Неизбежность войны не была столь очевидной в России в 1787 году, да и «блистательная» поездка Екатерины на юг подтверждала это. Г. Потемкин требовал проявлять дружелюбие к турецким капитанам, дипломатам, купцам. Были отданы распоряжения, что с ними следует обходиться «сколь можно ласковее, уклоняясь от малейшего повода к распре, и оскорблению, оказывая при том им всякую справедливость и снисхождение».

Однако уже с середины 1787 года из Константинополя от русского посланника Я. И. Булгакова идут крайне тревожные сообщения об активной деятельности при дворе антирусской партии, возглавляемой великим визирем. Султан ведет себя нерешительно, не откликается на призывы выступить в поход, однако посол считал, что сторонники визиря спровоцируют где-нибудь на границе, скорее всего у Очакова драку и «сложа вину на нас вынудят двор к войне». Старший член Черноморского правления контр-адмирал Н. С. Мордвинов отдает распоряжения приступить к срочной подготовке и обороне и защите Севастополя. Вход в бухту был закрыт старыми фрегатами и бомбардирским кораблем, который был превращен в плавучую батарею.

Второй и третий отряд Черноморского флота под командованием капитанов бригадирского ранга П. Алексиано и Ф. Ф. Ушакова после плавания у берегов Крыма 1 августа возвратились к Севастополю и встали на внешнем рейде. Был отдан приказ принять на корабле полный припас снаряжения и воды.

…Мудрый и всевидящий Яков Иванович Булгаков шел на заседание Дивана, понимая, что случилось непоправимое: возобладала партия войны. С истерией в голосе великий визирь потребовал возвратить Крым, отказаться от Кучук-Кайнарджийского договора, запретить Черноморский флот России, иначе… Усталым (в эти дни сжигались все секретные бумаги, отправлялись последние сообщения в Петербург, Херсон, Кременчуг), но твердым голосом Булгаков отверг требования и тут же был препровожден в страшный Семибашенный эамок — Едикуле, предназначенный для врагов султана. Девять лет назад там уже сидел русский посол Обресков, что означало тогда начало первой войны с Турцией при Екатерине. И сейчас, 13 августа, Турция объявила войну России. По-видимому, после прибытия первого сообщения в Очаков турецкий флот перекрыл лиман. Русские корабли тоже приготовились к бою. Мордвинов понимал, что, уничтожив эти корабли, турки могут высадить десант в Глубокой Пристани, захватить Херсон.

Вдоль Днепра вытянулись суда всех типов, которые способны были нести пушки. Вскоре к ним подтянулись из устья лимана фрегат «Скорый» и бот «Битюг», отбившиеся от преследователей.

Потемкин, Мордвинов, все морские командиры восприняли их переход как большую победу. Но до этого было еще очень далеко. Войнович же получил от Потемкина записку такого содержания: «Подтверждаю Вам собрать все корабли и фрегаты и стараться произвести дело, ожидаемо от храбрости и мужества Вашего и подчиненных Ваших. Хотя бы всем погибнуть, но должно показать всю неустрашимость к нападению и истреблению неприятеля. Сие объявить всем офицерам Вашим. Где завидите флот турецкий, атакуйте его, во что бы то ни стало, хотя бы всем пропасть».

