5.1. Наследственные изменения как процесс. Вехи познания
Ю. А. Филипченко предложил рассматривать изменчивость с двух точек зрения: как состояние (индивидуальная и групповая изменчивость) и как процесс. В последнем случае предлагалось выделять три вида изменений: ненаследственные, или модификации, и два вида наследственных — мутации, возникающие без скрещиваний, и комбинации, возникающие с участием скрещиванием. Вслед за Э. Бауром Ю. А. Филипченко предлагал вкладывать в термин вариация более широкий смысл и "понимать под вариациями все три вида возможных изменений организмов: модификации, мутации и комбинации" (Филипченко, 1929, с. 13).
Заметим, что в настоящей работе предложено термин "вариация" использовать во вполне определенном ограниченном смысле, для обозначения наследственных изменений, непосредственно связанных с самыми разными факультативными элементами генома, от повторов ДНК до дополнительных хромосом и цитобионтов (Голубовский, 1985). Это разграничение вариаций и мутаций дает возможность сохранить под понятием мутация моргановский смысл, как локализованное изменение генетического материала (генное, хромосомное, геномное).
Интересную периодизацию истории изучения мутационного процесса сделала Шарлотта Ауэрбах (1978), которой принадлежит честь быть среди первооткрывателей химического мутагенеза. В этой периодизации основу составляют концептуальные открытия и новые методические подходы:
Первый период: с 1900 по 1927 г. Были развиты представления о мутациях и о частоте их возникновения, разработаны методы их количественной оценки. Основной концептуальный вклад в эту область принадлежит Томасу Моргану и его школе. Морган, как уже отмечалось, "материализовал" понятие мутаций, связав их с изменениями генетических локусов хромосом. Ученик и последователь Моргана Меллер в 1921 году высказал идею о сохранении способности гена к самовоспроизведению при изменении его свойств. "Когда изменяется структура гена… каталитические свойства гена могут соответственно измениться так, чтобы сохранить его способность к автокатализу" (цит. по Ш. Ауэрбах, 1978, с. 15). Это свойство генов получило впоследствии название конвариантной редупликации.
Г. Меллеру же принадлежит концепция "скорости генетического процесса". В 1927 году он ввел в практику применяемый до сих пор на дрозофиле метод измерения этой скорости, за что получил Нобелевскую премию в 1946 г. О том, какой эффект произвела работа Г. Меллера на научное сообщество, говорит хотя бы такой факт. Открытию Г. Меллера уже 11 сентября 1927 в "Правде" была посвящена статья А. С. Серебровского под названием "Четыре страницы, которые взволновали ученый мир" (цит. по Хесин, 1972).
Период: 1927–1941 г. Исследование радиационного мутагенеза и формулировка теории мишени (Н. В. Тимофеев-Ресовский и Циммер). Открытие мутагенного действия УФ-лучей. Дискуссия о природе генных мутаций, представляют ли они собой истинные точковые мутации или внутригенные перестройки (делеции и дупликации).
Третий период: 1941–1953 г. Открытие химического мутагенеза. Концепция предмутационных или потенциальных повреждений, что привело затем к открытию репарации ДНК. В эти же годы М. Е. Лобашов формулирует концепцию о возникновении мутаций в процессе нетождественной репарации клеточных повреждений.
Четвертый период: с 1953 г. до начала 1965 г. Открытие принципа устройства и репликации ДНК как носителя наследственной информации. ("Двойная спираль" Уотсона и Крика). Идея Г. Меллера об автокаталитической способности генов воплотилась в открытие авторепликации комплементарных цепей ДНК. Исследование химии нуклеиновых кислот и построение биохимической и молекулярной концепции мутагенеза. Открытие фоторепарации, мутагенной специфичности и индуцированной нестабильности. Однако несмотря на эти успехи, отмечает Ш. Ауэрбах (1978), нестабильность гена оставалась "интригующей проблемой".
Пятый период с 1965 г. до середины 70-х годов. Внимание с ДНК переключилось на клетку в целом, в центр интересов перемещается проблема потенциальных повреждений и репараций и ее связь с другими клеточными процессами. Загадки генной и хромосомной нестабильности, парамутаций остаются нерешенными.
Если продолжить линию Ш. Ауэрбах, то с конца 70-х годов и до настоящего времени можно выделить шестой период, связанный с открытием мобильных элементов, установлением ведущей роли разных форм рекомбинации как основного источника наследственных изменений. Возникновение комплекса проблем, обозначенных как "непостоянство генома".
Итак, к середине 70-х годов стало очевидно, что возникновение мутаций — это многоступенчатый клеточный процесс. В таком случае, следуя традиции Филипченко, можно рассматривать уже сами мутации с двух позиций: и как процесс, и как состояние. Сразу же выясняется амбивалентность, несовершенство традиционных определений мутаций. Вот одно из них: "Мутации — это внезапно возникающие изменения генетического аппарата организма, приводящие к тем или иным изменениям его морфологических или физиологических признаков (в совокупности называемых фенотипом организма)" (Гершензон, 1991). Здесь можно видеть попытку совместить подход де Фриза, не связывающий наследственные изменения с конкретным материальным носителем, с моргановской традицией материализации мутации (генетический аппарат, гены).
Определение С. М. Гершензона фиксирует наследственные изменения как состояние, как некий фенотипический итог. Если же задаться вопросом о мутациях как о процессе, то резонно возникают естественные вопросы: что понимать под "генетическими изменениями", что значит "внезапно" и какие изменения фенотипа относить к мутациям. Например, сам наследственный аппарат с информационной точки зрения следует относить к генотипу и в то же время его можно рассматривать как признак фенотипа (Кордюм, 1993). Проблема определения мутаций с одной стороны стала ясней, а с другой — чрезвычайно усложнилась при переходе исследований на молекулярный уровень. "Большинство генетиков сходятся во мнении, что удовлетворительного определения понятия мутации не существует, как с точки зрения причины наследственного изменения, так и с точки зрения его проявления" (Инге-Вечтомов, 1983, с. 140). Ситуация знакомая, еще раз напоминающая о важности размытых понятий в биологии и о дилемме точность — правильность (см. гл. 1).
В контексте эволюционной генетики важно подчеркнуть следующие аспекты феномена мутаций как события, происходящего во времени:
1) мутация — это итог многоступенчатых клеточных событий, среди которых главную роль играют матричные и генетические процессы;
2) процессы мутаций и рекомбинаций на молекулярном и цитологическом уровне тесно связаны, и многие изменения по существу являются мутационно-рекомбинационными;
3) наследственные и ненаследственные изменения могут иметь в основе общие механизмы и нередко четкое разграничение между ними затруднительно;
4) существование в линейной структуре большинства генетических локусов повторенных последовательностей, либо повторенности самих генов или их частей создает предпосылки для автогенетических векторных изменений;
5) наследственные изменения могут быть адаптивными, упорядоченными и их характер не случаен, но они могут зависеть от характера и направления отбора.
5.1.1. Наследственные изменения как ошибки матричных и генетических процессов
Возникновение наследственных изменений следует рассматривать как закономерный итог ошибок или нарушений двух процессов: матричных и генетических. Предложение выделять особо матричные процессы — РЕПЛИКАЦИЮ, ТРАНСКРИПЦИЮ и ТРАНСЛЯЦИЮ — от остальных метаболических процессов в клетке было сделано в 1966 году английским генетиком G. Pontecorvo (цит. по Инге-Вечтомову, 1976, с. 58). Матричные процессы связаны с перекодированием генетической информации на новые матрицы ДНК — ДНК, ДНК — РНК и РНК — белок.
Под понятием "генетические процессы" в узком смысле слова можно понимать процессы, которые определяют относительную устойчивость, структурную и функциональную стабильность носителей генетической информации и закономерный характер их распределения между дочерними клетками. К генетическим процессам относятся РЕПАРАЦИЯ, РЕКОМБИНАЦИЯ и СЕГРЕГАЦИЯ.
На рис. 4 схематически представлены две группы процессов и взаимосвязи между ними, которые определяют появление наследственных изменений. Детали процессов описаны в соответствующих сводках (Стент, Кэлинджер, 1981; Инге-Вечтомов, 1983; Льюин, 1987). Мы остановимся лишь на некоторых моментах.
Необходимо особо подчеркнуть аспект факультативности в осуществлении всех трех видов матричных процессов у эукариот (рис. 4).
Рис. 4. Наследуемые изменения как процесс, результат ошибок в матричных и генетических процессах. Метаболические связи между процессами указаны стрелками
Системы ДНК-репарации определяют стабильность и степень ошибок в ходе матричных и генетических процессов и связаны с физиологией клетки.
Факультативность матричных и генетических процессов служит важным доводом в пользу сформулированного нами ранее принципа облигатности — факультативности в структуре и функции генома (глава 4). Факультативность репликации означает возможность относительно автономной гипер- или гипорепликации отдельных сегментов ДНК, независимо от плановой закономерной репликации всей молекулы ДНК или хромосомы на определенной стадии клеточного цикла. Такими свойствами обладают участки гетерохроматина. Факультативная репликация приводит к амплификации отдельных участков в пределах хромосом, либо к их автономному существованию в цитоплазме в виде линейных или кольцевых плазмид. Регулярность спонтанной факультативной амплификации доказана прямыми опытами (Johnston, et. al, 1983).
Факультативность транскрипции состоит в возможности появления разных мРНК с одной и той же матрицы за счет существования альтернативных промоторов и альтернативного сплайсинга. Наконец, факультативность трансляции проявляется в разных вариантах опознания одного и того же кодона, например опознания его как стоп — кодона, или как значащего кодона для включения определенной аминокислоты в белке. Эта факультативность, или, как ее иногда называют, неоднозначность трансляции зависит от физиологических условий клетки и ее генотипа (Инге-Вечтомов, 1983).
В физиологической теории мутационного процесса М. Е. Лобашева появление мутации впервые связывалось со способностью клетки к репарации повреждений. Отсюда следовал вывод о том, что появлению мутации предшествует предмутационое состояние, когда потенциальное повреждение либо полностью обратимо, либо может реализоваться в виде мутации, понимаемой как "нетождественная репарация" (Лобашев, 1976). В своей гипотезе М. Е. Лобашев следовал концепции паранекроза, разработанной Д. Н. Насоновым и В. Я. Александровым и установившими закономерности ответа клетки на повреждения (Александров, 1985).
Действительно, определяющим звеном в возникновении генетических изменений и в триаде матричных, и в триаде генетических процессов является феномен репарации. Уже к началу 70-х годов стало ясно, что "высокая стабильность ДНК в клетке не является имманентным свойством самих молекул ДНК, а поддерживается особой ферментативной системой, находящейся, в свою очередь, под генетическим контролем" (Захаров, 1976).
Представим на миг, что репарации нет. В. А. Кордюм (1993) суммировал оценки потенциального давления мутаций и эффективности репараций для генома человека. В клетках млекопитающих каждый час происходит не менее 5000 спонтанных повреждений ДНК или 120 000 повреждений генома в сутки. Из расчета на один ген и одно клеточное деление, из 252 потенциальных повреждений ДНК лишь одно реализуется в виде изменения. Это дает эффективность репарации 0,996!
Процессы репарации разнообразны, они сочетают специфичные и неспецифичные ответы (Корогодин, 1985). Особенно удивительна система быстрого реагирования, так называемый SOS-ответ, когда после самых разных повреждений клетки, вызывающих появление однонитевых разрывов ДНК, происходит одновременная дерепрессия около 15 белков, участвующих в процессах репарации. Об этом упоминалось ранее, но отметим основные звенья удивительной системы. Ключевыми являются два гена recА и lexA, которые эпигенетически негативно регулируют друг друга на уровне взаимодействий ДНК — белок и белок — белок. RecA, будучи активирован в ответ на повреждения, расщепляет белок LexA, который в остальное время (когда повреждений нет) подавляет транскрипцию гена recА.
Продукт структурного гена lexA, белок-димер, тормозит уровень собственной транскрипции. В терминах динамической наследственности lexA представляет собой однокомпонентный эпиген с отрицательной обратной связью. LexA белок является негативным транскрипционным регулятором для примерно 15 генов, участвующих в разных формах репарации ДНК, и в их числе ген recА — ведущий в SOS-ответе.
Белок RecA многофункционален: в норме он вовлечен в рекомбинацию молекул ДНК и в то же время является сигнальным геном для запуска SOS-систем. При появлении повреждений в ДНК (однонитевые разрывы) ген recА меняет свою конформацию, приобретая свойства фермента-протеазы. Он расщепляет димеры белка LexA, в результате чего этот белок утрачивает свои репрессорные функции. Таким образом, меняя свою конформацию при повреждениии и превращаясь в протеазу, RecA — белок снимает тормоз, налагаемый LexA белком, со считывания своей мРНК. Интенсивность синтеза RecA при стрессовом воздействии возрастает в среднем в 50 раз. При устранении повреждения SOS-ответ останавливается.
Когда знакомишься с системой SOS-ответа бактериальной клетки на вызов среды, то становится очевидной правота одного из основных тезисов современного французского эволюциониста П. Грасси (Р. Grasse), что "жить — значит реагировать, а отнюдь не быть жертвой" (цит. по Чайковский, 1991, с. 163). Клетка обладает не только запрограммированными в ее геноме ответами на стресс, вроде SOS-реакций или генов теплового шока, но способна к генетическому поиску путем активации ранее молчащих мобильных генетических элементов, понижения информационных барьеров для проникновения в клетку и рекомбинационной интеграции чужеродной ДНК, а также запуска других систем непредсказуемой реорганизации генома в поисках ответа на стрессовый вызов среды (Корогодин, 1986). Поисковые функции генетической системы в условиях геномного стресса — важная тема в Нобелевской лекции Б. МакКлинток (McClintock, 1984).
Рассмотрим теперь вкратце связь мутаций и рекомбинацией. С середины 70-х годов стала выявляться существенная эволюционная роль "ошибок рекомбинации" как поставщика наследственных изменений, гораздо более мощного, чем ошибки редупликации. Теперь очевидно, что генетическая рекомбинация "во всем многообразии ее форм и механизмов является главным фактором непостоянства генома, основой большинства его изменений, которые служат материалом для отбора, для микро- и макроэволюции. Именно рекомбинационные события приводят к возникновению или получению извне качественно новых генов, о которых до этого вид не мог даже мечтать" (Хесин, 1984, с. 294).
На молекулярном уровне различают три вида рекомбинации: общую, сайт-специфичную и репликативную. Для первой или "законной", регулярной рекомбинации (кроссинговер) необходимы длинные районы гомологии ДНК. Она осуществляется "врожденными" клеточными системами при конъюгации у бактерий и при мейозе у эукариот. И рекомбинационный акт, и репарация включают разрывы в цепи ДНК, их сшивку и восстановление. Сайт-специфичная рекомбинация довольствуется короткими, в несколько оснований, участками гомологии, какие, к примеру, имеют ДНК фага лямбда и хромосомы бактерии. По сходному сценарию происходят включение в геном мобильных генетических элементов и регулярно происходящая в течение онтогенеза соматическая локальная рекомбинация между иммуноглобулиновыми генами, создающая их поразительное разнообразие.
