Меноккио оставался в тюрьме в Конкордии в течение почти двух лет. 18 января 1586 года его сын Заннуто подал от своего имени, от имени братьев и матери челобитную епископу Маттео Санудо и инквизитору Аквилеи и Конкордии, которым в то время был брат Эванджелиста Пелео. Челобитная была написана самим Меноккио.

«Я, Доменего Сканделла, несчастный узник, уже не раз обращался в святую инквизицию, умоляя ее о милосердии и выражая готовность предаться еще более суровому покаянию. Ныне я вновь, принуждаемый жестокой необходимостью, смиренно указываю, что в течение трех лет я не переступал порог своего дома, заключенный в столь суровом узилище, что и не знаю, как до сих пор жив из-за гнилого воздуха, не видел по отдаленности места дорогой моей жены и не жду ничего, кроме смерти от крайней нужды, ибо дети мои по бедности своей принуждены будут меня оставить. И я, скорбя о своих грехах и раскаиваясь, прошу милости, во-первых, у Господа Бога и, во-вторых, у этого святого суда и умоляю даровать мне свободу, обязуясь великим ручательством жить по заповедям святой римской церкви и исполнять то покаяние, которое мне святой инквизицией будет назначено, и да ниспошлет вам Господь Бог всякое благо».

За стандартизованной смиренностью этих формулировок, очищенных от обычных для Меноккио диалектизмов («церковь», например, называется «chiesa», а не «gesia»), чувствуется перо какого-нибудь стряпчего. Двумя годами раньше в своем оправдательном письме Меноккио выражался иначе. На этот раз епископ и инквизитор решили проявить то милосердие, в котором они отказывали прежде. Первым делом они опросили тюремщика, Джован Баттиста дей Парви. Тот сообщил, что тюрьма, в которой заключен Меноккио, «надежная и крепкая», запоры в ней числом три тоже «надежные и крепкие», так что «другой тюрьмы крепче и грознее, чем эта, в Конкордии нет». Меноккио из нее выходил всего несколько раз: чтобы на соборной паперти зачитать, держа в руке свечу, свое отречение — это было в день вынесения приговора и в день ярмарки св. Стефана, — и чтобы присутствовать на мессе и причаститься (но, как правило, он причащался в тюрьме). По пятницам он обычно постился, «кроме как в то время, когда занедужил так тяжело, что чуть было не помер». После болезни он отказался от постов, «но он мне говорил много раз накануне праздников: «Завтра не приносите мне ничего, кроме хлеба, я хочу поститься, не приносите мне ничего мясного и жирного». «Много раз, — продолжал рассказывать тюремщик, — я тихонько подходил к дверям его камеры, чтобы послушать, что он делает, и слышал, как он читает молитвы». Еще Меноккио был замечен за чтением книги, принесенной ему священником, а также «Службы Богоматери, в которой семь псалмов и другие молитвы»; наконец, он попросил дать ему «образ, перед которым он мог бы молиться, и его сын таковой ему купил». На днях он говорил, что «во всем полагается на Бога и признает, что страдает по заслугам, и видит, что Бог его спас, ибо он не думал протянуть и двух недель в таких муках, какие выпали на его долю в тюрьме, а жив до сих пор». Он часто говорил с тюремщиком «о прошлой своей дури, утверждая, что всегда признавал ее именно за дурь и никогда твердо во все это не верил, но просто ему по искушению диавола западали в голову такие чудные мысли», В общем, казалось, что он искренне раскаялся, хотя (как благоразумно заметил тюремщик), «что там у человека на душе, одному Богу известно». Затем епископ и инквизитор велели привести Меноккио. Простершись ниц и проливая слезы, он униженно молил о прощении: «Я каюсь от всего сердца, что оскорбил Господа Бога моего, я хотел бы, чтобы мои безумные слова никогда не были бы сказаны, я предался этому безумию в ослеплении от диавола и не разумея сам, что говорю... Покаяние и тюрьма были мне не в скорбь, а в великую радость; Бог давал мне такое утешение, когда я обращался к нему с молитвой, что мне казалось, будто я в раю». Если бы не жена и дети, воскликнул он, сложив молитвенно руки и устремив глаза к небу, я бы предпочел остаться в тюрьме всю мою жизнь, только бы искупить мои грехи перед Богом. Но «я — последний из бедняков»: арендую две мельницы и два поля, и на это должен содержать жену, семерых детей и еще внуков. Заключение, «жестокое, под землей, без света, в сырости», подорвало ему здоровье: «Я четыре месяца не вставал с постели, в этом году у меня опухали ноги, а лицо до сих пор раздуто, как вы можете видеть, я почти ничего не слышу, я отупел и сам не знаю уже, на каком я свете». «Et vere, — комментирует судебный нотарий, — cum haec dicebat, aspectu et re ipsa videbatur insipiens, et corpore invalidus, et male affectus».

Епископ Конкордии и фриульский инквизитор посчитали это за признаки истинного раскаяния. Посовещавшись с подеста Портогруаро и некоторыми местными нобилями (среди которых был и будущий историк Фриули, Джован Франческо Палладио дельи Оливи), они решили изменить приговор. Местом постоянного пребывания Меноккио была определена деревня Монтереале, с запретом покидать ее пределы. Ему категорически воспрещалось распространять или каким-либо образом объявлять свои еретические мысли. Он должен был регулярно ходить к исповеди и постоянно носить поверх одежды накидку со знаком креста, в ознаменование своего позора. Его друг, Даниэле Биазио, поручился за него, обязуясь уплатить двести дукатов в случае каких-либо нарушений. Измученный телесно и духовно, Меноккио вернулся в Монтереале.