех этого эксперимента может в недалеком будущем привести к тому, что человеку не придется искать в природе микроорганизмы с нужными свойствами и не модифицировать уже существующие, а производить их в короткие сроки, синтезируя биологические структуры, такие как гены, хромосомы и даже целые геномы, — точно так же, как химики-синтетики создают новые, доселе не существовавшие химические вещества.

Конечная цель Крейга Вентера — научиться создавать искусственные геномы, а затем и искусственные организмы с заданными свойствами, с абсолютно новыми, не существующими в природе путями метаболизма, способные к синтезу биотоплива, деградации экологически вредных отходов производства и синтезу новых эффективных лекарств. То, что уже удалось осуществить Крейгу Вентеру и его команде, не только удивительное достижение, но и реальное свидетельство рождения нового направления в биологии — синтетической биологии.

 

 

Глава 18

Если бы микробы исчезли

У Рэя Брэдбери есть небольшой, но поучительный рассказ о бабочке, раздавленной путешественниками во время экскурсии в прошлое, и о катастрофических последствиях для всего человечества, к которым привел этот несчастный случай. Конечно, ужасные результаты, к которым привела смерть одной-единственной бабочки, — фантастика, но у человечества, увы, есть и реальные примеры неудачных попыток вмешательства в жизнь природы. Причем, если речь идет о животном или растительном мире, то оно сказывается годы спустя, а вот результаты вторжения в жизнь третьего царства с его более высокой интенсивностью обмена могут появиться значительно быстрее.

К чести человечества следует сказать, что оно никогда не ставило перед собой задачу тотальной войны с микроорганизмами. Если она и велась, то только локально, например, с болезнетворными для человека и животных видами, а также с теми микроорганизмами, которые мешали проведению какого-либо технологического процесса (вспомним, что еще со времен открытия Пастером причин болезни вин стало ясно, что многие неудачи в организации микробиологических производств связаны с наличием посторонней микрофлоры).

Но, как говорится, лес рубят — щепки летят. Не обошлось и без лишних жертв. Порой во время войны с вредными или нежелательными микроорганизмами доставалось и другим, ни в чем не повинным. Пострадали микробы и при применении гербицидов, пестицидов и прочих «цидов». Между тем мы настолько «сжились» с микроорганизмами и с повседневными проявлениями их жизнедеятельности, сопровождающими нас от рождения до самой смерти, что даже не представляем себе масштабов катастрофы, которая постигла бы нас, если бы микробы вдруг исчезли.

Принято считать, что растительность представляет собой гигантский аккумулятор и трансформатор энергии Солнца — главного энергетического фактора существования всех форм жизни на Земле. Однако зачастую забывают о том, что этот аккумулятор может работать с завидным постоянством только в случае, если его не только подзаряжать, но и с такой же частотой разряжать. Эту последнюю задачу успешно решают микроорганизмы, которые разлагают образованные растениями органические вещества до исходных продуктов — в простейшем случае до двуокиси углерода и воды, вновь используемых в процессе фотосинтеза. Таким образом, если бы микробы исчезли, прежде всего остановился бы круговорот веществ в природе, и все органическое вещество, ставшее составной частью живых организмов, навечно осталось бы в них. Земля покрылась бы сплошным слоем неразложившихся трупов растений и животных. Фотосинтез из-за отсутствия поступления в атмосферу CO2 также прекратился бы. Конечно, это произошло бы не сразу. По подсчетам ученых, CO2 и других жизненно важных компонентов хватило бы лет на 30, не более. В действительности же после исчезновения микроорганизмов жизнь на Земле прекратилась бы значительно раньше, чем были бы исчерпаны все запасы органических и минеральных веществ, необходимых для жизни. И дело не только в том, что немедленно остановились бы сотни производств пищевой, текстильной, фармацевтической и многих других отраслей промышленности и сельского хозяйства, связанных с применением микроорганизмов. Нарисовав эту апокалиптическую картину, мы забыли о главном: ведь мы сами являемся симбионтами. Правда, роль микроорганизмов в этом симбиозе еще не выяснена до конца, но уже сейчас можно с уверенностью сказать, что она достаточно велика. В частности, микроорганизмы снабжают нас различными коферментами, без которых невозможна нормальная работа ферментов — действующего начала всех процессов, протекающих в организме человека.