Ошибки гомологичной рекомбинации можно рассматривать как закономерные последствия не точковой, а линейно протяженной структуры генов. Возникает своеобразная дилемма: "Вообще можно говорить, что митотические рекомбинации являются своеобразным типом мутагенеза или, наоборот, что некоторые виды мутагенеза (хромосомные аберрации) являются результатом "ошибок" митотических рекомбинаций" (Хесин, 1984, с. 310).
Расширились и рамки понятия "соматические мутации", под которыми теперь подразумеваются "любые наследуемые в клеточных поколениях изменения нуклеотидной последовательности, числа или топографии генов и регуляторных участков ДНК: точковые и другие микроизменения, мультипликация генов, разные хромосомные аберрации, включая нехватки, транслокации генов, перемещения к ним подвижных элементов, изменения числа хромосом и т. д." (Хесин., 1984, с. 279).
Если перемещения мобильных элементов или рекомбинация участков запрограммированы в онтогенезе, опять возникает трудность классификации таких наследственных изменений. Трансформацию пола у дрожжей долго считали мутационным событием, но оказалось, что на определенной стадии развития аскоспор она происходит с вероятностью, близкой к 1, в результате сайт-специфичной рекомбинации (Инге-Вечтомов С. Г, 1982).
Ошибки гомологичной рекомбинации приводят к дупликации сегментов ДНК. А. С. Серебровский в 1938 г. впервые выдвинул идею, что возникновение новых генов может быть основано на их дупликации и последующей дивергенции с утратой "дуплетных" (общих с гомологом) функций. Теперь очевидно, что дупликация генов, их организация в мультигенные семейства разной структуры — одна из характерных черт организации генома эукариот.
В мультигенные семейства организованы основные жизненно важные гены или "гены домашнего хозяйства" — локусы, контролирующие белки рибосом — клеточных органелл, где происходит синтез белка, локусы, кодирующие гистоновые гены, транспортные РНК. При этом блоки могут быть организованы из тандемно повторенных генных копий, скоплений копий, разделенных промежуточной ДНК (спейсерами) и из разбросанных по геному копий (как в случае транспортной РНК).
Стоит только образоваться тандемной копии гена, как этот тандем, словно участок кристаллизации, закономерно ведет к процессу дальнейшего умножения копий. Число копий в тандеме или семействе — видовой признак. Видовые ограничители числа копий еще предстоит познать.
Существует механизм закономерного образования копий за счет действия ревертазы, когда с мРНК гена образуется его ДНК — копия, которая рекомбинационно интегрируется в разные места генома, образуя "псевдоген", неспособный к транскрипции. Около 10 % генов Генома имеют варианты псевдогенов, создавая своеобразный эволюционный потенциал.
Транспозоны и вирусы, способные интегрироваться в геном эукариот, создают множество гомологичных участков в удаленных по разным хромосомам точках. По ним происходят рекомбинационные события. Закономерные рекомбинационные перемещения участков ДНК лежат в основе колоссального разнообразия клеточных клонов В-лимфоцитов — продуцентов специфических антител. После того, как такое разнообразие создано, включается селективный механизм размножения определенного клона, обеспечивающего защитную реакцию по отношению к данному антигену (Хесин, 1984).
Эти несколько примеров показывают, что рекомбинацию ни в коем случае нельзя сводить к перетасовке уже существующих генов, как в колоде карт. Рекомбинация — мощный источник новообразований внутри имеющихся генов, источник создания новых генных конструктов, способ репарации и механизм включения новых генетических элементов и обеспечения потока генов между клетками одного вида и генными системами разных видов. Если продолжить аналогию с колодой карт, то в результате рекомбинации происходит не только перетасовка, но изменяется их число, появляются "дамо — валеты" или "дамо — короли", "двойные тузы" или "тройка — семерка — туз" в одной карте, причем разных мастей, и прочие трудновообразимые новации. По такому сценарию, полагают, возникли белки с множественными функциональными сайтами, новые системы генного регулирования.
Впервые пример образования новых необычных генных конструкций в природе с участием мобильных элементов был обнаружен нами при исследовании вспышек мутаций в естественных популяциях дрозофил D. melanogaster. Два соседних вполне независимых друг от друга гена singed "вильчатые щетинки" и "зачаточные крылья" оказались "сшитыми" друг с другом и попали под контроль мобильного элемента. В результате эти гены стали совместно проявляться и совместно мутировать, так что от двойного нестабильного мутанта при разных перемещениях транспозона возникали нормальные особи и от них вновь двойные мутанты.
В 1978 году инсерционный механизм появления этого двойного "крылощетинкового" мутанта (модель перспективного монстра по Гольдшмидту) был предсказан на основании генетического анализа (Голубовский, Захаров, 1979; Golubovsky, 1980). 20 лет спустя гипотеза нашло полное молекулярное подтверждение. Обнаружена инсерция транспозона hobo в первый интрон гена singed и вызванные этим транспозоном внутрилокусные перестройки при переходах норма — двойной мутант — норма и т, д. (О'Hare, et al., 1998).
Все белки ферменты, с которыми работают генные инженеры — рестриктазы, лигазы, полимеразы, эндо- и экзонулеазы и прочие — все до одного выделены из живых организмов. Все это созданные самой природой инструменты для перестроек генома, перетосовок генов, собирания модулей и создания новых генных конструкций. Полностью оправдалось предвидение. МакКлинток, что клетки имеют системы для реорганизации своего генома в ответ на стрессовые условия, вызов среды (McClintock, 1978, 1984). В продолжение этой идеи, совокупность клеточных механизмов структурно — функциональной реорганизации генома было предложено удачно именовать как "natural genetic engineering" — или природная генетическая инженерия (Shapiro J., 1992, 1995). Возможно, отдельные звенья этих запрограммированных геномных ответов на стресс перекрываются с теми, которые активируются при SOS-ответе или тепловом шоке. Конкретные примеры действия таких механизмов у прокариот и эукариот собраны в специальном томе статей, написанных крупными современными генетиками к 90-летию Б. МакКлинток (The Dynamic genome…, 1991).
5.1.2. Адаптивные преобразования генома в ответ на вызов среды
В теории эволюции и в генетике всегда была дискуссионной проблема, связан ли тип возникающих наследственных изменений с направлением отбора. Согласно традиционным представлениям СТЭ, наследственные изменения происходят в разных направлениях, и лишь затем подхватываются отбором порознь или в комбинациях. К этим вопросам примыкает и старая проблема о наследовании приобретенных признаков.
До конца 80-х годов считалось, что генетики Лурия и Дельбрюк, ставшие впоследствии нобелевскими лауреатами, на основе так называемого флюктуационного теста, сделали решающий или круциальный эксперимент, experimentum crucis, в этой области. Они изучали мутации устойчивости бактерий к фагу лямбда и показали, что мутации устойчивости к смертельному фагу-пожирателю бактерий возникают спонтанно и с определенной частотой, независимо от контакта с фагом, и лишь затем селектируются. Особенно наглядным и убедительным оказался метод реплик, изобретенный супругами Ледерберг, когда с помощью бархатной материи получали точные копии — отпечатки опытного посева бактерий на чашке Петри. Оказалось, что, расположение устойчивых к фагу колоний было одинаковым как на чашках, где высевался фаг, так и на свободных от него чашках-копиях. Такой же результат был получен при поиске ауксотрофных (дефектных по какому-либо метаболиту) мутантов.
Эти эксперименты дали повод полагать, что бактериология перестала быть "последним оплотом ламаркизма" и что во всех остальных случаях у других организмов отбор также не приводит к появлению адаптивных наследственных изменений, а лишь селектирует их. Опыты казались необычайно убедительными и наглядными. Говоря юридически, это была правда, но не полная. Ирония судьбы состояла в том, что авторам повезло. Они работали с фагом Т1, который является вирулентным и не обладает способностью к лизогении, т. е. способностью внедряться в хромосому бактерии-хозяина и делать эту бактерию и всю дочернюю колонию устойчивой к заражению. Если бы С. Лурия и М. Дельбрюк работали с умеренным фагом лямбда, то они вынуждены были бы сделать вывод, что бактерии приобретают устойчивость к фагу именно после контакта с ним. Отчасти по этой причине авторы американской школы генетиков скептически встретили теорию лизогении, сформулированную Андрэ Львовым в 1953 году (Стент, Кэлинджер, 1981, с. 143).
Открытия в области подвижной генетики показали, что клетка как целостная система способна адаптивно перестраивать свой геном в процессе отбора. Она способна ответить на вызов среды активным генетическим поиском, а не пассивно ждать случайного возникновения мутации, которая будет угодна отбирающей среде. Понятием генетический поиск было предложено "называть те чрезвычайные режимы работы генетической системы, когда в ней изготавливаются новые тексты ДНК" (Чайковский, 1991, с. 96). Это понятие исходят из целостных свойств клетки, ее реакцией на стресс. Поиск может включать не только создание новых текстов, но 1) изменение в количественном составе и топографии элементов ОК и ФК и 2) создание новых наследуемых эпигенных систем регуляции. Именно так можно, к примеру, трактовать данные по возникновению устойчивости клеток и организмов к ядам и агентам-цитостатикам, блокирующим клеточное деление, за счет умножения или амплификации соответствующих генов устойчивости.
Некоторые общие принципы амплификационной перестройки генома при селекции на устойчивость таковы (Восток, Тайлер-Смит, 1986; Хесин, 1984):
а) возникновение устойчивости связано с умножением числа копий или амплификацией специфического гена — устойчивости;
б) ген устойчивости амплифицируется не один, а в составе прилегающих сегментов хромосомы разного размера, до нескольких миллионов оснований ДНК; такого рода сегмент называют ампликон (King, Stansfield, 1997).
в) амплифицированные сегменты (ампликоны) принимают разные структурные воплощения, когда в исходной хромосоме возникают гомогенно-окрашенные добавочные участки, до мини-хромосом и внеядерных цитоплазматических плазмид;
г) внеядерные амплифицированные фрагменты способны вторично встраиваться в исходную или другие хромосомы.
Принципиальная схема событий, происходящих при этом в случае амплификации, показана на рис. 5, где в обобщенной форме показаны результаты отбора у одноклеточного паразитического жгутиконосца Leichmama tropica на устойчивость к метатрексату, препарату-цитостатику (Coderre, et al., 1983). Этот ингибитор клеточного деления широко применяется в медицине для остановки роста злокачественных клеток. Ген дигидрофолатредуктазы (ДГФР) инактивирует метатрексат. В случае амплификации гена ДГФР повышение устойчивости происходит за счет адаптивного преобразования генома и непосредственно связано с селективным агентом.
Отметим ряд принципиальных моментов феномена амплификации, установленных в опытах с одноклеточным жгутиконосцем лейшманией (работа проводилась в Стэнфордском университете в США, в лаборатории R. Т. Schimke, открывшем адаптивную селективную амплификацию). Итоги опытов схематически показаны на рис. 5:
Рис. 5. Неканонические наследственные изменения, связанные с амплификацией генов под действием отбора к цитостатикам.
1). Устойчивость клеток к яду или цитостатику возрастает ступенчато и при этом пропорционально увеличивается доля клеток, имеющих ампликоны с геном устойчивости. Когда устойчивость к метатрексату у лейшмании повысилась в 1000 раз, амшшфицированные внехромосомные сегменты составили до 10 % ДНК в клетке. Этот феномен можно трактовать как образование пула факультативных элементов из начального облигатного или переход ОК — ФК. Произошла адаптивная перестройка генома в ходе отбора.
2). Если отбор продолжается достаточно долго, то часть амплифицированных в цитоплазме копий встраивается в исходную хромосому и после прекращения отбора достигается стабильный повышенный уровень устойчивости.
3). После удаления из среды ингибитора деления клеток число умноженных копий экстрахромосомных сегментов в ряду поколений постепенно снижается и одновременно падает устойчивость. Такое постепенное изменение выражения признаков в ряду поколений в сторону нормы по существу есть феномен длительной модификации.
4). При повторном отборе часть сохранившихся экстрахромосомных копий обеспечивает быструю автономную репликацию, и устойчивость достигается гораздо быстрее, чем в начале опыта. Возникает своеобразная ампликонная клеточная память о прошедшем отборе.
Таким образом, в этом случае адаптация основана на реорганизации генома в ходе отбора. Ситуация и вывод принципиально иные, чем в случае классических опытов С. Лурия и М. Дельбрюка, где геном клеток до отбора к летальному фагу и после отбора не отличался. В данном случае происходит совсем иное. Сначала за счет факультативной репликации появляется множество линейных и кольцевых дополнительных эстрахромосомных ампликонов, включающих ген устойчивости. Затем с помощью "незаконной" рекомбинации происходит умножение копий данного гена в хромосоме.
Если мысленно применить к процедуре метод реплик, то оказывается, во-первых, что именно контакт с селективным фактором привел к преобразованию генома и характер этого преобразования коррелирован с интенсивностью и направлением отбора. Во-вторых, дочерние клетки устойчивых клонов отличаются от исходных и друг друга в разных поколениях отбора по соотношению облигатных и факультативных элементов генома (Corderre, et al, 1983). С точки зрения эволюции генома, важно, что дуплицированные гены устойчивости "расселяются" по геному, оказываясь при этом в соседстве с другими генами и подпадая под разные системы регуляции (Босток, Тайлер-Смит К., 1986).
5.1.3. Дискуссия об адаптивных или отбор-зависимых мутациях
Уже упоминалось, что С. Лурия и М. Дельбрюку "повезло", что они работали с нелизогенным фагом Т1, который во всех случаях не оставляет бактерии выбора: либо выжить, либо умереть. Все или ничего. Но это счастливое везение оказалось и слабостью. Ибо в условиях, близких к паранекротическим, например, при метаболическом голоде, когда есть возможность выживания, характер возникновения мутаций оказался иной.
В 1988 г. в журнале "Nature" была опубликована статья Дж. Кэйрнса с соавт. о возникновении отбор-зависимых "направленных мутаций" у бактерии Е. coli (Cairns, Overbaugh, Miller, 1988; Cairns, 1988). Брали бактерии, несущие мутации в гене lacZ лактозного оперона, неспособные расщеплять дисахарид лактозу. Но эти мутанты могли делиться на среде с глюкозой, откуда их через 1–2 дня роста переносили на селективную среду, где был только один источник углеводов — лактоза. Отобрав сперва lac-плюс реверсов, которые, как и ожидалось, возникли еще в ходе "глюкозных" делений, нерастущие клетки оставляли в условиях углеводного голодания. Сначала мутанты отмирали. Но спустя неделю и более наблюдался новый рост за счет вспышки реверсий именно в гене lacZ. Как будто клетки в условиях жесткого стресса не делясь(!), вели генетический поиск и адаптивно меняли свой геном.
Вслед за тем появилась серия работ Барри Холла (Hall, 1990, 1992) на другой генетической системе. Бактерии, мутантные по гену утилизации триптофана, помещались на среду, лишенную триптофана, и оценивалась частота реверсий к норме. Частота реверсий повышалась именно в условиях триптофанового голодания, т. е. когда реверсии были адаптивными, нежели при выращивании бактерий на полной среде, когда реверсии были нейтральны. Не сами условия голодания были причиной этого феномена, ибо на среде с голоданием по цистеину частота реверсий к trp+ не отличалась от нормы.
