После второго допроса (19 июля) Меноккио спросили, нужен ли ему адвокат. Он ответил: «Мне нет надобности в другой защите, кроме как умолять о милосердии, но если можно мне иметь адвоката, я бы его взял; но я бедняк». Во время первого процесса был жив Заннуто, готовый все сделать для отца, это он нашел тогда адвоката, но Заннуто умер, а другие дети не хотели пошевелить и пальцем. Меноккио дали адвоката, им стал Агостино Пизенси, и он 22 июля представил суду развернутое слово в защиту «pauperculi Dominici Scandella», В нем он доказывал, что свидетельства против Меноккио были взяты из вторых рук, расходились между собой, были очевидным образом пристрастны, и из них явствовала лишь «mera simplicitas et ignorantia» обвиняемого: адвокат требовал оправдания.

2 августа суд инквизиции собрался для вынесения приговора: Меноккио был единодушно объявлен «relapso», то есть повторно впавшим в ересь. Суд завершился, но Меноккио тем не менее решили подвергнуть пытке, чтобы узнать имена сообщников. Его пытали 5 августа; накануне состоялся обыск в доме Меноккио: в присутствии понятых были открыты все сундуки и изъяты «все книги и писания». К сожалению, что это за «писания», мы не знаем.