Начало войны для русского флота было, как всегда, неожиданным. Не хватало морских служителей, артиллерии, боеприпасов, надо было срочно доукомплектовываться. Суворов передал триста канониров во флот, на шаткую палубу вступили в качестве моряков солдаты морских команд, что высаживались в качестве десантов с кораблей. Они-то хоть на море бывали, посчитал Мордвинов. И тут же разработал план внезапного нападения на турецкий флот у Варны. Ему хотелось давно утвердиться не только в качестве старшего члена Черноморского адмиралтейского правления флотом, но и фактическим его главнокомандующим, победоносным флотоводцем. Он предложил Потемкину на утверждение план нападения на турецкий флот, но не у Очакова, как можно было ожидать, а у Варны. В этом несколько авантюрном плане был задействован и элемент внезапности, возможность уничтожить флот на рейде, ибо спрятаться в Варненской гавани за огнем береговых батарей не было возможности. Потемкин и его окружение план поддержали. Приближенный к князю и знающий досконально его настроение начальник канцелярии полковник В. С. Попов отписал Мордвинову: «Вам представляется честь встревожить султана в его серале… Кажется, турецкие силы не страшны, когда фрегат и бот не потрусили целого флота». Не лучшую службу сыграло мужественное сражение «Скорого» и «Битюга» для реального представления о турецком флоте. Однако для того, чтобы быть справедливым, следует сказать, что поражение русскому флоту нанес не флот турецкий. Поражение пришло от недоброкачественного строительства, неумелости в действиях команд и командиров, от жесточайшей бури, разметавшей и разломавшей корабли. Севастопольская эскадра в составе трех 66-пушечных кораблей («Слава Екатерины», «Святой Павел», «Мария Магдалина»), а также семи других военных судов 31 августа взяла курс на юго-запад. Контр-адмирал Войнович, который возглавлял эскадру, тоже был настроен оптимистически и, естественно, хотел победоносно завершить этот поход, чтобы беспрекословно утвердиться в звании командующего Севастопольской эскадрой. В ответ на робкие пожелания переждать ветры и волнения он высокомерно сказал: «Слова ваши — бабьи сказки, я надеюсь на моих капитанов». У знаменитого и трагического для русского флота мыса Калиакрия эскадра встала в дрейф. А дальше случилось непоправимое.

«Шторм с дождем и превеликой мрачностью обрушился на эскадру. Ломались, как соломинки, мачты, разлетались в клочки паруса, разрывались ванты. Корабли разметало по морю, кое-кто отдался воле волн, кое-кто пытался развернуться по ветру и двигался в юго-восточном направлении, то ли к Тамани, то ли к Синопу. „Мария Магдалина“ уже в первый день осталась без мачт. „Св. Андрей“ лишился их на второй день.»

Пушки, бочки с солониной, переплетенные канатами куски мачт, щиты и переборки — все это носилось по палубам, налетало друг на друга, создавало смертельную круговерть, сбивая и калеча людей. Флагманский корабль «Слава Екатерины» стал тонуть, вода поднялась в нем на три метра. Помпы, ведра, ушаты не помогали. Поломался даже румпель. За борт летело все, что облегчало корабль. Море поглотило мебель, бочки, доски, ядра. В дар Посейдону были выброшены штабные бумаги, карты с диспозицией несостоявшегося сражения и даже разукрашенная бриллиантами табакерка Екатерины, подаренная Войновичу за расторопность при управлении императорской шлюпкой. В тот же час Войнович расторопности не проявил и, казалось, уже готовился к последнему часу. Спасла расторопность и храбрость офицера Дмитрия Сенявина, освободившего судно от сломанной мачты.

Последствия бури были катастрофическими. Полуразрушенную «Марию Магдалину» отнесло к Босфору с 400 членами экипажа в качестве первого боевого трофея турок, англичанин — наемный капитан Тиздель сдался туркам. Исчез в пучине фрегат «Крым», жалкое зрелище представляла собой эскадра, собравшаяся к 22 сентября на севастопольском рейде. С одной мачтой, с переломанными перегородками, с наполненными водой трюмами стояли «Св. Павел», «Св. Андрей», «Перун», «Св. Георгий» и «Стрела». Неведомой силой дотянул в гавань корабль «Слава Екатерины», лишившийся всех мачт и двигавшийся под рангоутом, изготовленным из остатков запасных стеньг и реев, лишь фрегат «Легкий» сохранил все три мачты.

«Корабли и 50-пушечные фрегаты, о которых никогда не сумлевался, каковы они теперь, страшно на них смотреть», — жалостливо докладывал Мордвинову невезучий контр-адмирал Войнович.

Крым, все побережье было открыто для противника, а неначавшаяся военная морская кампания была проиграна.