В следующей серии опытов Б. Холл взял уже двойных ауксотрофных по триптофану мутантов, несущих одновременно мутации в генах trpA и trpB, и вновь поместил бактерии на среду, лишенную триптофана. Выжить могли только особи, у которых одновременно возникли реверсии в двух триптофановых генах. И такие особи возникали с частотой в 100 миллионов раз выше, чем ожидалось при простом вероятностном совпадении мутаций в двух генах. Б. Холл предпочел называть этот феномен не "направленные", но "адаптивные мутации". Затем он показал, что адаптивные мутации возникают и у дрожжей, т. е. у эукариот (Hall, 1990; 1991; 1992).
Появились и другие подобные публикации, проанализированные в обзорных статьях (Foster, 1993; Lenski, Mittler, 1993). В случае гистидинового голодания возникновение мутации к his+ оценивалось четырьмя разными методами и было показано, что именно фактор гистидинового голодания вызывает адаптивные мутации. Причем, такие же реверсии у гистидинового локуса, расположенного на плазмиде, происходили гораздо чаще (Гизатулин, Лезин, Бабынин, 1995). Другой важный факт состоит в том, что в случае дефекта в генах, контролирующих гомологичную рекомбинацию (recА, recВ), или контролирующих перенос плазмид при конъюгации бактерий, феномен адаптивных мутаций не наблюдался.
Появление статей Дж. Кэйрнса и Б. Холла немедленно вызвало бурную дискуссию. И первый резко критический отклик был от молекулярного генетика Ф. Шталя с характерным названием "Единорог в саду" (Stahl, 1988). Метафорический намек на воскрешение старых мифов об адаптивности наследственных изменений. Другие мнения участников дискуссии в следующих номерах "Nature" не были столь категоричными. После публикаций Б. Холла, подтвердивших данные Дж. Кэйрнса, Ф. Шталь вскоре значительно смягчил свою позицию, опубликовав вторую заметку "Ревизия единорога" (Stahl, 1992), где, признавал достоверность фактов, но предложил свою гипотезу, не выходящую за привычные рамки.
Определенным итогом первого раунда дискуссии можно считать появление на авансцене дебатов одного из ведущих исследователей в области подвижной генетики Джеймса Шапиро с продолжением метафоры о единороге: "Адаптивные мутации: кто же действительно находится в саду" (Shapiro J., 1995). Дж. Шапиро кратко обсудил две основных идеи. Во-первых, клетка содержит биохимические комплексы или системы "естественной генетической инженерии", которые способны реконструировать геном. Активность этих комплексов, как и любая клеточная функция, может резко меняться в зависимости от физиологии клетки.
Примером зависимости работы генетических систем от цитофизиологии может служить не только система SOS-репарации, но и ответ клеток на тепловой шок. В последнем случае цитофизиологи установили многоступенчатую систему адаптивного ответа, которая включает 1) прямое увеличение клеточной термостабильности (приобретенная толерантность) и 2) изменение белкового синтеза за счет включения белков теплового шока, или стрессовых белков (Александров, 1985; Alexandrov, 1994).
Далее, замечает Дж. Шапиро, мутабильность, или оценка частоты возникновения наследственных изменений всегда оценивается не для одной клетки, а для клеточной популяции. А в клеточной популяции клетки могут обмениваться между собой наследственной информацией. Возможен межклеточный горизонтальный перенос с помощью вирусов или передачи сегментов ДНК, и этот перенос усиливается в стрессовых условиях. Подобная идея уже высказывалась в книге В. А. Кордюма (1982).
Эти два механизма Дж. Шапиро считает достаточными для объяснения феномена адаптивных мутаций и возвращения его в русло обычной молекулярной генетики. Каковы же, на его взгляд, итоги дискуссии? Да, в саду не оказалось мифического единорога с хвостом льва. Однако вместо "слепого часовщика" (метафора Доукинса о механизме эволюции путем слепого естественного отбора) "мы нашли там генетического инженера с впечатляющим набором замысловатых молекулярных инструментов для реорганизации ДНК-молекулы" (Shapiro, 1995). Познание работы этих инструментов — дело будущего.
В заметке "Третий путь" Дж. Шапиро (Shapiro, 1997) выступает в роли арбитра в споре последовательных неодарвинистов со сторонниками креационизма. Со стороны первых выступает зоолог и этолог Ричард Доукинз (или Докинз, R. Dawkins), автор известной талантливой книги "Эгоистичный ген", где он называет себя "страстным дарвинистом". Некоторые его подходы и терминология о том, что нетранслируемая ДНК может рассматриваться как своекорыстный паразит, были подхвачены и развиты молекулярными биологами Ф. Криком и Оргелом в гипотезе эгоистичной ДНК (Докинз, 1993, с. 248). Докинз проводит интересные параллели между биологической и культурной эволюцией и вводит, по аналогии с геном удобный эвристичный термин "мим" для обозначения наследуемых единиц культурных стереотипов, а также термин "мимофонд", по аналогии с термином А. С. Серебровского генофондом.
Сделаем отвлечение, чтобы на примере Доукинза еще раз критически проиллюстрировать методологию сторонников неодарвинизма или СТЭ, которая имплицитно (неявно) доминирует во многих генетико-эволюционных построениях (см. также гл. 2). Для Доукинза нет решительно никаких преград для объяснения любых особенностей морфологии и поведения организмов любого уровня путем селекционно-адаптивного дарвиновского толкования. Так, в главе о половом отборе он делает попытку ответить на вопрос, почему человек утратил приапову кость или бакулум, "ведь у многих млекопитающих в пенисе и в самом деле имеется бакулум — кость, придающая ему жесткость и помогающая поддерживать эрекцию…. она есть даже у ближайших родичей человека — шимпанзе, хотя она у них очень мала". Вот объяснительная гипотеза Доукинза: "Совершенствуя под действием естественного отбора свои диагностические способности, самки могут собирать по крупицам всевозможные данные о состоянии здоровья самца и судят о его способности справляться со стрессовыми ситуациями по напряженности и положению пениса. Однако, наличие кости помешало бы этому! Не нужно быть особенно сильным или выносливым, чтобы иметь кость в пенисе; это доступно всякому. Таким образом, селективное давление со стороны женщин привело к утрате мужчинами бакулума, потому что только по-настоящему здоровые мужчины способны на действительно стойкую эрекцию, позволяющую женщинам поставить без помех правильный диагноз".
Огрехи подобного рода чисто селекционистского толкования состоят в том, что гипотезы изобретаются "пост-фактум" и по всякому случаю новые, исходя из убежденной веры во всемогущество отбора и адаптивности любых различий между видами. Ведь если бы у мужчин сохранилась приапова кость, Доукинз столь же остроумно на основе селектогенеза истолковал нам, почему это так и есть.
Дж. Шапиро в своем комментарии замечает, что уже на уровне клетки за последние десятилетия была открыта такая "непредвиденная сфера сложности и координации, которая более совместима с компьютерной технологией, нежели с механизированным подходом, доминировавшим во время создания неодарвинистского современного синтеза. Можно назвать, по крайней мере, четыре группы открытий, изменивших понимание клеточных биологических процессов" (Shapiro, 1997). Они обсуждаются или упоминаются в разных главах этой книги, но имеет смысл суммировать их здесь.
1. Организация генома. Генетические локусы у эукариот устроены по модульному принципу, представляя собой конструкты из регуляторных и кодирующих модулей, общих для всего генома; это дает возможность быстрой сборки новых конструктов и создает мощные возможности регуляции генных ансамблей. Локусы организованы в иерархические сети, во главе с главным геном-переключателем (как в случае регуляции пола или развития глаза), причем многие из соподчиненных генов интегрированы в разные сети, они функционируют в разные периоды развития и влияют на множество признаков фенотипа. Селектогенные истолкования вплоть до 70-х годов в терминах случайных мутаций и "слепого естественного отбора" (терминология Доукинза), не приемлемы более, ибо молекулярные основы клеточной генетической изменчивости совсем иные.
2. Репаративные возможности клетки. В клетке есть эшелонированная система репараций на уровне репликации, транскрипции и трансляции (разделы 4.3 и 5.1). Клетки вовсе не пассивные жертвы случайных физико-химических воздействий.
3. Мобильные генетические элементы и природная генетическая инженерия (см. разделы 4–5, 4.7). Работа иммунной системы построена на непрерывном конструировании новых вариантов молекул иммуноглобулинов на основе действия природных биотехнологических систем (нуклеазы, лигазы, обратные транскриптазы, полимеразы и т. д). Эти же системы используют мобильные элементы для создания новых наследуемых конструктов. При этом генетические изменения могут быть массовыми и упорядоченными. Открытие того, что реорганизация генома есть один из основных биологических процессов уходит корнями в пионерские работы Барбары Маклинток, выполненные на кукурузе с конца 40-х до 60-х годов. Именно она, подчеркивает Дж. Шапиро, впервые связала эти генетические события с регуляцией экспрессии генов в разных онтогенетических программах у растений. Теперь мы можем оценить ее выдающуюся мудрость и предвидение, ибо подобно всем клеточным функциям, природные генно-инженерные системы регулируются системами с обратной связью, они до поры до времени пребывают в неактивном состоянии, но приводятся в действие в ключевые периоды или во время стресса.
4. Клеточный информационный процессинг. Возможно, одно из самых важных непредвиденных открытий в области биологии клетки состоит в том, что клетка непрерывно собирает и анализирует информацию о ее внутреннем состоянии и внешней среде, принимая решение о росте, движении и дифференциации. Особенно показательны механизмы контроля клеточного деления, что лежит в основе роста и развития. Процесс митоза универсален у высших организмов и включает три последовательных этапа: G1 (подготовка к делению), S-фаза, репликация хромосом и G2, завершение деления клетки. Анализ генного контроля этих фаз привел к открытию особых контрольных точек или check points, в которых клетка проверяет, произошла ли репарация нарушений в структуре ДНК на предыдущем этапе или нет. До тех пор, пока не будут исправлены все неточности или неисправности одного этапа, последующий этап не запускается. Если же ошибки не удалось исправить, то делается другой выбор: запускается генетически запрограммированная система клеточной смерти или апоптоза (Murray, Hunt 1993). Клетка действует целенаправленно, подобно компьютеру, когда при его запуске шаг за шагом проверяется нормальная работа основных программ, и в случае неисправности работа компьютера останавливается.
5.2. Ревизия проблемы наследования приобретенных признаков
"История биологии не знает более выразительного примера многовекового обсуждения проблемы, чем дискуссия о наследовании или о ненаследовании приобретенных признаков", — эти слова стоят в начале обстоятельной сводки Л. Я. Бляхера (1971), посвященной данной проблеме. В истории науки, пожалуй, можно вспомнить аналогичную ситуацию с попытками превращения химических элементов. Алхимики на протяжении нескольких веков верили в эту возможность, затем химия утвердилась в постулате неизменности химических элементов.
Во времена Линнея считали неизменными виды. В такой же степени Д. И. Менделеев отказывался верить в возможность превращения элементов, хотя в пользу этого появились первые факты. Ныне в атомной физике и химии исследования по превращения элементов и анализ их эволюции — классические проблемы. Кто же оказался прав в многовековом споре? Можно сказать, что на уровне химических взаимодействий действительно не происходит превращения элементов, а на атомном уровне — оно правило.
Напрашивается аналогия и с проблемой наследования приобретенных признаков. Если вновь возникающие наследственные изменения сводить только к мутациям, вызванным изменениями ДНК, тогда проблему можно считать "закрытой" (Берг Р. Л., 1993, с. 259).
И тем не менее, проблема должна быть пересмотрена, ибо генетическая информация, как было показано выше, записана не только в хромосомной ДНК. Существуют не связанные с текстом ДНК наднуклеиновые, динамические способы кодирования, хранения и передачи информации. Геном надо рассматривать как популяцию облигатных и факультативных ДНК и РНК-носителей. Помимо мутационной формы наследственных изменений есть вариационная, связанная с факультативными элементами, и эпигенетическая.
Поэтому следует считать вполне закономерным, что вышедший в конце 1991 г. международный ежегодник по генетике открывается статьей Отто Ландмана "Наследование приобретенных признаков" (Landman, 1991), посвященной памяти Трэси Соннеборна (Т. Sonneborn). Посвящение не случайно. С именем Т. Соннеборна связан расцвет генетики простейших и серия открытий, не укладывающихся в рамки хромосомной теории наследственности. Среди них открытие и изучение у парамеций цитоплазматических киллер-факторов, неменделевской генетики типов спаривания и поверхностных антигенов, кортикальной наследственности (Beale, 1982).
О. Е. Ландман проанализировал 30 самых распространенных учебников по генетике, опубликованных после 1962 г., т. е. за 30-летний период, и только в 9 из них нашел упоминание о наследовании приобретенных признаков (сокращенно НЛП). Как одно их типичных, О. Е. Ландман цитирует высказывание эволюциониста-ботаника Г. Л. Стеббинса из статьи 1982 г.: "Гипотеза Ламарка о наследовании приобретенных признаков была отвергнута, ибо не существует и нельзя вообразить никаких молекулярных механизмов, которые сделали бы такое наследование возможным". В спокойной манере Ландман суммирует уже давно полученные в генетике факты, показывая, что "наследование приобретенных признаков вполне совместимо с современной концепцией молекулярной генетики" (Landman, 1991).
Прежде всего каковы операциональные рамки явления, о каких признаках идет речь? Согласно Л. Бляхеру (1971) "приобретенными признаками следует назвать такие изменения организма, которые появились у него на каком-то этапе его индивидуального развития под влиянием измененных условий существования, действовавших непосредственно или посредством измененной функции".
Это определение следует дополнить указанием на то, что после применения воздействия и возврата в первоначальные условия среды, все или большая часть организмов (или культуры клеток) проявляют новые признаки и передают их следующему поколению. Это важное дополнение, имеющееся у О. Ландмана, позволяет не включать в рамки НПП феномен ферментной индукции у микроорганизмов, блестяще истолкованный Ф. Жакобом и Ж. Моно в рамках концепции оперона и генетической регуляции (Jacob, Monod, 1961).
В последнем случае ситуация такова. В ответ, например, на добавление лактозы индуцируется новый признак — появляется фермент галактозидаза, а когда лактозу убирают, новый признак — индуцированный фермент — исчезает. Этот адаптивный процесс следует отнести к рамкам онтогенетической регуляции генов. Ж. Моно назвал его ферментативной индукцией. О. Ландман детально рассматривает около 10 экспериментальных систем, где экспериментально установлен феномен наследования приобретенных признаков. Четыре разных механизма приводят к НПП:
1) кортикальная наследственность у инфузорий;
2) наследование альтернативных состояний гена без изменений ДНК, т. е. на эпигенетическом уровне;
3) наследование ДНК — модификаций, т. е. клонально передаваемых изменений в метилировании ДНК;
4) индуцированная утрата либо приобретение "несущественных" носителей нуклеиновых кислот, т. е. в рамках принятой здесь концептуальной схемы, изменений, связанных с факультативными элементами генотипа.
Статья О. Ландмана делает нас как бы свидетелями, соучастниками смены постулата в генетике, казавшегося неколебимым, как скала. Статья написана спокойно, без ажиотажа и новых сногсшибательных фактов. Просто факты и данные, полученные еще 40 лет назад, а также сравнительно недавно, сводятся в систему и им дается ясное толкование на основе определенных молекулярно-цитологических механизмов. Вспоминается высказывание У. Теккерея: "От писателя более всего требуется проявить двоякого рода способности: представить новые вещи как хорошо знакомые, а всем известное изобразить как нечто новое".
