Ушаков получил в награду за сражение орден Александра Невского. Более победоносного адмирала в русском флоте в то время не было. Однако слава по лестнице власти его высоко не вознесла. 5 октября 1791 года скончался начальник Черноморского флота князь Потемкин-Таврический, а 29 декабря в Яссах был заключен мир с Турцией. Нет сомнения, что деятельность Потемкина по отношению к Черноморскому флоту была во многом плодотворной и полезной. Населяя Новороссийский край, продвигая дело построения городов, создавая южный рынок, Потемкин укреплял флот, заботился о строительстве верфей, занимался постановкой всего южного флота в независимое положение от его отдаленной центральной администрации, сношения с которой чудовищно замедляли ход дела, нарушали потребности военного времени. Отдаление и определенная независимость от Адмиралтейств-коллегии дали свои положительные плоды. Многое, начиная от организации флотской администрации, создания кораблей, кончая наименованием судов имело свою особенность по сравнению с Балтикой. Балтийский флот со времен Петра был сориентирован на оборону и борьбу со шведами и отчасти с англичанами, поэтому корабли там были крупных линейных рангов и гребная флотилия подготавливалась для маневренной борьбы в шхерах. Черноморский же флот соперничал с турецким, и поэтому его линейные суда были среднего ранга, а речная флотилия не столько перевозила пехоту, сколько была озабочена повышением боевой мощи поставленной на нее артиллерии, ибо действовала она против таких крепостей, как Очаков, Измаил, и приданного им флота противника. Казалось странным решение Потемкина вдруг переименовать все корабли, дать им названия святых. За этим просматривалось его желание идеологически обосновать движение России к югу, в старорусские земли, в земли, где утверждалось отечественное христианство. Потемкин не нуждался здесь, на юге, в громоздком аппарате Адмиралтейств-коллегии, он сам направлял деятельность флота, но ему нужны были блестящие вершители. Поэтому, выбирая их, столь часто менял он командующих, руководителей. Войнович, Мордвинов, Нассау ушли, во главе флота стоял гениальный Ушаков.

Образовалась система — суда строили и создавали в местных южных портах (Таганрог, Херсон, Николаев) под руководством замечательных мастеров, знающих местные условия, повадки Черного моря (Катасонов, Афанасьев), организацией снабжения, возведением зданий, заготовлением леса занимались предприимчивые люди, имевшие личные полномочия Потемкина (среди них выделялся известный строитель, статский советник бригадир Фалеев). Система эта была гибкой, подвижной, приспособленной к местным условиям.

Флот к его кончине состоял из более чем 90 линейных кораблей, фрегатов, бомбардирских, крейсерских, брандерных, транспортных судов. Вместе со 70 речными судами гребной флотилии это уже была серьезная сила.

Последние предложения Потемкина, которые он, конечно, вырабатывал при участии Ушакова, безусловно, способствовали бы его дальнейшему расцвету. Вот они:

1) Флот содержать всегда в комплекте и всякий год практиковать его на море; учить команды лазить и управлять парусами и артиллерией.

2) Артиллерию иметь преимущественно медную, отливать ее на литейном заводе, устроенном в Херсоне, а до времени употреблять частью английскую.

3) Леса для кораблестроения доставлять из австрийских земель, Молдавии и других мест или же приобретать в России от владельцев.

4) Так как доставка лесов в Севастополь сопряжена с большими неудобствами и дороговизною, то все суда для тимберовки приводить в Николаев, и близ его в Спасском устроить док, другой же док иметь в Севастополе для осмотра подводной части судов и небольших исправлений.

5) По удобству Николаевского порта и его здоровому местоположению перевести туда все кораблестроение из Херсона, оставя в последнем одни только магазины и постройки малых судов, могущих проходить без камелей. Мелководные места по фарватеру, в Ингул и против Очакова значительно углубить сильными землечерпальными машинами.

6) На Днепре, ниже порогов, завести строение судов для гребного флота и канатный завод. На бугских порогах устроить водяные машины для кузнечных адмиралтейских работ, починки якорей, приготовления рулей и проч.; на Ингульце иметь лесопильную мельницу. В слободе Балацкой и Христофоровке, в 35 верстах от Николаева, построить пороховой завод для потребностей Черноморского флота.

7) Для приготовления офицеров в Черноморском флоте в Николаеве учредить на счет казны Кадетский корпус на 360 благородных воспитанников и на такое же число разночинцев, поступающих в штурмана, шкипера и другие звания. Кроме этого, иметь особое училище на 50 человек для преподавания корабельной архитектуры, снабдив его новейшими английскими и французскими сочинениями о кораблестроении и планом разного рода судов и доставив сведущих преподавателей. Лучших воспитанников, по изучению курса теории, посылать в чужие края для усовершенствования практических понятий.