Итак, без микроорганизмов жизнь на Земле невозможна, и именно поэтому они требуют к себе самого вдумчивого и внимательного отношения. Любое действие, любое вмешательство в дела природы должно быть предварительно обдумано с точки зрения воздействия на окружающие нас микроорганизмы.

Заканчивая эту главу, мы хотели бы подчеркнуть, что во многом их созидательная роль на Земле состоит в постоянном разрушении (вспомним эпиграф к этой главе). Микроорганизмы обеспечивают многократное использование биогенных элементов. Ведь известно, что суммарная биомасса всех живых существ, когда-либо существовавших на Земле, больше массы всего земного шара. И именно микроорганизмы дают возможность Природе многократно экспериментировать с биомассой, создавая все новые и новые эволюционные формы и поколения живых существ.

 

 

Глава 19

Микроскопы, микроскопы…

Рассматривая «анималькулей» с помощью собственноручно изготовленного микроскопа в конце XVII в., Левенгук вряд ли подозревал, что закладывает основы одной из научных дисциплин XX и XXI вв. Несмотря на его удивительные открытия, микроскопия не получила широкого распространения в XVII в. По словам Роберта Гука (он был секретарем Лондонского королевского общества, кем-то вроде современного президента Академии наук), во всей Европе никто не занимается микроскопией кроме одного голландца по имени Левенгук.

Ему действительно не удалось развить это направление в науке, или, как теперь говорят, создать свою научную школу. Отчасти в этом можно упрекнуть самого Левенгука: он ни с кем не делился секретами своего мастерства, у него не было учеников и вообще он был человеком скрытным.

Только в 1840-е гг. (т. е. через 100 с лишним лет после смерти Левенгука) микроскопия как бы родилась вновь. Увеличение и качество изображения изготавливаемых микроскопов достигло уровня уникальных приборов Левенгука. Кроме того, с помощью этих микроскопов удавалось рассматривать множество объектов, и не нужно было создавать для каждого из них новый микроскоп, как это делал Левенгук. И тут микроскоп из увлечения чудака-одиночки стал постепенно превращаться в широко используемый инструмент изучения природы. Одновременно стали разрабатываться новые типы линз, новые сорта стекла для них и новые типы микроскопов. Над дальнейшим развитием микроскопии работали физики, стекловары, оптики, механики.

Микроскоп играл огромную роль в изучении окружающего нас мира и продолжает играть одну из ключевых ролей в открытиях и изобретениях, служащих основой новейших технологий. Конечно, микроскоп уже не тот, каким когда-то был. Из примитивного устройства он стал воплощением последних достижений в области оптической физики, механики и электронной техники.

Микроскопы используют представители разных профессий, например сталевары (структура стали и сплавов), судебные эксперты (судебная баллистика), химики (строение кристаллов и полимерных волокон) и т. д. Кстати, Луи Пастер, рассматривая под микроскопом кристаллы виннокаменной кислоты, положил начало стереохимии.

Использование микроскопа способствовало становлению новых направлений в науке. Так, понятие о жидкокристаллическом состоянии вещества впервые возникло при изучении субклеточных структур, а затем перекочевало в физику и в наше время стало отдельной научной дисциплиной об особом состоянии вещества, промежуточном между твердым и жидким. Кристаллография — наука о кристаллах — тоже многим обязана микроскопии, которая из усовершенствованного способа наблюдения за микрообъектами превратилась в самостоятельный метод познания природы. Его развитие и совершенствование привело к созданию новых типов микроскопов с поистине огромной разрешающей способностью. В настоящее время с их помощью можно увидеть даже отдельные атомы!

Стерео-, фазово-контрастные, флуоресцентные, электронные, лазерные сканирующие, сканирующие туннельные, атомные силовые микроскопы — вот только краткий и неполный перечень «детей и внуков» микроскопа Левенгука.

В марте 2007 года в г. Орландо (Флорида, США) на международной научной конференции среди 4200 исследователей из 68 стран был проведен опрос-голосование о наиболее значительных достижениях человечества в области наук о материалах. На пятом месте оказалась открытая в 1668 г. Антони Левенгуком оптическая микроскопия. Как говорится, комментарии излишни!