5.2.1. Факультативные элементы и наследование приобретенных признаков
Первый пример связан с поведением вируса "сигма", второй с мобильными элементами типа "I", ответственными за "I-R''-систему гибридного дисгенеза.
Исследования взаимодействия факультативного элемента — вируса "сигма" с геномом дрозофилы были начаты более 50 лет назад. Еще в 1937 г. французский генетик Ф. Леритье обнаружил мутацию мух, вызывающую их гибель в атмосфере СО2. Мутация наследовалась не по Менделю, а причудливым образом: через цитоплазму, но не только по материнской линии. В небольшом проценте наблюдалась регулярная передача чувствительности и через самцов. Чувствительность можно было передать и путем инъекции гемолимфы. В этих случаях признак наследовался не устойчиво, не стабильно. Во время второй мировой войны исследования прекратились и линия была утрачена. Эту утрату Ф. Леритье горько переживал, и сравнивал даже впоследствии с утратой счастья. Но затем нашли, что одна отводка была послана в США, и исследования были возобновлены. К большому удивлению вскоре выяснилось, что в природных популяциях частота встречаемости носителей этого признака составляет 20–50 %.
Чувствительность к углекислому газу оказалась связана с размножением в половых и соматических клетках РНК-содержащего пулевидного рабдовируса "сигма", сходного по фенотипу и ряду свойств с вирусом бешенства у млекопитающих. Оогонии у самок стабилизированной линии содержат 10–40 вирусных частиц, а зрелые ооциты до 1–10 млн. частиц (Bran, Plus, 1980).
Вирус "сигма" — типичный факультативный элемент. Мутации вирусного генома приводят к сложным формам поведения этой двухвидовой системы. Найдены случаи вирусоносительства, при которых дрозофилы остаются устойчивы к СО2, но вместе с тем иммунны к заражению другими штаммами вируса. Эта ситуация вполне сравнима с состоянием профага у бактерий. Локализованные в разных хромосомах дрозофил мутации типа ref резко ограничивают размножение вирусов и делают мух устойчивыми к заражению. Однако у вируса найдены варианты, которые размножаются независимо от действия ref-генов. При некоторых мутациях скорость репликации вируса возрастает, и вирус (и соответственно, признак чувствительности к СО2) начинает устойчиво передаваться не только по материнской линии, но и через самцов.
Взаимоотношения генома дрозофилы и размножающегося в его цитоплазме вируса подчиняются правилам внутриклеточной популяционной генетики (рис. 6). Воздействия в ходе онтогенеза способны произвести внутриклеточный отбор, вызвать сдвиг в соотношении ОК: ФК, а на уровне фенотипа — изменение наследственного признака.
Повышенная температура блокирует репликацию вирусных частиц. Если содержать самок и самцов в период гаметогенеза несколько дней при температуре 30 °C, то потомство от таких подвергшихся тепловой обработке мух будет свободно от вируса и устойчиво к СО2. Очевиден вывод: приобретенный в ходе индивидуального развития признак устойчивости наследуется в ряду поколений (Brun, Plus, 1980; Голубовский, 1985, с. 328; Landman, 1991). Многие аспекты поведения системы рабдовирус "сигма" — генотип дрозофилы еще мало исследованы. Например, найдено, что присутствие вируса влияет не только на чувствительность к СО2, но и на темп мутирования, скорость развития и т. д.
Данная ситуация — лишь один из ярких примеров того, какие сложные морфофизиологические изменения генотипа могут быть вызваны факультативными ДНК и реплицирующимися РНК-носителями. Р. Б. Хесин (1984, с. 224) считал возможным вернуться к высказанной в середине 40-х годов мысли К. Дарлингтона о том, что "строгое разграничение между плазмагеном и вирусом представляется несущественным. Высокая частота мутаций плазмагена и вируса, отягчающаяся быстротой их отбора, при ядерном контроле обоих дает почти ламаркистскую окраску их адаптации".
Можно сформулировать общий принцип: наследование приобретенных признаков наблюдается в тех случаях, когда некий фенотипический признак зависит от числа или топографии факультативных элементов.
Ситуация с вирусом "сигма" не единична. Французские генетики исследовали факторы стерильности самок, связанные с поведением мобильных элементов типа "I". Наследование этого признака определяется сложными ядерно-цитоплазматическими взаимодействиями. Если в отцовских хромосомах локализованы активные I-элементы, то на фоне R-цитоплазмы они начинают активироваться, претерпевают множественные транспозиции и в результате вызывают резкие нарушения онтогенеза в потомстве самок с чувствительной цитоплазмой. Такие самки откладывают яйца, но часть эмбрионов не развивается ввиду гибели на ранней стадии дробления еще до образования бластодермы. Линии, выделенные из природных популяций, отличаются по силе действия I-факторов и степени реактивности (или чувствительности) цитоплазмы.
Наследуемые свойства данной линии количественно характеризует процент погибающих эмбрионов и процент самок, проявляющих стерильность. Эти фенотипические показатели могут быть изменены внешним воздействием. Возраст исходных родительских самок, а также воздействие на них повышенной температуры отражается не только на их собственной плодовитости, но и на плодовитости потомства. Вызванные условиями среды изменения реактивности цитоплазмы поддерживаются длительное время на протяжении многих клеточных поколений. "Самое замечательное, что эти изменения реактивности цитоплазмы под влиянием негенетических факторов наследуются: наблюдается наследование "благоприобретенных" признаков" (Хесин, 1984, с. 176).
Рис. 6. Неменделевское наследование признака, который зависит от популяции факультативных элементов генома. Признак СО 2 — чувствительности вызван присутствием в цитоплазме популяции рабдовируса "сигма". Наследование цитоплазматическое. В случае температурного шока на ранних стадиях развития размножение вируса блокируется и выросшие особи становятся устойчивыми к вирусу ("наследование приобретенных признаков").
5.2.2. Передача в ряду поколений эпигенетических изменений. Опыты П. Г. Светлова
Стойкое наследование свойств цитоплазмы приводит к важному выводу в теории онтогенеза: индивидуальное развитие организма начинается по существу не с момента оплодотворения яйцеклетки и образования зиготы, а включает в себя весь овогенез у самок предшествующего поколения (Хесин, 1984, с. 219). Что значит этот вывод применительно к человеку? Овогенез начинается на стадии 2–3 месячного эмбриона, а заканчивается через 14–15 лет с началом полового созревания. А женский мейоз заканчивается лишь только после оплодотворения. Таким образом, наследственные признаки детей могут зависеть от условий, в которых происходил овогенез у их бабушек!
Именно такого рода факты были установлены П. Г. Светловым на мышах и дрозофиле (о них кратко упоминалось в конце раздела 4.6). Сравнивалась экспрессия мутантного признака в потомстве двух линий мышей, гетерозиготных по рецессивной мутации микрофтальмии: а) гетерозигот "+", у которых матери были мутантные, а отцы нормальные и б) гетерозигот "+", у которых матери были нормальные, а отцы мутантные. Потомство, у которого бабушки были мутантные, отличалось более сильным выражением мутантного признака. П. Г. Светлов дал этому странному факту четкое объяснение: женские гаметы гетерозиготных самок находились еще в теле своих мутантных матерей и испытывали с их стороны мутантное влияние, которое выразилось в усилении мутации у внуков. Процесс подготовки к первому делению созревания ооцитов у млекопитающих начинается в гонадах плодов, и в этот период женские гаметы очень чувствительны к внешнему воздействию.
Можно подобрать воздействие, которое улучшит "плохой" наследственный признак. Так, П. Г. Светлов показал, что кратковременное (20 мин.) прогревание тела 8-дневного мышонка самки, вызывает какие-то стойкие изменения ооцитов, которые ослабляют действие вредной мутации у внуков! "Передача улучшения развития глаз, наблюдаемая в опытах с нагреванием, может быть объяснена только передачей свойств, приобретенных ооцитами нагретых самок по наследству" (Светлов, 1966). Такого рода наследственные изменения Светлов предложил назвать парагенетическими, считая, что термин "эпигенетический" занят противоположением "эпигенез — преформация". Термин парагенетические изменения иногда употребляют для общего обозначения тех случаев, когда в онтогенезе в ряду клеточных поколений или в потомстве меняется экспрессия гена, а не его структура.
Сходные данные П. Г. Светлов получил и у беспозвоночных, в опытах на дрозофиле при изучении действия температурного шока на изменение характера выражения мутации forked, "вильчатые щетинки". Предварительно в развитии щетинок-макрохет было установлено четыре критических периода. Если в эти периоды подвергать дрозофил резкому нагреву или охлаждению, то происходит либо уменьшение, либо увеличение числа аномальных щетинок. Подобные изменения сохраняются на протяжении 20–30 поколений и наследуются по материнскому типу. Данные наследственные изменения происходят массово, практически у всех особей, поэтому их нельзя отнести к мутациям.
5.2.3. Наследственные изменения и пищевой режим (генотрофы растений)
Начиная с 1962 г. английский генетик А. Даррент опубликовал серию статей об исследованиях, которые не привлекали особого внимания в течение 15 лет, до тех пор пока не стала меняться парадигма и пока не были получены первые молекулярные факты (Durrant, 1971; Каллис, 1990).
А. Даррент брал проростки разных линий льна и резко менял режим минерального питания (соли калия, натрия, кальция) в самом начале онтогенеза. Затем он высаживал эти проростки из теплиц в поле. Генотипы и фенотипы некоторых линий оказались очень чувствительными к ранним резким изменениям пищевого режима. Появлялись растения с измененными высотой, весом и размером семян, характером опушения. Многие из этих фенотипических вариантов оказались наследственными, хотя характер наследования был неменделевский и неустойчивый.
Такого рода изменения А. Даррент назвал генотрофами. При отборе индуцированные изменением трофики фенотипы удавалось стабилизировать. Лен имеет 30 мелких хромосом. На уровне количества ДНК между разными линиями генотрофов найдены почти 15 % различия, причем как среди умеренно повторенных последовательностей, так и среди сателлитных. Изменения в спектре ДНК затрагивали все хромосомы, но особенно чувствительна оказалась одна фракция повторов (Каллис, 1990).
Истолкование происхождения этих генотрофов следующее: у чувствительных к резкому сдвигу режима питания генотипов происходят изменения в числе и топографии ряда факультативных фракций генома. В результате меняется характер регуляции разных генов. На уровне фенотипа это приводит к наследуемым фенодевиантам и вариациям количественных признаков. Такого рода наследственные изменения нельзя отнести к мутациям. Это типичные вариации, которые являются массовыми и сходно направленными. Изменения факультативных элементов генома в ответ на стресс найдены и в случае отдаленной гибридизации и при выращивании растений из культуры клетки (Каллис, 1990).
5.2.4. Динамическая память и наследование приобретенных признаков
Изменения в рамках динамической памяти, т. е. связанные с переключением эпигенов, убедительно показаны исследованиями на простейших. Если бы генетика с самого начала изучала процессы изменчивости на простейших, то ее облик был бы иной.
У простейших каждая особь в одно и то же время и одна клетка, и индивид, проходящий последовательные стадии онтогенеза. Поэтому снимаются трудности разграничения воздействий на сому и зародышевый путь. При исследовании амеб оказалось, что эпигенетический контроль выявляется у большинства признаков. В опытах А. Л. Юдина и его коллег (Юдин, 1983) сначала селектировались линии с четко различимыми функциональными и биохимическим признаками. Эти признаки в каждой из линий стойко наследовались на протяжении многих вегетативных поколений.
Затем проводились эксперименты, в которых менялись ядерно-цитоплазматические отношения или получались ядерно-цитоплазматические "гибриды": а) трансплантация гетерологичной цитоплазмы, б) обмен ядрами, в) подсадка ядра из другой линии с последующим его удалением, г) разного рода внешние воздействия. Во всех этих ситуациях удалось дестабилизировать проявление большинства изучаемых признаков, которые либо переходили в альтернативное состояние, либо переключались время от времени из одного состояния в другое. А. Л. Юдин справедливо объясняет подобные объяснения эпигенным контролем выражения изучаемых признаков и наличием в цитоплазме регуляторных молекул, способных вызвать переключение эпигенов с одного режима на другой (Юдин, 1983, с. 171–175).
Из теории эпигенов следует, что если ген-регулятор активирует свою транскрипцию, но его продукт биохимически блокирован, то снятие этого блока определенным внешним воздействием может переключить режим работы эпигена. Именно такого рода явления были обнаружены в случае наследственного переключения серотипов (антигенных вариантов) у парамеции. У парамеций известно двенадцать эпигенетически контролируемых вариантов поверхностных антигенов. Каждая особь проявляет один из вариантов, и это свойство клонально наследуется. Однако, при однократном действии резких факторов среды возможно переключение с одного антигена на другой. Например, под действием температуры 36 °C в течение 5 часов практически у 100 % особей происходит переключение с антигена 41G на антиген 41D. Это новое состояние клонально наследуется. Можно подобрать условия среды, при которых произойдет возврат к исходному антигену (Нэнни, 1960). Аналогичная ситуация найдена у инфузорий дилептусов (Успенская, Юдин, 2000).
Не вызывает сомнений, что подобные эпигенные системы могут определять дискретные выражения самых разных признаков. Тогда в случае, например, 10 разных антигенов, на базе одного и того же генетического текста на уровне ДНК может возникнуть 210 или 1024 альтернативных варианта генотипа, т. е., генотип может произвести выбор из более чем 1000 возможностей!
5.3. Наследственность и инфекция. Горизонтальный перенос и симбиоз
По удивительному совпадению практически одновременно в 1953 г. были сделаны два открытия, определившие лицо современной молекулярной и общей генетики: открытие двойной спирали ДНК Дж. Уотсоном и Ф. Криком и концепция лизогении у бактерий, созданная Андрэ Львовым.
Для эволюционной генетики открытие Андрэ Львова, на мой взгляд, имеет не меньшее значение, чем открытие двойной спирали ДНК. Андрэ Львов установил, что в ходе взаимодействия фаг лямбда — кишечная палочка, фаг может встраиваться в хромосому бактерии и передаваться в ряду поколений как ее генетический элемент. Бактерия, включившая фаг в свой геном, называется лизогенной, а встроенный фаг — профагом. Фаги, способные переходить в латентное интегрированное в геном состояние, называются умеренными. Встроив фаг в свой геном, бактерия приобретает иммунитет к заражению. В некоторых случаях состояние лизогении влечет за собой приобретение признаков вполне посторонних, например, изменение вида колоний или изменение поверхностных антигенов (конверсия штаммов).
Небольшой исторических экскурс показывает, сколь революционным было открытие Андрэ Львова. Уже с начала 20-х годов были известны штаммы, способные нести фаги в скрытом состоянии и вызывать лизис у чувствительных штаммов. Однако открыватель бактериофагов Феликс Д'Эррель (1873–1949) смотрел на фаг или вирус как облигатно летальный для клетки агент. Он считал, что культуры лизогенных бактерий просто загрязнены фагом, и от него можно избавиться путем очистки.