8) Чтобы навсегда устранить затруднения, встретившиеся в получении мастеровых из отдельных губерний, поселить близ Николаева не менее 2000 человек, обязанных поочередно заниматься работой в адмиралтействах и содержать себя хлебопашеством.

9) В селе Богоявленском, близ Николаева, построить инвалидный дом, лучший госпиталь, развести аптекарский сад и основать земледельческую ферму по образу английской, из которой можно было бы снабжать флот горохом, фасолью, салом и проч., и производить в ней соление мяса, потому что заготовленное с подряда оказывалось всегда негодным. При всех адмиралтейских слободах садить и сеять леса, особенно дуб.

Ушакову предстояло многое выполнить из того, что обозначено было в этих планах. Однако смерть выдающегося политика и государственного деятеля, преобразователя и строителя южных краев России многое изменила в судьбах Черноморского флота и самого Федора Федоровича. Заслуги перед флотом и Отечеством отодвигались на второй план. Вперед стали выдвигаться соперники и даже враги сиятельного фаворита. 28 февраля 1792 года Черноморскому адмиралтейскому управлению был дан высочайший указ: «С умножением сил наших на Черном море, за благо признали мы оставить на прежнем основании Черноморское адмиралтейское правление, определяя на оное председательствующим нашего вице-адмирала Мордвинова…» Указ был пространный, об Ушакове там ни слова, но смысл его для него был обидным и уязвляющим. Не без сожаления пишется об этом в «Истории Севастополя»: «Таким образом действительный начальник и глава Черноморского нашего флота, гроза турецких сил на Черном море при Потемкине, Федор Федорович Ушаков — состоя в звании только старшего члена Черноморского адмиралтейского правления — поступил к Мордвинову под команду, и, оставаясь, как бы случайно только, старшим начальником севастопольского наличного флота, он по строгому смыслу указа 28-го февраля — где Мордвинову предоставлялось даже производство в чины флотских офицеров — должен был находиться в его безапелляционном повиновении».

Оставалось только стиснуть зубы и неустанно заниматься флотом, боевой выучкой служителей, снабжением экипажей продовольствием, строительством и украшением Севастополя. Именно в этот межвоенный период развернулся Ушаков как замечательный администратор, хозяйственник, строитель. Севастополь при нем становился подлинным городом. Это было удивительно, ибо казна денег не выделяла, все приходилось строить «содействием» флотских экипажей. «Последние в свободное время, за очень скромную добавочную плату, строили то казенные здания, то офицерские дома, то даже свои мазанки — если который-нибудь из матросов имел редкий случай завестись собственным своим семейством, и скоро не только гора, лежавшая на западной стороне южной бухты или гавани, но и другие ближайшие местности и хуторские участки, розданные флотским офицерам… довольно порядочно обстроились: хорошие садики и огороды точно так же появлялись в его окрестностях. Все портовые постройки и самое Адмиралтейство по-прежнему были расположены по берегам Южной и Корабельной бухт. Городские частные здания занимали уже всю севастопольскую гору и сверху того существовали: артиллерийская и корабельная слободки на местностях, ближайших к бухтам того же названия, а в закрытой лощине, находящейся верстах в двух от города и получившей название Ушаковой балки, устроен был сад для общественного гулянья».

Каждое утро раздавал наряды Ушаков командирам строителей на построение домов, посадку садов, возведение складов, где аккуратно выкладывали канаты, парусину, обшивочные доски, припасая, что можно быстро было погрузить на корабли. Тут же наготове была артиллерия. Ушаков продумал план построения казарм на высоких берегах в гаванях так, чтобы моряки могли мгновенно спуститься по объявлению тревоги к своим кораблям, которые ставились напротив. Адмирал Карцов, что инспектировал Черноморский флот в 1797 году, отметил, что казармы «каменные, покрыты черепицею, а иные землею, некоторые достраиваются и все вообще весьма сухи и чисты… Пороховых погребов не имеется, но порох удобно хранится в прибрежных пещерах, нарочно вырытых большею частью в Инкермане».

Ушаков держал порох сухим, он следил за состоянием дел в Оттоманской Порте, вел постоянную разведку, подготовку и обучение экипажей. Мордвинов в силу своего положения отдавал приказы, среди них были толковые и бестолковые. У Ушакова же они все вызывали неприязненную реакцию. Мордвинов язвил, требовал с Ушакова — у Ушакова создавалось впечатление, что тот придирался, мелочил. Ушаков сердился, недоумевал, почему его, победителя турецкого флота, отодвинули и предпочли кабинетному адмиралу. Таковым он считал Мордвинова. Отдушиной была встреча с Суворовым, что тоже волею судьбы, после смерти непрощавшего строптивости Потемкина, получил назначение сюда для укрепления южных границ России.

Да и Екатерина, судя по всему, понимала двусмысленность положения Ушакова и, предполагая, что он еще понадобится русскому флоту, произвела его 2 сентября 1793 года в вице-адмиралы.