8 января 1800 года основные силы эскадры Ушакова прибыли в порт Корфу, который служил опорной базой российского флота в Средиземном море, и снова население Ионических островов радушно встречало русских моряков — своих освободителей и защитников.

Полгода ушло на ремонт кораблей и сбор отрядов, действовавших в разных районах Средиземноморья. В июле жители архипелага с почестями провожали российскую эскадру, которая под предводительством выдающегося флотоводца завершила свою миссию. Сенат Республики Семи Соединенных Островов, провозгласивший Ф. Ф. Ушакова «освободителем и отцом своим», наградил адмирала богатой, украшенной алмазами шпагой. На острове Кефаллония в честь Ушакова выбили золотую медаль. На лицевой стороне ее был изображен адмирал с надписью: «Знаменитый почитаемый Федор Ушаков, главный русский флотоводец. 1800 г.», а на оборотной — его эскадра. Жители острова Итака, который, по преданию, является родиной легендарного Одиссея, тоже изготовили медаль, на которой флотоводец был изображен в образе Одиссея, а зантийцы вручили ему серебряный с позолотой щит. И все эти знаки глубокой благодарности сопровождались теплыми надписями. Спасителями и освободителями остались в памяти признательных жителей Ионического архипелага выдающийся русский адмирал и его славные моряки.

6 июля 1800 года эскадра покинула Корфу и взяла курс к Дарданеллам.

В кильватере флагманского «Св. Павла» шел линейный корабль «Св. Петр». Командовал им капитан 1 ранга Дмитрий Николаевич Сенявин, которого Ушаков считал наиболее талантливым из своих учеников. Покидая Средиземное море, этот боевой офицер вряд ли мог предположить, что через несколько лет, в январе 1806 года, он снова придет к Корфу. Придет уже в чине вице-адмирала, как главнокомандующий русскими морскими и сухопутными силами на Средиземноморье, возглавляющий третью экспедицию российского флота в этот район. И прибудет уже не из Севастополя, а из Кронштадта.

Первое время его мощная эскадра, насчитывавшая около 40 вымпелов и почти 13 тысяч сухопутных войск, будет прикрывать Ионические острова и берега Адриатического моря от французского флота. Позже, с декабря 1806 года, когда Турция объявит войну России, главные свои усилия она сосредоточит в районе Эгейского моря. Овладев островом и крепостью Тенедос у входа в Дарданеллы, Сенявин блокирует пролив и дважды в морских сражениях одержит победу над превосходящими силами турецкого флота…

31 августа эскадру Ф. Ф. Ушакова торжественно встречал Константинополь. Султан отметил боевые заслуги русского адмирала вторым челенгом — высшей наградой Порты и пятью медными полевыми пушками, которые были вручены еще два года назад и не раз находились с десантами в деле.

Вечером 26 октября 1800 года ушаковская эскадра, салютуя, вошла в Севастопольскую бухту. Победоносная Средиземноморская кампания Черноморского флота, длившаяся два с лишним года, завершилась. Ушаков привел к родным берегам эскадру, овеянную славой, не потеряв ни одного корабля. Урон среди личного состава составил 400 человек, в то время как французы потеряли убитыми, ранеными и пленными более 10 тысяч.

Средиземноморской поход черноморцев под командованием адмирала Ф. Ф. Ушакова — одна из самых замечательных страниц истории отечественного флота.

В этой выдающейся экспедиции с блеском проявился яркий флотоводческий талант Федора Федоровича Ушакова. Находясь далеко за пределами своей страны, почти в полном отрыве от нее, он уверенно, с удивительным блеском управлял силами объединенной эскадры, действовавшими в различных районах обширного морского театра. Его замыслы и их осуществление явились значительным вкладом в дальнейшее развитие военно-морского искусства, обогатившегося опытом автономной деятельности эскадры, штурма крепостей с моря, взаимодействия кораблей и десантных войск, армии и флота. Адмирал, как и фельдмаршал Суворов, умел побеждать врага меньшими силами и с малыми потерями. Он явился основоположником блистательной школы русских флотоводцев, которую прошли затем Д. Н. Сенявин, М. П. Лазарев, В. А. Корнилов, П. С. Нахимов.

Военный талант Ушакова удачно дополнялся незаурядными административными и дипломатическими способностями, позволявшими ему самостоятельно и со знанием дела решать нелегкие задачи и проблемы в сложной обстановке происков и скрытного противодействия союзников — англичан, австрийцев, турок.

Дальнейшая судьба выдающегося флотоводца сложилась не столь удачно. Его замечательные боевые победы и огромные заслуги перед Россией и ее флотом не получили должного признания у царствующего двора. Более того, при новом императоре Александре I и его окружении Федор Федорович, как и другие передовые военные деятели, оказался в опале. Он был отозван в Петербург и назначен главным командиром уже отжившего Балтийского гребного флота и начальником флотских команд в столице.

Глубоко обиженный, тяжело переживавший запустение и разложение флота, Ушаков в конце 1806 года подает прошение об увольнении со службы. 17 января 1807 года он получает отставку.

Во время Отечественной войны 1812 года отставного адмирала избирают начальником тамбовского народного ополчения, но в ту пору он уже был тяжело болен. Оставаясь верным заботе о простых людях, Федор Федорович жертвует в фонд лечения раненых и больных воинов и в помощь пострадавшим в войне свои сбережения. Передал он также для нужд борьбы с врагом бриллиантовый челенг и пушки, подаренные турецким султаном.

Умер Федор Федорович Ушаков в конце сентября 1817 года, похоронили его 2 октября в Санаксарском монастыре, неподалеку от его деревеньки Алексеевки Темниковского уезда. На могиле адмирала установлен памятник — мраморная колонна. На ней выбиты слова: «Здесь покоится прах его высокопревосходительства и высокопочтенного болярина флота адмирала и разных российских и загранных орденов кавалера Федора Федоровича Ушакова, скончавшегося 1817 года сентября на 74 году от рождения».

Имя выдающегося русского флотоводца глубоко чтимо в нашей стране. В 1944 году Президиумом Верховного Совета СССР были учреждены военный орден Ушакова I и II степени и медаль Ушакова, которыми награждаются военные моряки за боевые заслуги. Его имя носит один из крупных кораблей Военно-Морского Флота.

Боевая слава Черноморского флота, родившаяся в победоносных сражениях, проведенных Ф. Ф. Ушаковым, приумножалась новыми поколениями русских и советских военных моряков. А в водах Средиземного моря, где двести лет назад плавала ушаковская эскадра, ныне советские корабли несут боевую вахту мира и безопасности социалистической Родины.