Взгляд на лизогению как на "артефакт" разделяли и исследователи школы классика генетики микроорганизмов М. Дельбрюка. Выше уже упоминалась причина. Эти исследователи работали с так называемыми Т-фагами, которые не способны вызвать лизогенное состояние. В силу авторитета школы М. Дельбрюка лизогенией долго скрупулезно никто не занимался. Андрэ Львов после войны возобновил в Пастеровском институте исследования на лизогенном штамме бактерии, и уже в 1953 г. создал стройную теорию лизогении, полностью сохранившую свое значение до настоящего времени (Lwoff, 1953; Жакоб, Вольман, 1962; Стент, Кэлинджер, 1981).
Трансформацию, трансдукцию и лизогению можно рассматривать как три разных способа "паранаследственного" приобретения новых признаков (Жакоб, Вольман, 1962, с. 48). Термин "паранаследственные" был предложен еще в 1925 г. Эженом Вольманом для обозначения явлений приобретения признаков путем заражения. В 1928 г. Эжен Вольман пришел к выводу, что "оба понятия — наследственность и инфекция, казалось бы столь различные и в каком-то смысле даже несовместимые…, при некоторых условиях почти совпадают" (Жакоб, Вольман, 1962, с. 48).
Дальнейшее расширение концептуального поля в этой области связано с работами Джошуа Ледерберга, который в 1952 году ввел понятие "плазмида". Плазмидами Д. Ледерберг предложил обозначать все внеядерные генетические элементы, способные к автономной репликации. Сюда входят вирус "сигма" у дрозофилы, "каппа-частицы" у парамеций, экзогенные вирусы. Взгляд на плазмиды как на симбионты и альтернативный взгляд на них как на составную часть генотипа, согласно Д. Ледербергу, зависит от того, насколько широко исследователь трактует границы генотипа и наследственной системы организма.
Следующий важный шаг был сделан в работах Ф. Жакоба и Э. Вольмана (1962) по изучению пола у бактерий и поведению системы фаг-бактерия. Они установили, что мужской половой тип бактерии определяется внехромосомным фактором, который может внедряться в хромосому бактерии и в 1000 раз усиливать способность к хромосомной рекомбинации этой бактерии с другими бактериями.
Поведение фага лямбда во многом напоминало поведение полового фактора бактерий. В 1958 г. Ф. Жакоб и Э. Вольман ввели термин "эписома" для обозначения генетических элементов, которые могут существовать в клетках в двух взаимно исключающих друг друга состояниях — автономном и интегрированном. К эписомам они отнесли: умеренные бактериофаги, половой фактор бактерий и факторы колициногенности, с помощью которых одни штаммы бактерий убивают другие.
Через некоторое время выяснилось, что термин эписома был ранее предложен генетиком Д. Томпсоном еще в 1931 г. для объяснения поведения некоторых мутаций дрозофилы. Томпсон допускал существование элементов, способных прикрепляться сбоку хромосомы ("почти от каждой бусинки отходят еще боковые цепочки хромосом"). Обнаружив, что термин эписома "занят", Ф. Жакоб и Э. Вольман нисколько не смутились: "В свете современных представлений о тонкой структуре генетического материала и о механизме мутации теория Томпсона представляется устаревшей. Поскольку нет необходимости сохранять за термином эписома то значение, которое ему придавал Томпсон, мы считаем возможным воспользоваться этим термином".
Но и термин эписома, стремительно ворвавшись в генетику в 60-е годы, постепенно стал уходить в тень под напором более размытого, но зато более общего термина "плазмида" (Стент, Кэлинджер, 1981). Ф. Жакоб и Э. Вольман вначале полагали, что состояния интеграции и автономное взаимно исключают друг друга. Но это оказалось справедливым лишь для узкого класса элементов. Спектр взаимопревращений и переходов факультативных элементов широк. Так, некоторые гены, входящие в состав плазмид у одних видов бактерий, у других видов обнаруживаются в интегрированном состоянии (Хесин, 1984). Мобильные элементы семейства мдг4 у дрозофилы в одно и то же время могут существовать в виде встроенных в хромосому последовательностей, в виде их кольцевых аналогов в цитоплазме и, наконец, переходить в ранг инфекционнных ретровирусов (Kim, et al., 1994). Подобная ситуация не столь необычна.
Панорама возможных взаимопревращений и взаимопереходов генетических элементов была прозорливо представлена в книге Ф. Жакоба и Э. Вольмана (1962, с. 418): "Мы приходим к заключению, что в результате определенных генетических событий могут возникать все промежуточные категории между вирусами (структуры экзогенные, инфекционные и внеядерные, т. е. принадлежащие к классу плазмид) и нормальными генетическими детерминантами клетки (структуры эндогенные, неинфекционные и интегрированные). Эписомы, следовательно, перекидывают своеобразный мост между наследственностью и инфекцией, между клеточной патологией и физиологией клетки, между ядерной и цитоплазматической наследственностью" (выделено мною — М. Г.).
"Эписомные элементы могут либо присутствовать в клетке, либо отсутствовать, находиться в хромосоме, либо в цитоплазме, быть эндогенными или экзогенными, патогенными или безвредными. Таким образом, по своим свойствам эписомы составляют категорию генетических элементов, приближающихся одновременно к нормальным структурам клетки и к внутриклеточным паразитам, к хромосомным компонентам и к цитологическим элементам" (рис. 7).
Авторы предвидели открытие эписомоподобных элементов у эукариот, прозорливо указывая в качестве их аналога на "контролирующие элементы", открытые МакКлинток. Ф. Жакоб и Э. Вольман, обсуждая взаимодействие эписом с геномом клеток хозяина, приходят к сходному с Дарлингтоном выводу, что наследственность и инфекция перестают быть несовместимыми.
С точки зрения рассмотренной здесь концепции, плазмиды представляют собой важный, но частный случай факультативных элементов генотипа. Интересно проследить воплощения или инкарнации фага лямбда в системе фаг — бактерия (Фаг-лямбда, 1975).
1. Состояние вирулентности, инфекционности — фаг проникает в клетку и приводит ее к гибели, лизису, так что из одной бактерии образуется 100–200 фаговых частиц;
2. Состояние профага — когда фаг интегрирован в хромосому, часть его генов активна и блокирует собственное размножение;
3. Облигатно-вирулентное состояние или утрата лизогенного состояния при повреждении или делеции в локусе "c1" у фага;
4. Облигатно-интегрированное в хромосому хозяина состояние при делеции локуса, контролирующего вырезание фага из ДНК хозяина;
5. Состояние плазмиды — при некоторых делециях фаг утрачивает способность образовывать белки оболочки, но сохраняет свойство репликации.
В рамках генно-инженерных работ на основе участия генома фага "лямбда" создано множество других удивительных конструкций.
6. Космиды — концевые фрагменты фага (cos-сайты), обеспечивающие упаковку в головку фага всей молекулы со встроенным посредине фрагментом чужеродной ДНК и участком репликации, взятым из бактериальной плазмиды. Такая космида при наличии целого фага-помощника способна проникать в клетку и реплицироваться в ней. В космиды упакован теперь весь разрезанный на фрагменты геном дрозофилы, а также многие части генома человека.
7. Химерный инфекционный агент, активный в отношении про- и эукариот, ДНК вируса полиомы введена в ДНК фага лямбда, и получился вирус-химера, способный вызывать лизис бактерий и рак у мышей (цит. по В. А. Кордюму, 1982, с. 224).
Рис. 7. Мутационные переходы между разными факультативными элементами и обмен генами между ними и геномом хозяина (по: Ф. Жакоб, Ф. Вольман, 1962).
Если К. Дарлингтон в середине 40-х годов высказал мысль о трудности строгого выбора между плазмагеном и вирусом, то исследования, выполненные в последующие два десятилетия утвердили эту мысль. Приведем такие примеры.
У бактерий условно выделяют штаммы мужского и женского пола. Способность мужского пола передавать часть своей ДНК и своих генов женским реципиентным штаммам зависит от факультативной F-плазмиды, которая способна к самовоспроизведению либо в автономном состоянии, либо будучи интегрирована в хромосому бактерии. Топография плазмиды в хозяйской клетке резко меняет свойство плодовитости последней и состав переносимых при конъюгации генов.
Когда плазмида встроена в геном бактерии, то способность клетки-хозяина передавать свою ДНК женским донорам возрастает в десятки раз, а сама рекомбинация происходит совершенно особым образом. F-плазмида способна включаться в хромосому клетки-хозяина в самых разных ее участках и в разной ориентации. При этом возникает большой набор штаммов с разными начальной точкой и направлениями переноса. Исключение фактора F из бактериальной хромосомы приводит к образованию различных автономных производных плазмид, несущих разные по длине фрагменты хромосомы клетки-хозяина, которые соседствовали с местом интеграции этой плазмиды. Некоторые производные варианты F-плазмиды несли в своем составе около четверти всего генома бактерии! (Стент, Кэлинджэр, 1981).
Фаг лямбда оказался подобным плазмиде плодовитости в смысле способности существовать и автономно, и во встроенном в геном состоянии. Но возможны и другие сценарии симбиоза. Фаг Р1 не интегрируется в хромосому бактерии, но стабильно сосуществует в клетках в виде низкокопийной плазмиды. Стабильность передачи в ряду поколений фага Р1 зависит от упорядоченной сегрегации по дочерним клеткам при делении бактерии. Фаг Р1 напоминает широкий класс автономных R-плазмид или плазмид резистентности, которые воспроизводятся автономно и несут в составе своей ДНК гены устойчивости к самым разным антибиотикам.
Как справедливо пишут Г. Стент и. Кэлинджэр, (1981), с эволюционной точки зрения бактериофаги можно рассматривать "как особый класс плазмид, накопивших наследственную информацию, необходимую для синтеза белковой сомы — головки фага, в которую включается генетический материал. Таким образом, эволюция фаговой ДНК привела к образованию инфекционных плазмид, которые в одеянии фаговых частиц способны переходить вне цитоплазмы и в таком виде переходить от одного хозяин к другому".
На основе подобного рода фактов Л. Маргелис (1983) развивает расширенное представление о симбиозе как разного рода ассоциаций между генетическими системами. Ассоциация понимается на трех уровнях: метаболическом, уровне генных продуктов и генетическом.
Идея симбиоза как фактора прогрессивной эволюции была высказана и обоснована русскими биологами А. С. Фаминцыным и К. С. Мережковским в начале XX в. (Л. Н. Хахина, 1979). Эта идея считалась фантастичной, до тех пор пока в 60-е годы не обнаружили ДНК в составе митохондрий и пластид. Их появление у эукариот в ходе симбиогенеза подробно аргументировано Л. Маргелис (1983). В рамках изложенного здесь взгляда на геном разные варианты внутриклеточного симбиоза могут рассматриваться в аспекте взаимодействия облигатных и факультативных компонентов Оригинальная концепция старения, основанная на переходе симбиотических отношений факультативных элементов при изменении внутриклеточной среды в диссимбиотические предложена Ю. Б. Бахтиным (1985).
Расширенное представление о геноме вносит ясность в понятие "горизонтальный перенос", с которым связан в эволюционных дискуссиях ряд недоразумений. Односторонне понимать под горизонтальным переносом лишь интеграцию чужеродных генов в хромосомы ядра. Интеграция — это частный случай переноса. О горизонтальном переносе можно говорить всякий раз, когда происходит устойчивая ассоциация двух генетических систем, например, с устойчивым размножением в цитоплазме или ядре плазмид или вирусов, что сопровождается появлением новых признаков и свойств этой ассоциации.
Типичный пример: система дрозофила и вирус "сигма". Колоссальная роль горизонтального потока генов с помощью плазмид выяснилась в связи с массовым применением антибиотиков и инсектицидов, когда человечество приступило к грандиозному эксперименту, поставленному на бактериях и насекомых. Стратегия защиты бактерий от антибиотиковой атаки человечества состояла в следующем. Гены устойчивости по одному или по нескольку сразу попадали в транспозон, а затем на плазмидах-векторах передавались вне рамок полового процесса. В природе есть громадный фонд плазмид, но сравнительно ограниченный набор генов резистентности, переносимых разными плазмида-ми (Хесин, 1984, с. 89).
Детальные наблюдения характера возникновения опосредованной плазмидами устойчивости сделаны в Японии и Англии. В 1945 г. в Японии для борьбы с дифтерией стали применять сульфаниламид. Он был высоко эффективен только первые 5 лет. Вскоре появились устойчивые штаммы дифтерийной палочки, а уже некоторое время спустя 80–90 % изолятов были устойчивыми. Затем сульфаниламид заменили антибиотиками. Но уже в 1952 г. от больного дифтерией был выделен штамм дифтерийной палочки, одновременно устойчивый к тетрациклину, стрептомицину и сульфаниламиду. А в 1964 г. половина всех бактериальных штаммов, выделенных из больных дизентерией, несла гены устойчивости одновременно к четырем антибиотикам. Эти гены устойчивости были собраны в одной плазмиде, способной распространяться среди бактерий горизонтально.
Гены плазмид, в свою очередь, могут перекочевывать на хромосомы клеток-реципиентов. Считают, что таким путем в кишечную палочку попали гены, кодирующие ферменты инактивации антибиотиков (Кордюм, 1982; Хесин, 1984). Возникает вопрос, откуда взялись первые гены устойчивости к антибиотикам? Получены факты в пользу гипотезы, что эти гены впервые появились у почвенных бактерий, живущих рядом с грибами-продуцентами антибиотиков. В почвенных бактериях в плазмидном состоянии находятся детерминанты устойчивости к тяжелым металлам. Из природных резерватов плазмиды с транспозонами, несущие гены устойчивости, попадают к бактериям животных и человека и с помощью их распространяются по всему миру.
Замечательное подтверждение этой идеи получено в последней работе Р. Б. Хесина, посвященной распространению факторов резистентности к ртути у бактерий и других живых организмов, выделенных в районе ртутно-сурьмяного месторождения в Киргизии. Плазмиды с детерминантами устойчивости найдены у почвенных бактерий в центре рудника. И в этой же зоне плазмиды обнаружены у энтеробактерий, выделенных из кишечника живых домовых мышей и зеленых жаб. Таким образом, получено опытное доказательство, что "участки, содержащие яды, послужили центрами происхождения плазмид-факторов резистентности… Можно предполагать, что бактериальные сообщества в природе, несущие плазмиды, служат природными очагами, где они постоянно поддерживаются, и оттуда они систематически поступают через цепи бактерий и животных — переносчиков к человеку" (Хесин, 1985).
Секвенирование геномов и их сравнительный анализ (геномика) у бактерий показывают большую роль горизонтального переноса в круговороте ДНК в природе. Полностью расшифрованный в 2000 году геном холерной бактерии Vibrio cholera состоит из двух кольцевых хромосом. Большая хромосома имеет длину в 2 961 146 п. н., а малая — 1 072 314 п. н. Как показал сравнительный анализ, основные гены жизнеобеспечения сосредоточены в большой хромосоме, а малая хромосома рассматривается как "мегоплазмида, захваченная одним из предковых видов рода Vibrio" (Heidelberg, et al., 2000). Таким образом, холерный вибрион напоминает систему земля — луна. В хромосоме-мегаплазмиде находят комплексы генов, обеспечивающих горизонтальный перенос или так называемые "факторы колонизации", гены вирулентности и устойчивости к антибиотикам. В мегаплазмиде собирались гены из разных бактерий, прежде чем она была захвачена холерным вибрионом. В природных условиях непатогенные бактерии рода Vibrio живут в эстуариях рек и солоноватых водах и относятся к зоопланктону. Патогенность холерного вибриона — результат его "одомашнивания" и вхождения в новую экологическую нишу после захвата мегаплазмиды, ставшей из факультативного облигатным компонентом генома, так как в нее перешли некоторые облигатные гены.
