В Разведупре Ян Карлович прослужил всю оставшуюся жизнь, правда, оставалось ему очень недолго. С первых же дней он поставил перед разведчиками задачу: составить перспективный план разведывательной деятельности в канун войны. Теперь, побывав в Испании, он не сомневался: война неизбежна. Основное направление работы — Германия. С первых же дней он занялся и кадрами. Надо было провести инвентаризацию — посмотреть положение старых кадров, познакомиться с новыми. Приезжающие в Москву на переподготовку нелегалы неизменно представлялись «Старику». Нагрузка была очень большой, тем более, что Артузов после своего прихода в Разведупр упразднил аналитическую службу, и теперь осмысление поступающие информации ложилось в основном на начальника. Берзин всерьез задумался о том, что разведке нужна настоящая аналитическая служба. Очень нужна. И еще многое нужно разведке.

Но ничего из задуманного он осуществить не успел. 28 ноября 1937 года Ян Берзин был арестован НКВД.

Вспоминает Аврора Санчес: «Меня взяли на машине и привезли туда, на Дзержинскую. Поднялись наверх. Там мужчина, фамилия его, если правильно мне назвали, Фриновский. Не знаю, правильно или нет... И меня все спрашивали и спрашивали. Потом я говорю: „Жив он, я буду ждать, если нет, то я хочу домой в Испанию“. А он сказал: „Нет его. Уже нет. Нету“. Мне сказали, ты свободна и можешь делать все, что хочешь. Замуж хочешь выйти, пожалуйста. А потом, когда уже кончилась война в Испании, в НКВД мне сказали: „Мы можем тебя отправить домой“. Я говорю: Сейчас я не могу ехать...»

Фриновский солгал — Ян Берзин был жив до 29 июля 1938 года. Аврора осталась в СССР, еще раз вышла замуж. В конце 1939 года к ней приехали из Испании сестры. Сын Берзина, Андрей, во время войны сражался в Латышской дивизии и пал смертью храбрых.

Латышский поэт Эйжен Веверис, который сидел в Маутхаузене вместе с Л. Е. Маневичем, так передавал его рассказы о Я. К. Берзине:

«Я почти не знал его как начальника. Для меня он всегда был „Стариком“, очень близким и очень умным советчиком. Он никогда не выделял себя из рядов наших товарищей. Ни манерой разговора, ни поведением. Зато выделялся главным: умением слушать. Вникать в твои мысли и потом, только потом, дать добрый совет. „Старик“ не терпел зазнайства. Часто повторял, что наш враг умен и хитер, что он имеет огромный опыт. Победить его можно только своим умом, своим мужеством и находчивостью, глубоким анализом происходящих в мире явлений... Мне всегда казалось, что он знал о мире все. И в редкие наши встречи очень щедро делился этими знаниями».

Это же могли бы сказать и другие, знавшие Я. К. Берзина, разведчики.