Потемкин растерялся, впал в панику, написал Екатерине: «Я стал несчастлив. Флот Севастопольский разбит… корабли и фрегаты пропали. Бог бьет, а не турки». Посчитав Крым беззащитным, он решил сдать его. Окружению Потемкина, Попову, Суворову, пришлось приводить его в себя, строго одернула светлейшего и Екатерина. Крым не сдавать, ибо… «куда же тогда девать флот Севастопольский? Я надеюсь, что сие от тебя писано в нервом нервном движении, когда ты мыслил, что весь флот пропал». С мистическим фатализмом она подбадривала князя: «то ли еще мы брали, то ли еще теряли». Через некоторое время Потемкин снова был хладнокровен, энергичен, полон планов и надежд, как раньше. Стал приглядываться к морским командирам, явственнее увидел заносчивость, отсутствие должной практики в отечественном флоте у Мордвинова, разглядел за внешней решительностью страх дальних походов, робость в командовании у Войновича. И все внимательнее приглядывался Потемкин к командиру «Св. Павла» Федору Ушакову. «Есть же моряки храбрые», — уверял он всех. Да, таковые были.

В баталиях, развернувшихся вокруг Очакова, флот активно не участвовал. Да и корабли, присланные из Херсона, предписания атаковать турецкий флот не имели. Вот тут-то и отличился мальтиец офицер русской службы Джулио Ломбарди. Он, не ожидая приказаний, на галере «Десна» атаковал вражескую эскадру. Турки от такой предерзостной выходки опешили, снялись с якорей, подошли под стены крепости. Неустрашимый ход бесстрашного судна вызвал у них в памяти чесменские видения. «Десна», проведя успешную стрельбу по кораблям и крепости, невредимая возвратилась к Кинбурну. Мордвинов, любивший во всем однолинейный порядок, хотел отдать Ломбарда под суд. Суворов выразил восхищение и послал рапорт Потемкину, тот наградил храброго капитана «Георгием» 4-й степени и произвел его в лейтенанты. Но, пожалуй, эти вылазки, которые «Десна» производила и позднее, были самым большим успехом русского Лиманского флота. По требованию Потемкина Мордвинов разработал тщательный и подробный план атаки на турецкие корабли. Турки, однако, упредили действия флота и атаковали Кинбурн. План не осуществился. Не осуществился и второй замысел контр-адмирала. Попытка с плавучей батареи зажечь брандскугелями турецкие корабли и повторить Чесму сорвалась, плавучая батарея капитана 2-го ранга А. Веревкина была поражена турецкими ядрами и оказалась отнесенной течением к Гаджибею, где и была захвачена противником. Русские корабли уныло постреляли в течение двух дней в сторону турецких, а затем флотилия противника, увидев слабость, нерешительность и вялость русской эскадры, ушла на зимние квартиры и удобные гавани на безопасные стоянки.

Морская победа у Мордвинова не состоялась, «верный успех», который он обещал Потемкину, не получился. По-видимому, это в немалой степени повлияло на решение князя возвратить Мордвинова от действующего флота в Херсонское адмиралтейство, на лиман же был командирован Ф. Ф. Ушаков, который прибыл в Херсон в конце октября 1787 года. Однако Мордвинов постарался его быстро отправить обратно в Севастополь, командовать же лиманскими эскадрами стали довольно авантюрные и беспардонные храбрецы принц Нассау-Зиген и французско-американский корсар Поль Джонс.

Севастопольская эскадра зализывала свои раны. Особенно энергично действовал корабельный мастер Катасонов, проводя ремонт и усовершенствование кораблей. К лету армия Потемкина двинулась к Очакову, светлейший князь понимал его ключевое значение для всей системы обороны турок на юге. Туда же подошел и турецкий флот. После Чесменского поражения он отстроился, обновился и в начале 1788 года состоял из 20 линейных кораблей, более чем 20 фрегатов. Командующий капитан-паша Гассан был человеком хладнокровным, настойчивым и решительным.

В это время развернулась новая волна южного отечественного кораблестроения.

В Херсоне в 1788 году строились пять катеров и дубель-шлюпки. В имении Потемкина Мошны в Смелянском графстве также приступали к постройке плавбатарей и дубель-шлюпок. Вспомнился опыт азовских новоизобретенных кораблей, и Потемкин потребовал создать и для лимана легкие суда, «которые бы могли ходить отчасти в море, неся большие пушки и мортиры».

В это время разворачивал строительство запорожских лодок в Кременчуге будущий строитель Николаева промышленник и полковник Михаил Фалеев.