Пожалуй, самым замечательным из известных примеров природной генетической инженерии является симбиоз между почвенными бактериями рода Agrobacterium и двудольными растениями. Бактерия А. tumefaciens вызывает опухолевое разрастание — корончатые галлы на границе стебля и корня. А бактерия A. rhizogenes вызывает заболевание "бородатый корень" — сверхнормальное разрастание корней в пораненном участке, инфицированном бактерией. Оба феномена были известны еще с начала века, но расшифрованы лишь в 80-е годы и были образно и точно названы "генетическая колонизация".
Галлы и разрастания вызываются горизонтальным переносом — встраиванием в клетки корня растения-хозяина опухолеродного мультигенного сегмента ДНК из плазмид, которые как факультативный элемент содержатся в природных популяциях бактерий. Опухоль синтезирует производные аргинина, которых нет у растения-хозяина и структура которых полностью определяется штаммом бактерий. Они необходимы для роста бактерий. Agrobacterium представляет собой утонченного паразита, заставляя зараженное растение (посредством встраивания в геном растения своих генов) превращать часть его запасов аргинина в питательные компоненты, которые инфицирующая бактерия избирательно усваивает (Гейзен и др., 1990).
Поразительно, замечают авторы, что в то самое десятилетие, когда человек начал работать с бактериями с целью заставить их синтезировать животные белки, была обнаружена природная генно-инженерная система, позволяющая бактериям передавать свою ДНК и колонизировать их. С эволюционно генетических позиций поразительно и то, что (а) у обоих видов бактерий, вызывающих галлы и "бородатые корни", опухоли связаны с кольцевыми плазмидами бактерий и с встраиванием части ДНК из этой плазмиды в хромосомы растения-паразита; (б) сами плазмиды из двух видов бактерий совершенно несходны между собой по составу ДНК; иными словами, сценарий генетической колонизации возникал в эволюции независимо и неоднократно. Теперь исследователи успешно пытаются "приручить" созданные природой инструменты для направленной генетической трансформации растений, благо фитопатогенные бактерии рода Agrobacterium относятся к семейству клубеньковых бактерий Rhizobiaceaea, столь важным для увеличения фиксации азота у культурных растений (Генетические основы селекции клубеньковых бактерий, 1990).
Горизонтальная передача генов и их блоков, опосредованная транспозонами и плазмидами, может быть сравнима с передачей от одного народа к другому крупных инженерных изобретений. Особенно велика роль плазмидной миграции генов в случае приобретения у бактерий устойчивости к антибиотикам и способности к санации окружающей среды от биосферных и антропогенных загрязнителей. Так ли уж парадоксален вывод Р. Б. Хесина (1984, с. 104), что не будь в природе плазмид, не было бы не только многих видов бактерий, но и нас, "поскольку мы бы уже отравились продуктами своей мощной химической промышленности, которые бы не обезвреживались бактериями".
5.4. Вирусы и информационный обмен в биосфере
Термин вирус этимологически обозначает яд. Вплоть до 60-х годов вирусы преимущественно рассматривались как болезнетворное начало. Но уже изучение взаимодействия в системе фаг — бактерия показало сложный спектр отношений с возможным внедрением фага в хромосому, переходом его в ранг плазмиды, приданием новых свойств клетке хозяина и т. д. Изучение вирусов эукариот, открытие большого сходства мобильных элементов с вирусами, а затем повсеместное распространение вирусных последовательностей в геноме каждого изученного вида млекопитающих изменило представление о вирусах. Они зачастую составляют факультативный элемент генотипа.
Представление о повсеместности вирусов в биосфере, высказанное в середине 70-х годов (Жданов, Тихоненко, 1975), в настоящее время полностью подтверждено. По образному замечанию К. Г. Уманского (1981), стоит только начать целенаправленно изучать какой-либо объект, как оказывается, что он "нафарширован самыми разнообразными вирусами… Они вездесущи. Может быть, именно поэтому их можно обнаружить при любом заболевании (у здоровых их, как правило, не ищут)". У человека только в клетках кишечника число обнаруженных в норме и при патологии вирусов больше 120. К 70-м годам в новом свете предстали респираторные заболевания. "Кажущаяся бесконечной последовательность простудных заболеваний, переносимых большинством горожан, является отражением серии малых эпидемических вспышек, каждая из которых связана с вирусом одной из групп, способных вызвать этот синдром или с каким-либо из серотипов риновирусов" (Биология вирусов животных, 1977).
Целенаправленное изучение путей распространения вирусов в природе (то, что называется "environmental virology" и лучше всего перевести как биоценотическая вирусология) вызвало в начале годов 80-х "новую эру в медицинской вирусологии" (Metcalf, et al., 1995). Такие вирусы, как вирус полиомиелита, которые из — за своего видимого патогенного эффекта считались исключительно нейротропными, оказались обнаруженными в сточных водах и, стало быть, входят в группу энтеровирусов. Сточные воды оказались источником вспышки одной из форм вирусного гепатита, детского гастроэнтерита.
Пути распространения вирусов в биоценозах и соответственно пути горизонтального межвидового переноса поразительны (Воинов, 1974). Достаточно сказать, что РНК-содержащий вирус гриппа переносится водоплавающими перелетными птицами, он обнаружен у китов и у планктонных организмов (Жданов, 1990). Исследования С. М. Гершензона и его последователей (Гершензон, Александров, Малюта, 1975) показали, что РНК вируса гриппа вызывает летальные мутации сразу в нескольких локусах хромосомы 2, причем летали именно в этих локусах чаще других распространены в природных популяциях дрозофил (Александров, Голубовский, 1983).
Эволюционные аспекты повсеместностного распространения (убиквитарности) вирусов в природе достойны обсуждения с разных сторон: Вирусы как самый мощный селективный фактор в природе и самый мощный генератор наследственного полиморфизма, возникающего в результате популяционно-генетических взаимодействий типа паразит — хозяин. Эта идея была выдвинута и всесторонне обоснована Эфроимсоном еще в 60-е годы (Эфроимсон, 1971). По предположению Р. Л. Берг, сходные векторы отбора к инфекционным вирусам могут вызывать параллелизм в составе генофондов относительно изолированных и удаленных популяций, в пользу чего были получены косвенные данные в многолетних популяционно-генетических наблюдениях на дрозофиле (Голубовский и др., 1974; Александров, Голубовский 1983).
Дальнейшее воплощение идея Эфроимсона нашла в переносе популяционно-генетических взаимоотношений типа паразит — хозяин на внутриорганизменный уровень. Рассматриваются модели коэволюции вирусных антигенов и иммунной системы защиты хозяина, одним из компонентов которой является соматическая гипермутабильность иммуноглобулиновых генов (Родин, Ржецкий, 1990).
Инфекционные вирусы как усилитель мутационного процесса. Это явление было твердо установлено к середине 60-х годов в генетике соматических клеток и при исследовании клеток крови при вирусных инфекциях. При инфекциях, вызванных вирусами кори, герпеса, частота хромосомных аберраций в инфицированных клетках достигала десятки процентов. Уже в учебнике Гершковича (1968) сообщается о 7 вирусах, индуцирующих хромосомные перестройки. Эти данные дали возможность предположить, что вирусы способны индуцировать в природе вспышки хромосомных перестроек, наблюдаемые у некоторых видов (Воронцов, 1984, 1988).
Неинфекционные чужеродные вирусы и вирусные нуклеиновые кислоты действуют как совершенно особый мутагенный фактор, вызывающий вирус-специфичные и сайт-специфичные мультилокусные повреждения хромосом и нестабильность генов. Этот феномен был открыт и тщательно исследован в многолетних исследованиях Гершензона и его коллег (Гершензон, Александров, Малют, 1975; Gershenzon, 1986). Сначала это открытие связывалось с тем, что природные биополимеры действуют на манер эписом. Такой механизм возможен, но видимо, не главный, как показали дальнейшие исследования (Gershenson, Alexandrav, 1997).
Вирусы и вирусные нуклеиновые кислоты как мощный активатор имманентных для клеток хозяина мобильных генетических элементов и как фактор, вызывающий вспышки инсерционных мутаций. В пользу этого сначала было получено множество косвенных популяционно-генетических данных на дрозофиле (Golubovsky, 1980; Голубовский, Беляева, 1985), а также на кукурузе. Затем были получены прямые молекулярно-генетические данные в опытах на дрозофиле, начатых в 80-х годах (Gazaryan, et al., 1987).
Как и предсказывали Ф. Жакоб и Э. Вольман, в природе постоянно происходит переход от инфекций к факультативному и облигатному симбиозу, когда вирус становится элементом ФК клетки (Кордюм, 1983; Маргелис, 1983; Хеши, 1984; Цилинский, 1988; Жданов, 1990).
Особая роль принадлежит ретровирусам или РНК-содержащим вирусам, которые размножаются с помощью обратной транскрипции. Сюда входят онкогенные вирусы млекопитающих, образующие три группы: саркомные, вирусы лейкоза и лимфо-лейкозные вирусы, вызывающие СПИД. Обязательная стадия в репродукции этих вирусов — образование ДНК-копий и их интеграция (как у профага лямбда у бактерий) в геном клетки хозяина. Эндогенные ретровирусы в интегрированном состоянии передаются через половые клетки.
Суммарно провирусы ДНК могут составлять до 0,03 % от всей ДНК генома, и это, как полагают, верхушка большого айсберга. Сравнительно-эволюционный анализ показал, что у млекопитающих и птиц практически идентичные провирусные последовательности в составе их генома появились уже после эволюционного обособления соответствующих видов. Этот поток генов между далекими организмами является реальностью. Он доказан сходством генома самых разных животных по некоторым последовательностям ДНК, одновременно входящим в геном определенных ретровирусов. Так "породнились" между собой, например, крысы, мыши, кошки, свиньи и человек: у них масса общих рудиментов эндогенных ретровирусов". Вопрос заключается только в том, насколько часто организмы их присваивали и использовали в эволюции в качестве благоприобретенных собственных генов (Хесин, 1984).
Первый ретровирус (это стало ясно позднее) обнаружил в 1911 г. Пеутон Роус (или Раус, — Peyton Rous) в стенах Рокфеллеровского института медицинских исследований. Он показал, что вирусный агент может индуцировать опухоли мышечной и костной ткани у птиц. "Результаты Рауса были встречены таким всеобщим недоверием, что он совсем прекратил исследования ретровирусов, и застой в этой области продолжался вплоть до 50-х годов," — пишет Р. Галло (1987), выделивший первый ретровирус человека в 1978 г.
В 40-х годах Л. И. Зильбер выдвинул вирусно-генетическую теорию рака, предположив, что трансформация нормальных клеток в опухолевые вызвана включением в геном клетки генетического материала вируса. И именно поэтому его очень трудно обнаружить в опухолевых клетках (Зильбер, 1968). Эта идея была в то время очень смелой, если вспомнить, что еще не было концепции профага. Идея интеграции онкогенного вируса в геном клетки-хозяина оказалась верной. Впоследствии были открыты онковирусы, которые встраивая в свой состав один из ключевых хозяйских генов, регулирующих клеточное деление, превращают нормальную клетку в раковую. В 1966 г., спустя полвека после своего открытия, П. Раус получил Нобелевскую премию за свои работы.
Роберт Галло (1987), изучая последовательности вирусов СПИД, заключил, что вирус недавно проник в геном человека от приматов (зеленых мартышек и шимпанзе). Вспышке эпидемии СПИД способствовало массовое переливание крови, начиная с 50-х годов, миграции и либерализация половых контактов. Неожиданно выясняется, что феномен быстрого глобального распространения синдрома СПИД, обусловленного ретровирусом ВИЧ, уже как бы "промоделирован" на дрозофиле.
В природных популяциях дрозофил вида D. melanogaster, начиная с 60-х годов XX в. стали в глобальном масштабе распространяться активные Р-элементы, которые у гибридов с М-цитоплазмой вызывают целый комплекс наследственных аномалий — синдром гибридного дисгенеза.
Р-элементы не найдены у видов близнецов комплекса melanogaster, зато весьма близкие по составу Р-копии обнаружены у вида D. willistoni из другой подгруппы. Родина видов комплекса melanogaster — Африка, и этот синантропный вид, как полагают, попал в Америку около трех столетий назад с кораблями, перевозившими черных рабов из Африки (Engels W. R., 1992). И в Америке же Р-элементы из D. willistoni путем горизонтального переноса попали в геном D. melanogaster. Посредником в этом переносе могут быть виды клещей, как выяснено в исследованиях Маргарет Кидвелл (Kidwell, 1992, 1994). Глобальная экспансия активных Р-копий наблюдается с начала 60-х годов XX в. Сценарий горизонтального переноса Р-элементов и их глобального распространения совпадают с таковым для ретровирусной пандемии синдрома СПИД. Ниже указаны черты сходства в эволюционной судьбе двух разных мобильных элементов.
Таблица 5. Сходство эволюционной судьбы двух факультативных элементов
Р элемент дрозофилы
1. Р-элемент кодирует фермент своей транспозиции; Р-ДНК встраивается в разные сайты хромосом хозяина
2. 30–50 лет назад в природных популяциях D. melanogaster произошла активация Р-элемента и глобальное расселение копий
3. При отсутствии геномного иммунитета — массовые Р-транспозиции, инсерционные мутации, поражение гонад
4. Р-ДНК найдена в геноме разных видов дрозофил
5. Возможен и установлен горизонтальный перенос Р-ДНК между разным видами дрозофил
6. Вид D. melanogaster в начале ХVШ в. попал в Америку на кораблях, перевозивших из Африки рабов
Ретровирусы ВИЧ у человека
1. Ретровирус ВИЧ кодирует инвертазу, с ее помощью строит свою ДНК-копию и встраивает ее в разные участки хромосом генома
2. Активация вирусов ВИЧ в последние десятилетия и увеличение числа их носителей
3. Вирус ВИЧ индуцирует дефекты соматических клеток иммунной системы
4. ВИЧ вирусы найдены в геномах разных видов приматов
5. Возможен горизонтальный перенос ВИЧ2 вируса от африканских зеленых мартышек
6. Вирусы ВИЧ попали в Америку из Африки вместе с перевезенными туда рабами
Данные по дрозофиле (Kidwell, 1994; Engels, 1992), по ретровирусу СПИД (Галло, 1987; Галло, Монтанье, 1988; Эссекс, Канки, 1988).
Заключая этот раздел, заметим, что если бы существовала "Декларация прав клетки", то один из главных ее пунктов мог бы звучать так: "Клетка каждого вида в биосфере Земли имеет право искать, получать и распространять наследственную информацию между любыми структурными компонентами генома как своего вида, так и вне его границ". Таким образом, в отличие от жесткого информационно-видового барьера, что свойственно концепции селектогенеза, современная теория эволюции должна быть основана на демократических принципах Декларации прав клетки.
