С освобождением Ионического архипелага перед Ф. Ф. Ушаковым встала новая, необычная и потому особенно сложная задача. Ему, флотоводцу, по воле сложившихся обстоятельств пришлось заняться и организацией самоуправления островов, помочь населению в создании местных и центральных органов власти. Речь шла о рождении нового государства на древней земле, где много веков господствовала иноземная власть, подавлявшая всякую попытку национального возрождения. Примечательно, что и в этом трудном деле, как и во взаимоотношениях с турками и англичанами, адмирал проявил незаурядные политические и дипломатические способности, государственную мудрость и мышление. При этом он руководствовался прежде всего военными и политическими интересами России в Восточном Средиземноморье. Вместе с тем из дошедших до нас материалов и документов видно, как близко к сердцу воспринял он судьбу ионических греков. Позднее Ушаков не без гордости писал, что «имел щастие освобождать… острова от неприятелей, установлять правительство и содержать в них мир, согласие, тишину и спокойствие…».

Внутренняя обстановка на архипелаге складывалась сложной, и действовать Ушакову приходилось в условиях острых разногласий различных групп и сословий местного населения. Наследственное дворянство, составлявшее первый класс, стремилось восстановить свое былое неограниченное политическое господство, каким оно обладало прежде, до военных событий 1797–1799 годов. Дворяне (нобили) добивались возмещения убытков, которые нанесли им крестьяне в этот период, и рассчитывали в борьбе с «бунтующей чернью» на помощь монархической России. Но и противоборствующая сторона — крестьянство, выступавшее против феодальных порядков, была настроена решительно.

Активизировался также второй класс — набиравшая силу буржуазная прослойка, к которой относились купцы, судо- и домовладельцы, лекари, различные служащие. Пользуясь поддержкой простого люда, они все настойчивее требовали права участия в политической жизни.

Ушаков понимал, что борьба между крестьянами и дворянами может привести к общественному взрыву, гражданской войне на островах. Это создало бы неблагоприятные условия для использования российским флотом ионических портов в продолжавшейся войне с Францией и вообще осложнило бы осуществление балканской политики России. И адмирал всячески старался предотвратить такое развитие событий. Уже на следующий день после овладения крепостью Корфу он и Кадыр-бей выпустили прокламацию, в которой сообщалось, что жители всех сословий получают полную и общую амнистию и гарантию уважения религии, собственности и прав личности. В ней содержался призыв к прекращению внутренней борьбы и восстановлению спокойствия.

При непосредственном участии Ушакова депутатами Сената, избранного в мае 1799 года, был разработан Проект организации управления Республики Ионических островов. По существу, это был первоначальный проект конституции Республики Семи Соединенных Островов. В этом документе определялись политические права населения, местные и центральные органы управления, их компетенции и другие основополагающие положения.

Право избирать и быть избранными в органы власти получали не только дворяне, но и наиболее состоятельные представители второго класса, что раньше не имело здесь прецедента.

На каждом острове создавался Генеральный (Главный) совет, выбиравший депутатов Сената (Большого совета) Республики.

Население островов выбирало также малые советы, которым поручалась организация администрации и суда. Они тоже состояли из представителей первого и второго классов. Лишь на Корфу ассамблея глав дворянских фамилий избрала в такой совет одних нобилей. Любопытно, что в их числе был А. Каподистрия — отец будущего президента Греции И. Каподистрии, которого избрали на этот пост в ходе греческой национально-освободительной революции 1821–1829 годов.

Учреждавшийся в качестве верховного органа Республики, Сенат семи островов, или Большой совет, был призван рассматривать и решать вопросы, затрагивающие общие интересы населения всего архипелага, осуществлять надзор за деятельностью судов и органов самоуправления на местах. Устанавливавшиеся нормы представительства в основном соответствовали количеству населения островов. Сенат состоял из 15 человек (14 сенаторов и президента). Первым президентом Республики по рекомендации адмирала Ушакова был избран А. Орио, который сыграл заметную роль в освобождении острова Св. Мавры и пользовался большой популярностью среди населения.

Большинство в Сенате принадлежало сословному дворянству, представители второго класса имели всего четыре-пять мест. И все же такой его состав для того времени был необычным: Ушаков практически предпринял попытку привлечь к управлению Республикой делегатов и от торгово-ремесленного сословия, расширить тем самым социальную базу рождавшегося государства в Восточном Средиземноморье. Понятно, ему приходилось учитывать обстоятельства, сложившиеся на островах, социальный состав населения и то, что за время правления Франции определенные изменения произошли как в общественных отношениях людей, так и в их сознании. Но не последнюю роль сыграли и личные качества Федора Федоровича. Будучи человеком слова, чести и справедливости, он твердо выполнял данное ионическим грекам обещание предоставить населению самоуправление.

Конечно, Проект, утвержденный Ушаковым, не до конца был демократичен: он не предоставлял политических прав тем, кто не отвечал условиям о цензах, — крестьянам и бедной части ремесленников, составлявшим большую часть населения островов. В целом же он носил прогрессивный характер, утверждал республиканскую форму правления на островах, обеспечивал их государственную независимость. Однако не все его положения, разработанные при непосредственном участии русского флотоводца, нашли отражение в окончательном тексте документа, известного как Венецианская конституция, которая была одобрена Константинопольской конвенцией России и Турции в марте 1800 года. Ушаков, возвратившись перед тем из длительного боевого плавания у берегов Италии, в течение нескольких месяцев вел упорную борьбу за спасение Проекта, отстаивал свои положения, но многого добиться не смог.

Ионические острова получили статус полунезависимого государства. Формально оно находилось под верховной властью султана, под протекторатом России и Турции, но было автономно во внутренних делах, имело собственную конституцию. Все это позволяло оградить архипелаг от посягательств Англии, Австрии и Турции, каждая из которых стремилась прибрать его к своим рукам.

Республика Семи Соединенных Островов являлась оплотом русской политики и русской торговли в Восточном Средиземноморье и на Западных Балканах вплоть до 1807 года, когда по Тильзитскому договору острова Ионии опять оказались под пятой Франции. После подписания этого мирного договора конституция практически была упразднена, и управление архипелагом снова перешло к французским военным властям.