5.5. Информационный фактор в эволюции
В конце своей книги "Непостоянство генома" Р. Б. Хесин высказал мысль о том, что благодаря перемещающимся элементам генофонды всех живых организмов потенциально образуют общий генофонд всего живого мира (Хесин, 1984, с. 378). В более резкой форме сходная мысль, разработанная в виде информационной концепции эволюции, представлена в вышедшей ранее вдохновенно и эмоционально написанной книге "Эволюция и биосфера" В. А. Кордюма (1982). Выход этой книги сопровождался бурной реакцией биологов-эволюционистов, Было опубликовано несколько рецензий от умеренно спокойных и в целом положительных (Воронцов, 1984) до резко негативных (Гершензон, 1984).
Негативная реакция, в значительной степени, особенно судя по рецензии (Беляев, Гиляров, Татаринов, 1985) представляет собой в контексте социологии науки проявление феномена "struggle for authority", т. е. борьба за авторитет (Sapp, 1991).
Попытки применения теории информации к эволюции биосферы делались с разных позиций (Колчинский, 1990). Но в области эволюционной генетики они особенно конструктивны. Подобный подход позволяет, во-первых, выделять структурные и динамические способы организации наследственной памяти, а во-вторых, не сваливая все в одну кучу, анализировать разные способы хранения, кодирования и передачи наследственной информации.
Информационный подход здесь — не дань некой моде. Он связан с самой спецификой организации клетки. В 1990 г. в международном ежегоднике по цитологии опубликованы размышления клеточного биолога Г. А. Бюлера (США) "Почему мы не понимаем живую клетку или мифы молекулярной биологии" (цит. по Л. Маргулис, 1991). Основная мысль автора состоит в том, что при изучении метки как системы, в которой действует множество из примерно 1013 молекул, приоритет должен быть сделан на описании поведения и свойств не молекулярных, а надмолекулярных внутриклеточных структур, среди них органеллы, мембраны, нити цитоскелета, микротрубочки, хромосомы. Ибо все процессы в клетке происходят в особым образом организованной структурированной среде, в депокомпартментах.
Биологические процессы в отличие от физических и химических определяются в значительной степени информацией. Альбрехт Бюлер считает, что клеточная биология призвана объяснить, как 1013 неживых молекул объединяются и взаимодействуют в живой клетке и что их удерживает вместе. Это "что-то" — информация в клетке. Такая информация, по мысли Г. А. Бюлера, может быть записана в особенностях структуры мембраны, расположения элементов цитоскелета, распространения ионов. Клеточная биология должна анализировать всю записанную в виде таких "текстов" информацию (Маргулис Л., 1991). Информационный подход к анализу организации и функции клеточной наследственности и генотипа вполне соответствует описанию клетки как целого.
Стержнем "информационной концепции" В. А. Кордюма является описание нетрадиционных форм наследственной изменчивости, связанных с поведением перемещающихся генетических элементов и их реальной и потенциальной роли в эволюции. Еще до выхода своей книги В. А. Кордюм (1976) сделал обзор молекулярно-генетических свойств открытых к тому времени подвижных элементов. Но эта изложенная в традиционной академической манере статья осталась незамеченной.
И лишь вышедшая спустя 6 лет его книга (Кордюм, 1982) вызвала бурную негативную реакцию у сторонников традиционных дарвиновских взглядов. В немалой степени это объясняется неакадемическим, раскованным размашистым стилем автора, его сознательным желанием возмутить спокойствие и бросить "красную тряпку", иногда слишком вольными и необязательными эволюционными обобщениями. В разделе 3.4.1 на примере необычной судьбы заметки Гилберта, обсуждались незримые запреты, налагаемые на стиль научных статей и книг (Myers G., 1991). Этот стиль подобен классицизму в искусстве с его канонизацией последовательности изложения, единством места и действия. Каждой определенной эпохе или периоду, каждой научной школе соответствует свой научный стиль (Шрейдер, 1986).
Ранее науковедов на динамику стилей в науке обратил внимание поэт Осип Мандельштам, посвященный в сложные проблемы биологии систематиком Б. С. Кузиным, который стал другом поэта; отсюда стихи "Ламарк" и слова: "Я дружбой был, как выстрелом разбужен" (Материалы из архивов, 1987). В научно-художественном эссе-шедевре "Вокруг натуралистов", который написан в 1932 году, Мандельштам в поразительно изящной, афористичной манере проводит глубокое сопоставление научного стиля Дарвина и предшествующих ему натуралистов — Ламарка, Бюффона, Палласа (Мандельштам, 1991).
Тонкая ирония над самодовольным и не признающим отступлений научным классицизмом заключена в притче Сент-Экзюпери, вложенной в уста Маленького принца: "Астроном доложил о своем замечательном открытии на Международном астрономическом конгрессе. Но никто ему не поверил, а все потому, что он был одет по-турецки. Уж такой народ эти взрослые". Именно эта фраза приведена в работе, где с позиций науковедения рассмотрено отторжение научным сообществом работ, которые резко диссонируют с принятыми канонами жанра (Alexandrov, Sirotkina, 1993). В данном контексте авторы справедливо называют и книгу В. А. Кордюма.
Однако, по всей видимости, главная причина резкого непринятия книги В. А. Кордюма связана с тем, что его информационная концепция ограничивает роль естественного отбора в генерировании разнообразия и ходе эволюции. Тезис о ведущей роли отбора — основной у последователей СТЭ или селектогенеза. И любое принижение "ведущей творческой роли отбора" столь же негативно отвергалось ортодоксами, как если бы во время диктатуры КПСС в СССР кто-то публично выступил с тезисом об ограничении "ведущей и творческой роли Коммунистической партии в жизни советского общества". Это во многом поясняет появление и стиль резко отрицательной "установочной" статьи трех членов академии наук в научно-популярном журнале "Природа" (Беляев, Гиляров, Татаринов, 1985). Корректная критическая оценка книги В. А. Кордюма содержится в рецензии Н. Н. Воронцова (1984).
В современной философии и культурологии развивается представление о своеобразии этнического (национального) образа мира, отражаемом в стереотипах, языке, его метафорическом строе. И эти "национальные образы мира" (выражение философа Г. Гачева) проявляются и в научной методологии, и в стиле научной критики, наконец, во взаимоотношениях членов научного сообщества. О национальных особенностях науки есть тонкие рассуждения у Б. Л. Астаурова (1987), которые заметил, что "в недавнем прошлом мы без всякой натяжки могли, например, говорить об американской, немецкой, французской или японской генетике".
В научно-историческом аспекте "национального стиля полемики" любопытны приемы, к которым прибегли высокоавторитетные в области традиционной эволюционной теории советские (как можно было бы сказать до 1991 г.) авторы для критики неортодоксальных взглядов. Сравним высказывания из двух научных статей, где критикуются взгляды В. А. Кордюма на явление горизонтального переноса и пути возникновения эволюционных новаций.
1а) "Но даже если бы это явление было распространено гораздо шире (в пользу чего нет никаких данных), то оно… лишь бы расширяло тот материал; которым оперирует естественный отбор";
б) Вторая ошибка В. А. Кордюма — это деление эволюции на приспособительную и эволюцию по пути усложнения живого… Возникновение более сложной структуры и физиологии организма всюду и всегда имело приспособительный характер" (Гершензон, 1984).
2а) "Но даже если эти явления оказались распространенными (в пользу чего нет пока убедительных данных), они лишь расширили бы базу эволюции, на основе которой действует естественный отбор";
б) "Грубую методологическую ошибку совершает В. А. Кордюм, разделяя эволюцию на приспособительную и по пути усложнения… Возникновение даже самой сложной структуры всегда имеет приспособительный характер" (Беляев Д. К., Гиляров, Татаринов, 1985).
Явление "горизонтального переноса", а не конвергенции при сравнении текстов двух высказываний очевидно. Но стоит задаться интересным вопросом, почему последние авторы по отношению к научному оппоненту прибегли к столь очевидному "горизонтальному переносу" — явлению нередкому в области биологической эволюции, но предосудительному в области научного и художественного творчества.
Возможно, ответ надо искать в некоторых особенностях давней российской идеологической традиции стиля полемики, которую так точно охарактеризовал Н. А. Бердяев (1990, с. 18): "Усвоение западных идей и учений русской интеллигенцией было в большинстве случаев догматическим. То, что на Западе было научной теорией, подлежащей критике гипотезой, или во всяком случае истиной относительной, частичной, не претендующей на всеобщность, у русских интеллигентов превращалось в догматику, во что-то вроде религиозного откровения. Русские все склонны воспринимать тоталитарно, им чужд скептический критицизм западных людей… Когда русский интеллигент делался дарвинистом, то дарвинизм был для него не биологической теорией, подлежащей спору, а догматом, и ко всякому не принимавшему этого догмата, например, к стороннику ламаркизма, возникало морально подозрительное отношение".
В этом максимализме национальной культурной традиции Н. А. Бердяев видел не только недостаток, но и достоинство, указующее на религиозную целостность, стремление к Абсолютному. Однако на пути к Абсолютному "русская душа… легко совершает смешение, принимает относительное за абсолютное, частное за универсальное, и тогда она впадает в идолопоклонство" (Бердяев Н. А., 1990, с. 19). В итоге нередко религиозная энергия переключается на нерелигиозные сферы, например, на защиту естественного отбора от его критиков…
После этого необходимого отступления остановимся на некоторых нетривиальных эволюционных следствиях из данных современной генетики, пожалуй, впервые высказанных В. А. Кордюмом в такой отчетливой и намеренно резкой форме Информационный подход к анализу процессов эволюции был разработан И. И. Шмальгаузеном в 1961 г. Однако он исходил из классических представлений о наследственности. У В. А. Кордюма в основе анализа — нетрадиционные способы хранения и передачи наследственной информации, открытые в молекулярной генетике к началу 80-х годов.
Вводится понятие информационного фактора эволюции и в его рамках рассматриваются два важных концептуальных представления:
1. Информационное давление (по аналогии с мутационным давлением), под которым понимается постоянный и повсеместный процесс переноса генетической информации по разным каналам, нетрадиционным для хромосомной теории наследственности.
2. Представление о системе противоинформациопной защиты, которая обеспечивает относительную стабильность генотипа в условиях информационного давления. В исследованиях по трансформации клеток с помощью плазмидной ДНК было показано, что чужеродные для данного района сегменты ДНК, как правило, нестабильны, отторгаются или репрессируются. Это позволило ввести понятие геномный иммунитет, которое обсуждает О. Глебов (1989, с. 227). Можно думать, что в "соматических клетках имеются механизмы, позволяющие различать собственные и экзогенные последовательности ДНК" (Глебов, 1989, с. 227).
В соответствии с содержательным смыслом первых двух понятий В. А. Кордюм обосновывает два следствия: виды — не информационно закрытые системы, а открытые для обмена информацией "прямо или косвенно, относительно легко или со значительными трудностями, но в принципе со всеми живыми существами Земли". Это положение по существу идентично выводу Р. Б. Хесина о потенциальном единстве генофонда живых существ Земли.
Привносимая извне информация — основной источник преобразования генотипа и новаций. "Она собирается, перетасовывается, обновляется, перераспределяется за счет всего генофонда биосферы… и внешней является только по отношению к отдельным организмам". Основной эволюционирующей системой является ценоз. Перенос информации в ценозе "приводит появлению признаков, обеспечивающих взаимную приспособленность членов ценоза и, как следствие, к стабильности всего сообщества" (Кордюм, 1982).
Указано около 20 способов проникновения и межвидовой миграции генетических элементов, в их числе трансформация, трансдукция, транспозоны, плазмиды, вирусы, неполовой обмен хромосомами и образование симбиотических ассоциаций. Информационная емкость переноса информации, выраженная в генах, варьирует от единиц до сотен и тысяч в случае плазмид и симбионтов. Интересна метафора об "информационного депо" в виде факультативных ДНК и РНК-носителей и "молчащей", не реализуемой, но потенциально активной информации.
Из основного тезиса об информационном давлении вытекает ряд следствий, которые в классической СТЭ одно время считались неприемлемыми для серьезного рассмотрения или даже абсурдными (Кордюм, 1982, с. 119):
1) количество и качественный состав ДНК в близких таксонах и организмах непостоянны;
2) геном состоит из фенотипически проявляемой и потому до поры до времени постоянной части и фенотипически не проявляемой, молчащей;
3) должен существовать механизм включения экзогенного наследственного материала в геном и его выключения из генома, т. е. элиминация молчащей ДНК;
4) количество молчащей ДНК в геноме и, как следствие, механизм включения — выключения должны сказываться на эволюции данного таксона;
5) поскольку существуют специализированные системы переноса информации, геном должен содержать определенные следы блочности, так как он является не монолитной, а наборной структурой.
Можно с определенностью утверждать, что в основном эти следствия нашли экспериментальное подтверждение в рамках сравнительной молекулярной генетики (Хесин, 1984). Интересно соображение В. А. Кордюма, что у свободных, не интегрированных в хромосому хозяина факультативных элементов ускоряются процессы изменчивости и регуляции генной активности. Ибо "почти нет ограничения на преобразование информации, и как только она окажется полезной, начинает действовать отбор. И уже осмысленная новая нужная организму информация, включенная в геном, сможет подвергнуться окончательной "доработке на соответствие" (с. 137). Таким образом, мобильные элементы, от транспозонов до вирусов, по мысли автора, представляют своеобразный полигон, испытательный стенд эволюции.
Как действует система противоинформационной защиты? Введение и обоснование этого понятия несомненно эвристично и продуктивно для молекулярной эволюционной генетики. Возникает целая новая область исследований: сравнительная генетика систем противоинформационной защиты. Элементы этой защитной системы, способные меняться в разные периоды жизни вида и разные периоды онтогенеза таковы: барьер клеточной проницаемости; агенты, подавляющие функционирование экзогенной нуклеиновой кислоты (например, интерферон); внутриклеточные нуклеазы; системы узнавания и репарации; системы рестрикции и модификации, позволяющие отличить свою ДНК от другой.
В критические периоды жизни популяции, при состояниях стресса, защитные функции ослабевают, и среди них прежде всего те, которые отвечают за регуляцию поступления и степень блокирования экзогенного генетического материала. Это приводит к усилению притока экзогенной ДНК и ослаблению систем надзора, обеспечивающих в норме молчание чужеродной ДНК. В итоге резко возрастает степень изменчивости. Нетрудно видеть здесь сходство с соображениями Б. МакКлинток (McClintock, 1978, 1984) об активации систем, перестраивающих геном в периоды стресса и представление о системах "природной генетической инженерии" (Shapiro, 1992, 1995). Таким образом, концептуальное выделение информационного фактора в эволюции, основу которого составляют неканонические способы наследственной изменчивости, расширяет сферу изучения изменчивости и способствует целенаправленному анализу в этой области.
5.6. Автогенез на уровне ДНК и хромосом, эволюционно-генетический потенциал и видообразование
Ю. А. Филипченко в свое время высказал мнение, что "в эволюции играли главную роль какие-то внутренние силы, заложенные в самих организмах", а различные внешние силы, — условия среды, отбор — причины второго порядка. Один из источников этих внутренних сил заключается в линейной структуре ДНК и особенностях протекания матричных и генетических процессов, которые создают тенденцию к увеличению размера генома и возрастанию в нем доли разного рода факультативных элементов. Среди них особое значение имеют разные фракции повторенной ДНК и семейства мобильных элементов.
Наращивание доли неинформативной ДНК или ФК элементов основано на ряде автогенетических молекулярных механизмов, таких как: а) способность линейной структуры ДНК реплицировать любой встроенный дополнительный сегмент ДНК, независимо от того, взят он от своего или чужого вида, б) непрерывное образование дупликаций за счет ошибок гомологичной рекомбинации, в) резкое увеличение частоты вторичных дупликаций в данном районе после появления первой случайной, г) приобретение свойства взрывной репликации некоторыми специфическими повторами и, наконец, д) заселение генома разного рода мобильными элементами, включая вирусы, которые имеют специальные структуры и специальные ферменты для транспозиции.
Автогенетическая тенденция к наращиванию длины ДНК, приводя к рассмотренному выше С-парадоксу, проявляется в самых разных филетических линиях и может, в свою очередь, определять направление и особенности макроэволюции (Эволюция генома…, 1986; Бирштейн, 1987; Бердников, 1981, 1990). Неспецифические влияния одной только массы или размера неинформационной ядерной ДНК на физиологические свойства клеток и организмов английский цитогенетик М. Беннет в 70-х годах предложил называть "нуклеотипными".
Репликация и репарация избыточной ДНК в клетке требует значительных энергетических затрат. Это имеет важные морфо-функциональные последствия. Работая с растениями, М. Беннет обнаружил, что масса ДНК пропорционально связана с продолжительностью мейоза, а это, в свою очередь определяет продолжительность генерации. Виды с высоким содержанием ДНК характеризуются замедленным развитием, они встречаются чаще среди многолетников и не могут быть эфемерами. Скопления блоков повторенной ДНК в теломерных районах хромосом ржи задерживает время развития семян, возможна селекция на "сброс" ДНК в этих районах.
Гаплобионтные микроорганизмы достаточно легко манипулируют размерами геномов, регулируя тем самым темп своего размножения и уровень изменчивости. Так, в роде водорослей хламидомонад Chlamydomonas обнаружены следующие сценарии манипуляции геномами: эндополиплоидизация в результате задержки кариокинеза после синтеза ДНК; соматическая гибридизация в ходе вегетативного размножения клеток; утрата зиготической редукции после копуляции гамет; копуляция трех или большего числа гамет; копуляция полиплоидных гамет. При всех этих событиях временно увеличивается размер ядра и понижается относительная доля цитоплазмы. Как справедливо замечают авторы, — "генетический анализ особенностей нуклеотипных изменений ДНК — практически не начатая глава формальной генетики" (Квитко, Чемерилова, 1982, с. 135): При автополоиплоидии у растений простое кратное изменение числа хромосом приводит к глубоким морфо-функциональным изменениям на клеточном и организменном уровне. Совершенно не ясны ключевые этапы этих изменений.
Важное значение факультативной ДНК М. Беннет (1986) усматривает в организации расположения хромосом по отношению друг к другу. В гаплоидном геноме хромосомы упорядочены в соответствии с содержанием ДНК в плечах, вне зависимости от информационного содержания этой ДНК.
Новую главу в этой области открыли многолетние комплексные исследования В. Н. Стегния (1993, 1994) по кариосистематике и эволюционной цитогенетике двукрылых на примере восьми видов-близнецов комплекса Anopheles maculipennis. В течение 15 лет у этих восьми видов изучалась биогеография, экология, репродуктивные связи, тонкое строение хромосом и характер инверсионного и белкового полиморфизма. В. Н. Стегний установил жесткую видоспецифичность организации хромосом в ядрах клеток генеративной ткани (трофоцитах), названной им как архитектоника генома. Этот видовой признак определялся по характеру прикрепления политенных хромосом к ядерной мембране (есть или нет и в каких участках) и по различию по этим показателям у гомологичных хромосом видов-близнецов и их гибридов.
Оказалось, что данный признак облигатно инвариантен у всех особей вида и не зависит, например, от того, есть в данной хромосоме инверсия или нет. В. Н. Стегний относит такие хромосомные реорганизации генома к системным мутациям в смысле Р. Гольдшмидта. Подобные системные мутации лежат в основе сальтационного видообразования, ибо всякая постепенность перехода от одной реорганизации к другой исключается, действует принцип "все или ничего".
На основе комплексного подхода В. Н. Стегнию удалось реконструировать филогению 8 видов и сопоставить хромосомную организацию видов в начале и конце филогенетического пути. Сформулировано важное представление об эволюционном потенциале и лабильном и консервативном геномах. Эволюционным потенциалом к видообразованию, по крайней мере у двукрылых, обладают виды с совершенно определенными особенностями генома: блоки прицентромерного гетерохроматина (составленного обычно из высоко повторенной ДНК и кластеров мобильных элементов), облигатный хромосомный мономорфизм и слабые хромосомно-мембранные связи в интерфазных ядрах клеток генеративной ткани. Виды с эволюционным потенциалом нередко занимают небольшие ареалы и уступают по своей эколого-климатической пластичности процветающим видам.
Процветающие виды двукрылых характеризуются диффузно расположенным участками гетерохроматина, наличием инверсионного полиморфизма и относительно жесткими хромосомно-мембранными связями (Стегний, 1993). Инверсионный полиморфизм может иметь адаптивное значение, но не приводит к видообразованию. Те инверсии, по которым отличаются виды, большей частью уникальны. Это феноменологическое обобщение противоположно той видообразовательной роли, которую приписывали в классической СТЭ полиморфным инверсиям, предполагая, что в малых изолятах они фиксируются и в дальнейшем приводят к дивергенции. Гипотезу о постепенном преобразовании полиморфной системы в мономорфную В. Н. Стегний считает "недостаточно обоснованной, базирующейся на суеверном отношении к ошибочному дарвиновскому принципу: "разновидности суть возникающие виды" (Стегний, 1993, с. 83).
Итог своих многолетних эволюционно — генетических исследований и размышлений В. Н. Стегний (1993) выражает следующим образом: "Видообразование не может рассматриваться как длительный процесс градуальной перестройки генофонда предкового вида. Само понятие "генофонд" целиком относится к полиморфной части генома, тогда как становится ясным, что видообразовательные события затрагивают прежде всего мономорфную (инвариантную) его часть и, самое важное, при этом происходит необратимая реорганизация его регуляторной системы". При этом затрагиваемые инвариантные системы регуляции могут относиться к разным уровням — биохимическому, хромосомному, морфофункциональному (Стегний, 1996).
Системные мутации, затрагивающие архитектонику генома и открытые В. Н. Стегнием в разных группах двукрылых не обязательно связаны с изменением генного состава, или линейной структуры хромосом. Они обнаруживаются и у гомосеквентных видов, т. е. у видов с совершенно одинаковым тонким строением хромосом. В этом смысле системные мутации В. Н. Стегния сходны с так называемыми онкому — тациями, которые постулировал бельгийский зоолог Альбер Дальк (1893–1973). Под онкомутациями А. Дальк понимал "резкие, глубокие радикальные и одновременно жизнеспособные трансформации, возникающие в цитоплазме яйцеклетки, как морфогенетической системы", или же "общее изменение всей ядерной системы" (цит по Назарову 1991, с. 152).
Более общую разработку понятие эволюционного потенциала, учитывающее данные молекулярной генетики и феномен С-парадокса получило в работах В. А. Бердникова (1981, 1990). Кривые распределения числа видов в зависимости от величины генома для любых крупных монофилетических групп имеют резко асимметричный характер. При различии в величине генома в 10–50 и более раз преобладают виды с относительно небольшим геномом, а виды примитивные неспециализированные имеют, как правило, большие геномы. Специализация, радиация видов сопровождаются сбросом ДНК.
В. А. Бердников представляет следующий сценарий связи автогенетических событий с регулярными зафиксированными в палеобиологии и палеогеологии катастрофами. Принимается за постулат, что видообразование связано не с изменением в структурных генах или их числе, а с изменением системы их онтогенетической регуляции (Рэфф, Кофмен, 1986). Характер регуляции генов может определяться изменением генного окружения при разного рода взаимодействиях облигатных и факультативных элементов. Сюда относится и давно установленный эффект положения генов.
Процесс наращивания величины генома, появления избыточных неинформативных блоков повторов, образующих гетерохроматин — имманентное свойство молекулярной генетической системы. Оно ведет к увеличению размеров ядер и клеток, замедлению клеточных процессов, и в более общем плане — к понижению скорости переработки энергии окружающей среды. Это инадаптивные свойства. Однако после очередной геологической (экологической) катастрофы и периода массового вымирания высвобождаются экологические ниши и выжившие виды с большим геномом оказываются эволюционно перспективными.
Отбор в "сторону более эффективного использования свободной энергии экологического пространства" (Бердников В. А., 1981) сопровождается сбросом избыточной факультативной ДНК или изменением ее топографии в геноме. Например, прицентромерные блоки повторов могут быть разнесены по геному при транспозициях мобильных элементов. Подобные процессы ведут к эффекту положения и к изменению в системах генной регуляции. Меняется характер протекания процессов морфогенеза, параметры аллометрического роста, что в конечном счете ведет к видообразовательным событиям. Разные варианты подобного сценария с учетом закономерностей онтогенеза рассмотрены Л. И. Корочкиным (1983, 1999). В его опытах показано, что эффект положения, связанный с перераспределением гетерохроматина, приводит у близких видов к изменению систем пространственно-временной регуляции генов типа гетерохронии.
Важное макроволюционное значение имеют такие варианты гетерохронии, когда происходит рассогласование во времени развития соматических признаков и половой системы. При неотении или педоморфозе размножение становится возможно на более ранних стадиях развития и утрате вообще взрослой стадии. Это явление достаточно широко распространено в эволюции животных, особенно у земноводных. Превращение аксолотля во взрослую форму с помощью добавления гормона тироксина показало, что столь глубокая трансформация может зависеть от мутации одного ключевого гена (см. обсуждение Рэфф, Кофман, 1986).
А. Л. Тахтаджян (1983, 1991, 1998) показал большую роль неотениии в морфологической эволюции многих высших таксонов растений и появлении новых органов (например, мужского и женского гаметофита цветковых). Он же выдвинул принцип гетеробатмии или "разноступенчатости" в скорости эволюционных преобразований разных органов. Многие трансформации в морфологической в эволюции растений могли произойти только за счет сальтаций или регуляторных мутаций на ранних стадиях, меняющих число зачатков (примордиев).
Активация мобильных элементов, их транспозиции способны привести к появлению новых генных конструкций. Такая новая генная конструкция была обнаружена в природных популяциях дрозофил в период изучения глобальной вспышки мутабильности по гену singed. Два независимых гена, один из которых затрагивает репродуктивную систему и морфологию щетинок, а другой — строение крыльев, оказались под контролем одного транспозона и стали совместно проявляться и мутировать. Это первый, обнаруженный в природе случай естественной генетической инженерии на основе мобильных элементов (Голубовский, Захаров, 1979; Голубовский, 1985; Golubovsky, 1980, 1995).
Таким образом, взаимодействие облигатного и факультативного элементов может приводить к трем типам реорганизаций систем регуляции: 1) нуклеотипные изменения, 2) эффект положения и гетерохронии и 3) новые генные конструкции. Во всех этих случаях сальтационно возникают события видообразовательного уровня.
Концепция сальтационного видообразования за счет системных мутаций или макромутаций долгое время наталкивалась на следующее возражение. Подобные изменения имеют мало шансов распространиться, ибо возникают единично. Открытие инсерционного мутагенеза сняло это возражение. Оказалось, что транспозиции мобильных элементов, приводящие к множественным мутационным событиям, как правило (!) происходят на самых ранних стадиях онтогенеза и ведут к появлению ''пучков" мутантов в половых клетках и соответственно множеству мутантных форм в потомстве одной ocoби (Golubovsky, Ivanov, Green, 1977; Голубовский, Захаров, 1979).
Например, при генетическом анализе инсерционных нестабильных аллелей гена singed у дрозофилы мною зафиксирован удивительный случай 100 % кластерного появления "мутационных монстров" в потомстве за счет транспозиционного множественного мутагенеза в инициальной стволовой клетке зародышевого пути. Остановлюсь на этом чуде, моделирующем появление уродцев Гольдшмидта, чуть подробнее. Видимой мутацией, возникающей повторно в наших опытах, была мутация furrovjed (fw) — горбатые слабо жизнеспособные мухи с глубокой бороздой на тораксе и деформированными макрохетами. Она возникала в потомстве Х-хромосомы с нестабильной мутацией по гену singed, sn63–15 (аллель крючковидные щетинки). В одном из скрещиваний все потомство самца sn63–15 несло реверсию в гене sn и одновременно было мутантным по гену furrowed.
Это событие было вызвано, по всей видимости, транспозицией мобильного элемента на самых ранних стадиях развития: вырезанием его из гена sn и одновременным его внедрением в ген fw. Сие чудо, когда все потомство одного самца несло мутацию-уродца, снимает обычное возражение Р. Гольдшмидту, а с кем же будет размножаться макромутант? С самим собой, если возникает пучком при инсерционном мутагенезе! (Голубовский, Ерохина, 1977). Эти модельные опыты могут служить генетическим доводом в пользу крылатой фразы палеонтолога-сальтациониста Отто Шиндевольфа (1896–1971): "Первая птица вылетела из яйца амфибий" (цит. по Корочкин, 1999, с. 239).
5.7. Заключение. Наследственная изменчивость в классической и современной генетике
Табл. 6 суммирует представления о наследственной изменчивости в классической и современной генетике. Сопоставление показывает, что необходима ревизия всего комплекса представлений о наследственной изменчивости и, стало быть, ревизия тех эволюционных построений, которые были основаны на положениях классической генетики.
Таблица 6. Сопоставление представлений о наследственной изменчивости в классической и современной генетике
Классическая генетика
1. Все вновь возникающие изменения — суть мутации, которые связаны с изменением локуса в хромосоме, либо числа хромосом
2. Мутации возникают в потомстве отдельных особей с малой частотой и случайным образом
3. Скорость мутационного процесса относительно постоянна; ген стабилен, устойчив; нестабильность есть род "болезни гена"
4. Передача наследственной информации возможна лишь в рамках полового размножения
5. Гены хромосом полностью определяют характер действия элементов цитоплазмы
6. Эпигенетические изменения встречаются у простейших, а у эукариот касаются в основном соматических клеток
7. Гены сохраняются у гибридов в неизменном "чистом" виде. На этом основана дискретность менделевского наследования
8. Оба пола в равной мере участвуют в передаче своих наследственных свойств
9. Ни при каких условиях невозможно наследование приобретенных в ходе индивидульного развития признаков
Современная генетика
1. Мутации лишь часть наследственных изменений, которые могут быть вызваны изменением не структуры гена, а его состояния
2. Транспозиции мобильных элементов и вызываемые ими изменения могут быть массовыми, упорядоченными
3. В природе регулярно происходят вспышки инсерционных нестабильных мутаций, связанные с активацией мобильных элементов
4. Существует внутри- и межвидовой поток генетических элементов при участии вирусов и разных МГЭ
5. Ядерно-цитоплазматические отношения сложны и разнообразны. В цитоплазме есть автономные и полуавтономные генетические элементы с неменделевским наследованием
6. У эукариот эпигенетические изменения установлены и могут передаваться через половое размножение
7. В рамках эпигенетической детерминации признаков возможно "слитное" наследование
8. Степень активности генов и хромосом может зависеть от пола, в котором они побывали в предшествующем поколении
9. Наследование возможно, когда признак зависит от взаимодействия ОК и ФК элементов